וינסטון סקוט נקלע למזימה ענקית שהופעלה בעקבות הפשיטה של ​​אחיו על הקונטיננטל.

בפרק האחרון לעונה, קאל חוזר לעצמו, קארה מתמודדת מול ריאה בקרב טקסי עתיק, ולאנה מנסה למצוא דרך לגרש את צי האויב.

חייזר מגזע שבעבר היה רודף שלום, תוקף את נשונל סיטי, וקארה, מון-אל וג'יימס מגלים משגר שבנו לאנה והחייזרית ריאה.

הדאקסמים פולשים לנשונל סיטי, וריאה חושפת נשק סודי ומפתיע, אבל קארה, מון-אל וחבריהם מצליחים להפוך את הקערה על פיה.

חבר ילדות של משפחת דנוורס, שיודע את סודה של קארה, חוטף את אלכס ודורש לשחרר את אביו, פושע ידוע לשמצה, מבית הכלא.

ג'ק, האקס של לאנה, מכריז על המצאתה של טכנולוגיית ננו-בוט פורצת דרך, אבל לאנה, קארה ומון-אל מגלים שג'ק נתון לשליטתה של המצאתו.

קארה לוחצת על סנאפר לפרסם כתבה על ארגון קדמוס, שחוטף חייזרים ומעביר אותם לכוכב לכת אחר. בינתיים, אלכס ומגי מחפשים את ג'רמייה.

לאנה מואשמת בכך שסייעה למטאלו ולליליאן להימלט מבית הכלא. קארה מסרבת להאמין שחברתה אשמה ומנסה לטהר את שמה.

בפרק שתחילתו ב-"סופרגירל",ממשיך ב-"הפלאש", "החץ", ומסתיים ב-"אגדות המחר", קארה מנסה לגייס את עזרתה של לאנה לותור כדי למנוע מסייבורג סופרמן לשחרר וירוס קריפטוני שיצר אביה, זור-אל.

כנופיית גנבים קשוחים תוקפת את סופרגירל באמצעות טכנולוגיה חייזרית, והיא מגלה שהארגון 'קדמוס' מספק להם את כלי הנשק המתקדמים.

גופתו של חייזר לא רשום מובילה את קארה אל 'מועדון קרב' מחתרתי, שבו חייזרים נלחמים עד המוות תחת פיקוחה של רולטה.

הנשיאה מארסדין מותקפת במהלך ביקורה בנשונל סיטי לרגל החתימה על חוק שוויון הזכויות לחייזרים. קארה והדי-אי-או חוששים שהאסיר שנמלט מידיהם עומד מאחורי התקיפה.

מעבורת חלל מסחרית סובלת מכשל במנוע, וקלארק קנט, בן דודה של קארה, עוזר לה לחלץ את החללית ולחקור את המקרה.