‎עובדים של איי-איי-אי נרצחים באורח מסתורי והצוות נדרש לעצור צבא של רחפנים רצחניים. ארגון האומות המאוחדות חוקר את לאנה ואת סיריל.

הצוות מנסה לשבש את תוכניותיו השפלות של פביאן בעזרת חבר ותיק. הסוכנות פותרת סוף-סוף את בעיות ההנהגה שלה.

פביאן פונה לצוות בהצעה: הם יוכלו לקבל שוב שליטה מלאה בסוכנות, אבל קודם יהיה עליהם לבצע בשבילו פשע אחד קטנטן.

הצוות מגלה להפתעתו שארצ'ר בטיפול. באיי-איי-אי מגלים שהמטפלת שלו אינה מהמאגר, וקופת שרצים חדשה נפתחת.

צוות חשאי משווייץ משיג אחד מהמכשירים של קרייגר, וסיריל מנסה לתפוס פיקוד על המשימה להשבתו. פאם פוגשת מישהי.

התוכניות של לאנה עם איי-ג'יי מתבטלות כשפביאן שולח אותה להגן על "המתווך", מנהל מו"מ ידוע לשמצה מהעולם התחתון שכמה כנופיות דולקות בעקבותיו.

משימה באמזונס משתבשת בגלל ויכוחים קטנוניים על מנהיגוּת, קצרים בתקשורת, בוס ערמומי – והיפופוטם רעב.

ארצ'ר צריך לנצח בתחרות כישורי הסוכנים בקלנדסטיקון כדי שהצוות לא יתפרק. רוברט מאיים ברוגע על לאנה. פאם נקלעת לחדר הלא נכון.

ארצ'ר לכוד בתוך מטה איי-איי-איי ובארי לכוד בתוך בארי אחר ו… איזו הפתעה! אף אחד לא יודע מה לעשות.

ארצ'ר יוצא למסע נועז בתוך מוחו של אדם שנמצא בתרדמת, בתקווה לדלות ממנו את המידע שחברי הצוות צריכים כדי לבנות מחדש מכשיר גנוב.

משימה מעבר לאוקיינוס מציפה את מלורי בזיכרונות. פאם מקבלת קורס מזורז בהיסטוריה בריטית.

ארצ'ר וחבורתו זה עתה הצילו את העולם משואה גרעינית. הפרס? חמישה לילות במלון שורץ עכברושים.

בפרק האחרון לעונה, ארצ'ר והצוות נוסעים לבסיס מחקר מרוחק באנטארקטיקה, ומסתבכים בתעלומת רצח בעלת השלכות גורליות.