השמועה על ההפיכה מסייעת למורדים. מיי מפתה את אנבי לתוך מלכודת שמובילה לעימות חזיתי עם מוסטאנג.

אדוארד שומע את הסיפור של הוקאיי על תקופה שבה חיילים נשלחו לבצע רצח עם. בד בבד, הזוועות משדה הקרב באישבל נחשפים.

המזימה סביב אבן החכמים מגיעה גם לדרגים הגבוהים ביותר בצבא. אחד מבעלי בריתו הנאמנים ביותר של מוסטנג נרצח.

אל זועם בגלל המחשבה שכל קיומו נוצר על ידי אחיו. רק וינרי תוכל להוכיח לו עד כמה הוא טועה.

אד ואל נלחמים בשומרים המופרעים של המעבדה החמישית. בתוך כל הכאוס שנוצר, האמת מאחורי אבן החכמים נקברת בהריסות.

האחים אלריק, שגילו מהו המרכיב הסודי והמחריד באבן החכמים, ממשיכים בחיפוש אחר האמת ומגיעים למעבדה סודית.

האחים אלריק פוגשים את ד"ר מרקו, אלכימאי לאומי שנמלט מחטאיו ומחזיק במידע שיכול לעזור לאחים להשיג את אבן החכמים.

אדוארד ואלפונס מותקפים על ידי סקאר – מתנקש מסתורי בעל כוחות מדהימים, המבוקש בגין סדרת רציחות מחרידות.

אד ואל פוגשים את שו טאקר, שיכול ללמד אותם דבר או שניים על אלכימיה – ועל האכזריות האיומה שלפעמים כרוכה בה.

הצצה לעבר חושפת את הכאב והייאוש שהובילו את האחים אלריק לשבור את הטאבו הגדול ביותר של האלכימיה: התמרה אנושית.

האחים אלריק משתתפים במצוד אחר "אייזק המקפיא", אלכימאי לאומי לשעבר שנחוש למוטט את שלטונו של פיהרר בראדלי.