מוסטאנג, אלפונס, האבוק והוקאיי מתפצלים כדי לחפש מעבדה צבאית. אם התוכנית של לאסט תצליח, הם לא יראו עוד זה את זה.

אפילו התומכים הנאמנים ביותר של אלכימאי הלהבה מזועזעים ממעשיו הבעייתיים כלפי מי שהואשם ברצח מייס היוז.

אנבי עדיין מסתתר מתחת לאף של האלכימאים הלאומיים, והומונקולוס נוסף עומד לחדור לשורותיהם.

קינג בראדלי מתעמת עם גריד ומוכיח שהוא יכול להיות יריב אכזר. אבל מי שיצליח להרוס את המגן הסופי יהיה חזק יותר מהפיהרר בכבודו ובעצמו.

המזימה סביב אבן החכמים מגיעה גם לדרגים הגבוהים ביותר בצבא. אחד מבעלי בריתו הנאמנים ביותר של מוסטנג נרצח.

אד ואל נלחמים בשומרים המופרעים של המעבדה החמישית. בתוך כל הכאוס שנוצר, האמת מאחורי אבן החכמים נקברת בהריסות.

האחים אלריק, שגילו מהו המרכיב הסודי והמחריד באבן החכמים, ממשיכים בחיפוש אחר האמת ומגיעים למעבדה סודית.

האחים אלריק פוגשים את ד"ר מרקו, אלכימאי לאומי שנמלט מחטאיו ומחזיק במידע שיכול לעזור לאחים להשיג את אבן החכמים.

אדוארד ואלפונס מותקפים על ידי סקאר – מתנקש מסתורי בעל כוחות מדהימים, המבוקש בגין סדרת רציחות מחרידות.

המדע והאמונה מתנגשים כשהאחים אלריק מתעמתים עם האב קורנלו, וחושדים שהוא משתמש באבן החכמים לרעה כדי לשלוט בצאן מרעיתו.

האחים אלריק משתתפים במצוד אחר "אייזק המקפיא", אלכימאי לאומי לשעבר שנחוש למוטט את שלטונו של פיהרר בראדלי.