ראש ארגון אס קומפני חוטף את משפחתו של איתן ודורש בתמורה רשימה של סוכני סי-איי-איי סמויים שהוחדרו לארגונו. איתן פונה למאטי לעזרה. ריילי טסה עם בילי למשימה בפריז.

הצוות מוזעק למרכז לבקרת מחלות, בשל היעלמות של וירוס קטלני. מתברר שאחד המדענים במרכז גנב אותו, והצוות מנסה לאתר אותו לפני שתפרוץ מגפה שבה עלולים למות מיליוני אנשים.

בוזר, ליאנה, מק וריילי, נשלחים להתחזות לסטודנטים, כדי לגלות מי מגייס סטודנטים והופך אותם לטרוריסטים, בוזר ממש שמח לחזור לקולג' ומק מחשיב את זה כחוויה מתקנת. ג'ק מתלווה לבילי קולטון…

בפרק האחרון לעונה, למק נמאס מהשקרים של מאטי והוא מחליט להתפטר מפניקס. מאטי אומרת לו שהוא צריך להגיש את בקשתו למבקר, והוא נדהם לגלות מי זה.

איש מחשבים בממשלת ארה"ב שגנב מידע סודי ונמלט מהמדינה, שב לפתע לארה"ב לאחר שהוא חמק מג'ק ומאטי במשך שנים רבות. הצוות נשלח ללכוד אותו, אבל מתברר שגם ציידי הראשים ממשפחת…

ג'ק ומק יוצאים ללכוד מאפיונר ארמני, אבל מגלים שיש להם תחרות. החבר'ה משגעים את ג'ק לגבי מה שקרה בינו לבין מאטי, אבל הוא לא מוכן לגלות להם.

פרק אחרון לסדרה. אשתו של וו פאט חוטפת את דני כי היא רוצה להשיג את הצופן שאמא של סטיב השאירה לו. סטיב מפענח סוף סוף את החקירה שאבא שלו השאיר…

עורך דין מוסר לסטיב מכתב עם צופן מסתורי מאמו שנפטרה. היחידה עוזרת לחייל נחתים לשעבר שנמצא על הכוונת של אנשים מסוכנים.