דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

אנשים ברחבי המדינה נופלים למשכב ופאניקה נרחבת מאיצה בסקאלי לנסות למצוא תרופה. בינתיים, מאלדר מתעמת עם האיש שהוא מאמין עומד מאחורי כל זה, אבל עוד דמות מעברם של מאלדר וסקאלי…

סקאלי ומאלדר מתחילים לחקור לאחר שגלריה לאמנות, המציגה יצירות אמנות פוגעניות מופצצת. הם מנסים למצוא דרך לתקשר עם העבריין הנמצא בתרדמת, בכדי לנסות למנוע מתקפה נוספת.

לואיס יוצא עם בנסון למסע של רצח ואונס, ומאחר שהיא אמורה להיות בחופש, איש אינו מודע לכך במשך יומיים. כשביחידה מבינים מה קרה, הם מגייסים את כל הכוחות כדי ללכוד…

פרק אחרון לעונה. הבלשים עוצרים מי שחשוד באונס שמכיר הרבה דרכים להיחלץ מצרות ומהרשעות, כך הוא ממשיך להשתחרר ולבצע פשעים מחרידים.