מייקל מתכנן את המעצר של עצמו על-ידי האף-בי-איי, כחלק מתכנית להפיל מאפיונר מבוסטון. ג'סי ופירס מחליטים לפנות לסחיטה כדי לקבל מידע על מכירת רובים.

מייקל משיג מידע חדש על אנסון, בעוד סוכן אם-איי-6 מנסה למנוע את שחרורה של פיונה מהכלא, ומתנקש לוכד את סאם ואת בארי בבית חוף מבודד.

הסוכנת פירס מגלה את זהותו של רוצח ארוסה, ומבקשת את עזרתו של מייקל כדי להשיג נקמה. פיונה מחפשת אחר אסירה-מבריחה, כדי לגלות מי עמד מאחורי ניסיון התנקשות בחייה.

מייקל שבור לב עקב הסגרתה העצמית של פיונה ונחוש מתמיד לתפוס את אנסון. מייקל רודף אחריו ברחבי מיאמי, בעוד פיונה נמצאת במעצר ומתוחקרת על-ידי יריב לשעבר.

מייקל מצטרף לסי-איי-איי בחקירת רצח איש הקשר שלו בסוכנות – מקס, באתו הזמן הוא והצוות עוזרים לצלף צבאי לשעבר, המחפש לנקום במי שפגע באחותו.

ג'וש מושעה מחלק מתפקידיו בגלל חלקו בעריקתו של חבר הקונגרס קאריק. הנשיא מחליט לצאת לאזור מוכה אסון במקום סגן הנשיא, אך כשהוא מגיע למקום הוא משתהה ומזניח עניינים חשובים אחרים.

ארבעה חודשים לאחר מאורעות התפוצצות של פיטר, מצאנו את הגיבורים במקומות שונים בחייהם. קלייר והמשפחה במקום מגורים חדש. מאט פארקמן ומוהינדר סורש הם עכשיו האפוטרופוס של מולי פרקר שסובלת מסיוטים….

ג'ורדן מנסה לעזור לנייג'ל לגלות מי חטף את בתה של חברתו בלי לערב את המשטרה. גבר עם מחלת השכחה מתעורר בחדר המתים ולילי משכנעת את גארט שהם צריכים לעזור לו…

אליוט מתגאה בעבודתה במרפאה הפרטית וד"ר קלסו מחליט לפתוח אתר אינטרנט בו יכולו המטופלים לדרג את רופאי ביה"ח. קרלה תוהה מה ליידי מוצאת בשרת.

לאחר הטרגדיה המשפחתית הנוראה במינסוטה, בובי עובר ללוס אנג'לס. שם, הוא מקבל את הפיקוד על תחנה 118 ופוגש את אתנה בפעם הראשונה.

סגן נשיא ארה"ב מגיע לביקור פתע בלוס אנג'לס וכל השוטרים נקראים לתחנה כדי לסייע באבטחה וחסימת הרחובות לתנועה.

שנת הלימודים עומדת להסתיים. ג'ף מתמודד עם משולש רומנטי רווי קנאה, ואנני מתלבטת אם לעזוב את הקולג' בעקבות הצעה שקיבל בן זוגה.

הקולג' חוגג את יום המשפחה, וג'ף פוצח ברומן עם בתו החורגת לשעבר של פירס. הבנים המופרעים של שירלי עוזרים לבת דודתו של עאבד ליהנות קצת.

יום האהבה מגיע, וג'ף נאבק ברגשותיו כלפי בריטה וכלפי פרופ' סלייטר. פירס וטרוי מואשמים במתיחה על לא עוול בכפם.

ג'ף ופרופ' סלייטר מנסים לשמור בסוד על הקשר ביניהם. בריטה וטרוי חושפים בפני כולם את אהבתם לריקוד.

ג'ף שם עין על מרצה מושכת. אנני מנסה לשפר את מעמדה החברתי ועורכת מסיבה לכבוד "יום המתים".

הצוות חוקר את מותן של שתי סטודנטים, הראשונה היא נערה שנמצאה מתה על החוף עם צוואר שבור וסימני נשיכה של אדם ברגליה. השני הוא גבר צעיר שנמצא בתחתית בריכה של…

שרה וגרג נמצאים בבידוד לאחר שהגיבו לזירת פשע המזוהמת בפתוגן קטלני.

עונה שישית לדרמת המתח הממשיכה מנקודת הסיום הדרמטית של העונה הקודמת. לאחר הודעתו של רד ג'ון, כי הוא יודע על שבעת החשודים ברשימתו של ג'יין, ליסבון דוחקת בג'יין להמשיך בחקירה…

המחלקה לשלום הילד מאיימים שייקחו את לואי אחרי שדירינג הלשין על מאט וגבי. מאט פונה לסוזן שתעזור להם ולאחר שהיא פותרת זו בקלות הוא חושד במעורבות שלה בעניין מלכתחילה.

קייסי ודוסון מתרגלים לחייהם החדשים עם לוקה, ילד האומנה. המפקד מסרב להחזיר את ג'ימי למשאית והוא מגיש נגדו תלונה על התפקיד שלו במות אחיו.

בפרק האחרון לעונה, בורלי מתקשה להתמודד עם מות אחיו ומתעמת עם בודן. דוסון ממשיכה בניסיון האימוץ ומחפשת דירה.

הבלשית הולוויי מבקשת מקלי לשמור על הילד פעם נוספת. היא נורית בדיוק לפני שהיא נכנסת להעיד, וסוורייד נאלץ להסיח את דעתו של הילד עד שדודתו תגיע.

צוות התחנה מגלה נער תלוי על פסי הרכבת, וקייסי מנסה להתערב בתור חבר מועצה לטובתו של הנער. לאוטיס יש חבורות חשודות בגוף, אבל הוא חושש להיבדק.

קורדיליה נוקטת באמצעים נואשים בכדי להיפטר ממייקל. מירטל מנסה לגלות מה כוונותיהם האמיתיות של המכשפים. מצבה הבריאותי של קורדיליה מתדרדר, אך מתברר שהסיבה לכך היא לא מייקל, אלא נעלה אחרת.

בלש מהמשטרה העירונית נעלם במהלך מארב משותף עם אן-סי-איי-אס. חקירת היעלמותו מובילה לזיהוי אפשרי של בלשית סמויה שנחשבה מתה זה עשר שנים.