בפרק סיום העונה, חברי הצוות נדחקים אל גבולות מסוכנים, בעודם מנסים להציל כל ייצור חי ממזימותיו של דייוויד רוברט ג'ונס.

וולטר נאלץ לחיות מחדש את העבר שלו, בזמן חקירת סדרת התלקחויות אש ספונטניות של בני אדם. הצוות מתעמת עם דייוויד רוברט ג'ונס בכדי להציל את העולם.

בשנת 2036, בעתיד בו המשקיפים שולטים ומעטי בני האדם ששרדו משרתים אותם, קבוצת פרינג' חדשה יוצאת במלחמה שתשנה הכל, אבל כדי לנצח הם חייבים להחיות דמות אגדית מהעבר שלהם.

נוכחות התודעה של ווילאם בל בגופה של אוליביה מאיימת לעוות את דעתה לצמיתות אלא אם וולטר ופיטר ינקטו בצעדים קיצוניים.

בחלקו השני של פרק סיום העונה, הקרבות יעשו ושני היקומים לעולם לא יהיו אותו דבר לאחר שוולטר ואוליביה ביקרו בצד השני.

בחלקו הראשון של פרק סיום העונה, וולטר ואוליביה עוברים ליקום המקביל, והפגישה הצפויה בין וולטר בישופ ו-וויליאם בל מתרחשת.

בזמן שוולטר מתמודד עם חדשות מעציבות, הוא מספר לאחיינית של אוליביה, אלה, סיפור הכולל הופעה מוזיקלית.

הצוות יוצא לחקור מטופל במוסד לחולי נפש שעבר ניתוח מוח שהותיר את מוחו חשוף. במהלך החקירה, דנהם מזהה את מנהיגם של משני הצורה. מוחו של וולטר עומד למבחן ו-וויליאם בל…

דנהם נוטלת תרופה כדי לעורר את זיכרונה. בינתיים, המחלקה חוקרת מספר מקרי שוד הקשורים למשני צורה ונעזרים באישה מעברו של ד"ר בישופ. פלאשבק חושף עוד על ביקורה של אוליביה ביקום…

פרק סיום העונה. מר ג'ונס יוצא ממקום מחבואו לאחר תקיפתה של נינה שארפ. וולטר עוזב מלווה על ידי הצופה המסתורי.

אירוע התאבדות שאוליביה חלמה עליו מתרחש בתחנת גראנד סנטרל, בינתיים, פרטים מפתיעים מופיעים על כתב היד של הזי-אף-טי.

בנדר לילה ופריי נוסעים לכוכב אומגה 3 כדי להשיג את הקלטות של כל פרקי וסרטי "מסע בן כוכבים" כשענן אנרגיה מרושע שבמקרה גם מעריך את "מסע בן כוכבים" רוצה שחברי…

אחרי שהוקפא בטעות, פריי מתעורר בתחילת שנת 3000. בעזרת שני חברים, רובוט בשם בנדר וחייזרית בשם לילה, פריי משיג את יעודו בחיים להיות נער שליחויות. הוא מאתר קרוב משפחה רחוק…

שלדון חווה משבר מצפוני לאחר שהוא שובר צעצוע מסדרת מסע בין כוכבים שפני קנתה לו. בינתיים, ראג' הבודד מתאהב בבחורה שהוריו סדרו לו. מדבב אורח: לאונרד נימוי.

בפארודיה על "תיקים באפלה": הומר רואה חייזר, מה שמסעיר את כל תושבי העיירה ואף מביא את מאלדר וסקאלי לחקור. דייוויד דוכובני, ג'יליאן אנדרסון ולאונרד נימוי בתפקידי אורח.

תושבי ספרינגפילד מחליטים שהם צריכים לבנות רכבת קלה, למורת רוחה של מארג'. פיל הרטמן ולאונרד נימוי בתפקיד אורח.