שימה, ראש היאקוזה, מציב למגנום אולטימטום: להציל את בנו שנחטף או למות מהרעלה תוך 8 שעות. בזמן שתומס מחפש את החטוף, שאר החבר'ה מנסים למצוא סותרן לרעל, כדי להציל את…
בפרק סיום העונה, הטרוריסט שהטמין את המטען בג'יפ של ג'ים, מטמין מטען בבימ"ש ומכריח את מק לעשות בחירה בלתי אפשרית – להציל את חייו של חבר, או להציל מאות חפים…
ראש ארגון אס קומפני חוטף את משפחתו של איתן ודורש בתמורה רשימה של סוכני סי-איי-איי סמויים שהוחדרו לארגונו. איתן פונה למאטי לעזרה. ריילי טסה עם בילי למשימה בפריז.
זוג צעירים נעלמים במהלך טיול בדרום אמריקה ובמשרד החוץ לא מוכנים לחפש אותם, משום שהם השתתפו במשהו שמכונה אתגר התראת מסע, שבו מטיילים יוצאים בכוונה למקומות מסוכנים. צוות פניקס יוצאים…
במהלך משימה בבוסניה, נתקלים מק ודזי בקבוצת פליטים מסוריה שהמבריח שלהם בגד בהם, ומסייעים להם. במקביל, מישהו מטמין מטען בלתי ניתן לנטרול בג'יפ של אבא של מק, ובוז תקוע בתוכו…
טכנאי בכספת הזרעים הבינ"ל בגרינלנד נעלם, הצוות נשלח לחקור מה קרה לו, והחקירה מובילה למה שעלול להיות תקרית בינ"ל עם קוריאה הצפונית. אבא של מק מתנהג מוזר, ומק מבקש מבוזר…
דזי, המחליפה של ג'ק, מצליחה להפתיע את כל חברי הצוות, ומצטרפת אליהם למשימה הראשונה שלה, לעזור לחברה של מק מהצבא, שכיום היא סוכנת איי-טי-אף, לעצור מבריחי נשק שנעזרים בסוכן כפול.
בפרק האחרון לעונה, פיונה נוקטת באמצעים קיצוניים כדי לקבל את מבוקשה. קרל נאלץ לבחור בין הפנימייה הצבאית לקסידי, ליפ מקבל החלטה בנוגע לסיירה ואיאן מבוקש על ידי המשטרה.