בחיפוש אחר מרכז ההחייאות של האויב, צוות טייסי "וייפר"ומורדים סיילונים משתפים פעולה בחוסר נוחות ויוצרים תוכנית קרב.

למעלה משליש מהצי הולך בעקבות הנשיאה רוזלין וטום זארק, מתפצל מהגלקטיקה וקופץ למסלול סביב קובול.

אדאמה חוזר לקבלת פנים של גיבורים ומטלה לא נעימה: עליו למצוא את לי ואת הנשיאה רוזלין, שנמלטו ומתחבאים בתוך הצי.

ספינות הצי מורדות במשטר הצבאי של קולונל טיי ובעקבות אירוע אלים מחליטה הנשיאה רוזלין להמלט ממעצר.

בפרק האחרון לעונה, הגלקטיקה צריכה להשמיד ספינת בסיס סיילונית כדי לחלץ את אנשיה מקובול. קארה נתקלת בהיילו ובשרון בקפריקה הכבושה.

הגלקטיקה מגלה במקרה את הפלנטה קובול, מקורה המיתולוגי של האנושות, והמפקד אדמה והנשיאה רוזלין נקלעים למחלוקת לגביה.

הדלק של צי המושבות אוזל לאיטו והגלקטיקה נאלצת לשגר מתקפה נואשת נגד מזקקה סילונית.

בעקבות תאונה נאלצת איילת הכוכבים לאמן טייסי קרב חדשים, אבל מותו של זאק אדמה רודף אותה.

לקס מאתר אדם שיעיד בביהמ"ש על עסקיו הפליליים של אביו, אך מישהו מנסה להתנקש בחייו. קלארק נחלץ לעזרתו של לקס, אך לא מוצא שום עדות לניסיון ההתנקשות. זאת, בנוסף לטענתו…

לקס מתחיל לאבד את שפיותו ומאשים את אביו ואת מורגן אדג' ברצח הסבים שלו. הוא חושב שהם מסממים אותו כדי שישתגע ולא יגלה את סודם, והוא מעמיד את קלארק במצב…

עיתונאי שהקריירה שלו נהרסה ע"י ליונל לותר, מגיע לסמולוויל בחיפוש אחר סיפורי חייזרים עבור תוכנית הטלוויזיה שלו. הוא מתמקד בקלארק ומכין תכנית מסוכנת כדי לגלות אם יש לו כוחות על.

כאשר מורו לשעבר מת בעקבות מה שנדמה כמו קללה מצרית עתיקה, חוזר ד"ר ג'קסון לשורשיו ולחברים שהשאיר מאחור – ומגלה חפץ מצרי עתיק המכיל טפיל גאולד.

דין וסם מגיעים לשיקגו בעקבות רצח של מלצרית ומגלים שהיא נולדה בעיר שבה נרצחה אמם. נרגשים לקראת פגישה אפשרית עם היצור שאחריו הם רודפים הרבה זמן, הם מזעיקים את אביהם…