החבורה מוצאת היפר-קובייה מסתורית. קייסי פותח אותה ומשחרר את הווירם, והוא מציע להגשים להם שלוש משאלות.

הצבים ניצלו ברגע האחרון על ידי פוג'יטויד. בעזרתו הם חוזרים אחורה בזמן כדי לעצור את הטרייסראטונים ולהציל את כדור הארץ.

הצבים מנסים להשיג תולעת מוח כדי למצוא מרפא בשביל קאראי. רפאל נפצע, וספלינטר אוסר על הצבים לפעול שוב, אך לאונרדו יוצא בכל זאת.

מיכלאנג'לו וקייסי משתעממים ויוצאים לבלות יחד. הם פוגשים מוטנט חדש שמוביל אותם למלכודת של פני דג.

הצבים יוצאים לחפש את קאראי על פי הרמז שקיבלו. הם מותקפים על ידי ביבופ ורוקסטדי.

הצבים מחליטים לחזור לניו-יורק. הם מוצאים את ספלינטר במצב בלתי יציב ומנסים להציל אותו.

הצבים מתנהגים לא יפה אל מיכאלאנג'לו אחרי ששוב עשה בלגן בבית והוא מחליט לעזוב. הוא מתחבר עם מוטנט צפרדע שלוקח אותו לחבריו.

הצבים, אפריל וקייסי מתגוררים בחווה מאז עזבו את ניו יורק ומצפים להחלמתו של לאונרדו. בינתיים, מפלצת משתלטת על רפאל.

ננסי וסיילאס רודפים אחרי שיין שגילה את זהותו של היורה. אנדי מנסה ליצור קשר עם בנותיה של ג'יל ומקבל את תפקיד מאמן קבוצת הרולר בלייד של הבנות, ונכנס לעימות עם…

‎כאשר מארק גרייסון סוף סוף יורש כוחות מאביו גיבור העל, זהו חלום שהתגשם. אבל להיות גיבור זה יותר מאשר לבחור שם וחליפה.

בפרק האחרון לעונה, כל התרמיות נחשפו, כל המסכות הוסרו, והקרב האחרון על ביטחון כדור הארץ מתחיל.

נייטווינג מארגן מבצע נוסף לחילוץ 4 בני הערובה, וקאלדור מגלה את תוכניתם האמיתית של חברי ה-"אור". ג'יימי מתקשה להאמין לבארט המספר לו שבעתיד יהפוך לנוול העל הכי מרושע וחזק.

ג'יימי מנסה למצוא את חברו טאי שסיפר לו על כוונתו לברוח מהבית. בינתיים, הבנות של הצוות יוצאות לחקור את הטכנולוגיה החייזרית של הקרולוטיאנים והפצצה מהאי מאלינה מתחת לאף של הביאליאנים.

הקרולטיאנים מנסים להימלט, ומתברר כי פעלו בעזרת "שותף" מסתורי. לאחר שנמנעה פלישת הקרולוטיאנים וכל החטופים ניצלו, חברי הליגה יוצאים למסע אל כוכב רימבור על מנת לטהר את שמם.

לאחר המתקפה של וונדל סאבג', הליגה עומדת מול אויב חדש וחוצני. חייזרים קרולוטיאנים פולשים לכדור הארץ, חוטפים בני אדם וגונבים את זהותם לצורך הסוואה.

כשלוז חולה בשפעת של האיים הרותחים, אמיתי צריכה למצוא מרכיב חשוב בשביל דלת לשער. אבל אמיתי לא לבד במסע החיפוש הזה.