ברייס חוזר בחג ההודיה לאחר שנחשב למת. ועדות פנימיות סודיות שניסו להרוס את ה"מחשב המשולב" הצילו את ברייס, בתקווה שהוא יעזור להם לאתר אותו. אבל כדי להוכיח לשרה, לקייסי וליתר…
כשצ'אק מתחיל לצאת עם לו, מכינת סנדוויצ'ים, ונראה שהכול מתנהל ממש טוב, המצב מעורר קנאה מצד שרה, "חברתו לשעבר" של צ'אק, שמגלה שיכול להיות שרגשותיה לא היו רק חלק מסיפור…
צ'אק מגלה שהפרופסור לשעבר שלו הוא סוכן ממשלתי שנרדף בגלל קובץ רגיש וסודי ביותר. צ'אק חוזר לאוניברסיטת סטנפורד, המוסד ממנו גורש. צ'אק מגלה כמה סודות מזעזעים בנוגע לחייו שלו ולומד…
כשצ'אק ברטאוסקי פותח מייל המקודד בצורה תת-הכרתית בסודות ממשלתיים, הוא מוריד בלא יודעין שרת שלם של נתונים רגישים למוחו ונזרק לקריירה חדשה כסוכן החשאי החיוני ביותר של הממשלה. כעת, גורל…