בפררק האחרון לסדרה, העימות מגיע לשיאו. הסיילונים ובני האדם עומדים בפני החלטה קשה.

בשעה שהגלקטיקה מפורקת למען חלקיה, נשמעת קריאה בחיפוש אחר מתנדבים לשם ביצוע משימה אחרונה.

סכסוך ניצת בקרב הסיילונים בעוד הם מתעמתים עם התעלומה של חמשת האחרונים, וקארה טרייס נדחקת מעבר לקצה כשחבריה ואנשי הצוות שלה לשעבר מסרבים להאמין שהיא היתה בכדור הארץ.

על אדאמה להתמודד עם הרגע האפל ביותר בקריירה הצבאית שלו כאשר לוטננט דניאל נובצ'ק, טייס שחשבו שנהרג במשימה סודית לפני שנים רבות, בורח מחזקת הסיילונים ומגיע לגלקטיקה.

בשעה שאדאמה ולורה מתווכחים האם להשתמש בכלי נשק ביולוגיים נגד הסיילונים, ד'אנה מענה את בלאטר, ורוצה לגלות מי אחראי על הווירוס.

בשעה שטאי וסטארבק מעוררים חוסר שביעות רצון בגלקטיקה, וירוס קטלני מכריח את הסיילונים לבצע החלטות נוראיות כדי להגן על עתיד המין שלהם.

גלקטיקה והמורדים בניו קאפריקה מתאמים את המתקפות שלהם במאמץ נועז לשחרר את בני האדם מהעריצים הסיילונים.

בשעה שאדאמה מתכנן משימת חילוץ אמיצה, שרון מגיעה לקאפריקה החדשה כדי לעבוד עם העריקים.

הסיילונים נוקטים אמצעים נגד בני האדם לאחר פיגוע בבית הספר לשוטרים, בשעה שאדאמה מתכנן לשלוח קצין מהגלקטיקה לקאפריקה החדשה כדי לעבוד עם ההתנגדות.

בקאפריקה החדשה, טאי ומורדים אחרים תוקפים את הסיילונים ואת משתפי הפעולה האנושיים שלהם, בשעה שבגלקטיקה, אדאמה מתכנן משימת חילוץ.

בפרק האחרון לעונה, על לורה לבחור בין גניבת הבחירות לבין לתת לבלטאר לנצח.

בקאפריקה, מספר שש מהעבר של בלטאר והשרון שירתה באדאמה הופכות לתפקיד הגיבורות של הסיילונים; בגלקטיקה נולדת תינוקת אנושית-סיילונית.

עתה משהצי התאחד, מחלוקות ישנות צצות שוב. ישנה ביקורת רבה על הצבא לאחר הטבח בגדעון. עם הכוכבת האורחת לוסי לאלס.

הנשיאה רוזלין חושדת שהמפקד אדמה הוא סוכן סיילוני. אשתו של קולונל טיי מופיעה ומסבכת את העניינים.

קארה חוקרת סוכן סיילוני הטוען ששתל פצצה גרעינית על אחת הספינות בצי.

מחבל סיילוני מבצע פיגוע על סיפון הגלקטיקה, והמפקד אדמה מקים ועדת חקירה שתמצא את האשמים.

סרן אפולו מציע להשתמש באסירים כדי לכרות מים עבור הצי, אבל טרוריסט ממריד אותם ולוקח את נציגי הגלקטיקה בשבי.

נציג של כוכב לכת בא לבקש את עזרת הצוות בבלימת ניסיון השתלטות נוסף של האוריי. דניאל מציע פיתרון דיפלומטי שאינו מתקבל, מפני שהצדדים אינם מסוגלים להגיע להסכמה ביניהם.

דניאל מוצא את עצמו בביתה של מקומית יפה כשהוא אינו זוכר דבר ומסתבר שהגעת הצוות גרמה למלחמה שהותירה את העולם הרוס ושסוע. הסיבות נחשפות בהדרגה ככל שזכרונו של דניאל שב…

ס"ג-1 חוקרים אדם המאמין בתיאורית קשר שיש לו ידע מפורט על תוכנית הסטארגייט, אדם המאמין כי לא רק שבידיו מידע על חייזרים – אלא שהוא חייזר בעצמו.

אפרים ונורה נלחמים על חייו של קפטן רדפרן. וזילי מגלה שעכברושי ניו-יורק נהיים אלימים יותר, ופרופ' סטרקיאן יוצא לבלום את התפשטות המחלה…

בפרק האחרון לעונה, הבלשים יוצאים בחיפוש אחר אשה צעירה שנחטפת מבית החולים לאחר שהגיעה לשם מחוסרת הכרה, ככל הנראה לאחר שעברה אונס.