הסוכן ריבקין מת מפצעיו בבית החולים חרף נסיונותיה של זיוה לעזור לו, בעוד דירתה של זיוה נהרסת בהתפוצצות. חברי הצוות נוסעים לישראל בהזמנתו של ראש המוסד, אלי דוד.

לאחר שפריצה למשרדי חיל הנחתים מובילה למותו של סוכן רשויות ההגירה, גיבס וצוותו נאלצים לעבוד יחד עם אנשי משרד ההגירה בנסיון לפתור את המקרה.

עם הגעתו של סוכן המוסד מיכאל ריבקין, טוני נאלץ לחקור את נאמנותה של זיוה ל-אן-סי-איי-אס. בינתיים בלוס אנג'לס, הסוכן המיוחד קיילן עובד במסווה בנסיון ללכוד את חברי תא הטרור הרדום.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.

גיבס והצוות החדש שלו חוקרים מקרה של קצין שנרצח, בעוד גיבס מגלה שזיוה נפצעה בפיצוץ שקשור למקרה החקירה. בנוסף הוא מגלה שליאון היה מעורב בחקירה שלה.