החלטת אשת הנשיא לשוב ולעסוק ברפואה מעוררת מחלוקת. מתנגדיו של הנשיא מנגחים אותו דרך מעורבותה של בתו במיזם המקבל מימון ממלכתי; מועמד למשרת שופט מאיים לפרוש כשתהליך המינוי מתעכב.

בקרה, שאחראי על הטיפול במספרים רלוונטיים לממשלה, מתחילה להטיל ספק בשיטות ובכוונות של תכנית השומרונית. כמו כן, מתחילים להופיע דיווחי חדשות מדאיגים על זוג אזרחים שלקחו את החוק לידיהם ומשתולל…

סנגורית חסרת רחמים ומרצה קשוחה למשפטים באוניברסיטת פילדלפיה בוחרת קבוצה מתלמידיה הטובים ביותר לעבוד במשרד עורכי הדין שלה. עד מהרה הם מוצאים עצמם מסובכים בקנוניית רצח בחיים האמיתיים.

ג'ק וגריר חוששים שההתקפה הבאה של סולימאן עלולה להתרחש על אדמת ארה"ב. עליהם למצוא דרך לעצור אותו, אחרת המחיר יהיה נורא.

ג'ק וגריר מנסים לשכנע את מפקדיהם להוביל התקפה קרקעית חשאית כדי לתפוס את סולימאן. ג'ק משלם על חייו הכפולים באובדן קשר יקר ללבו.

כשאישה עולה בלהבות ומתפוצצת, אוליביה ופיטר מתחילים לבחון את המקרה. אוליביה מתחילה לראות דברים שוולטר מבין כיקום חלופי. החקירה מובילה חזרה לניסוי בו אוליביה השתתפה בילדותה.

השלטון הגרמני חוקר את אוליביה בניסיון לאתר את מר ג'ונס. בינתיים, הצוות חוקר סדרה של אירועים מוזרים שבהם פתחי הפנים של הקורבנות נסגרים, ומשאירים אותם כגופות חסרי פנים.

מוחם של שני אנשים שונים עומס, והקשר היחידי שנמצא הוא ששניהם הורידו קובץ גדול לפני מותם.

אוליביה נחטפת וברוילס ממנה את מיטשל לוב, אחד החוטפים, על החקירה.

סטודנט שתוי מגלה את גופתו של סוכן חשאי, לפני ביקור נשיאותי באיזור.למעבדה מגיעה גופה שהתמוססה כמעט כולה בחומצה, וכולם מופתעים לגלות כי מדובר בסוכן של השירות החשאי. בונז חולה ונשארת…

הפן המקצועי מתערבב עם הפן האישי כאשר שרלוק נאלץ לשתף פעולה עם אחיו מייקרופט כדי לפתור פרשה של חיים ומוות.

טוני לוקה בהתקפי חרדה לאחר שברווזים שמבקרים בבריכה בביתו נעלמים. הוא נשלח לטיפול פסיכולוגי. יחסיו של טוני עם אמו גורמים לו מצוקה נפשית. דודו של טוני זומם נגדו, כדי להשיג…

ווריק, קתרין וניק מנסים לקבוע את הגורם שריפה בבית שהרגה נערה מתבגרת. השריפה היא באותו שכונה כמו שריפה דומה של הצתה בזדון. גריסום ושרה חוקרים גבר שנמצא מת עם מטבעות…

אחרי סגירת הסי-בי-איי, הצוות וג'יין מאחדים כוחות כדי להמשיך במרדף אחרי ברטראם.

רשימת החשודים כרד ג'ון הולכת ומצטמצמת, וג'יין והצוות הופכים את המרדף לעדיפות הראשונה שלהם.

ג'יין מחליט לכנס את החשודים הנותרים כרד ג'ון במקום אחד ובזמן אחד, בתקווה שזה יוביל אותו לזיהוי הרוצח החמקמק.

ג'יין מגלה רמז חשוב לדרכי הפעולה של רד ג'ון, כאשר הוא פוגש ארבעה מהחשודים. בינתיים, החקירה המרכזית מתמודדת עם רצח מהנדס תוכנה על-ידי מתקפת מטוסים זעירים.

עונה שישית לדרמת המתח הממשיכה מנקודת הסיום הדרמטית של העונה הקודמת. לאחר הודעתו של רד ג'ון, כי הוא יודע על שבעת החשודים ברשימתו של ג'יין, ליסבון דוחקת בג'יין להמשיך בחקירה…

לורליי מרטינס חוזרת, והיא נחושה לגלות אם לרד ג'ון הייתה יד במותה של אחותה. ג'יין נאלץ להתוודות בפני ליסבון אודות החלק שלו בבריחתה של לורליי מהכלא.

הצוות מתעמק בעולם האקדמאי, שבאופן בלתי צפוי הינו אכזרי במיוחד, בפרשה בה מעורבת סטודנטית לתואר שני במוזיאון הטבע.