צ'אק מגייס את בני משפחתו, חבריו ובעלי ברית בלתי צפויים כדי למנוע מניקולס קווין(אנגוס מק'פיידן) להרוס את כל מה שצ'אק בנה בחמש השנים האחרונות.

שרה וצ'אק נמצאים באירופה, מבינים שהם נוסעים ברכבת עם מרגלים ספרדים ומחליטים להתמודד עם הסוכנים הסוררים האלה. קייסי ומורגן מקבלים את המשימה למצוא את צ'אק ושרה.

צ'אק, שרה ושו (ברנדון ראות') מתאחדים למשימה, אבל צ'אק מודאג מהיציבות הרגשית של שו. מורגן שוקל לעזוב את באי מור.

צ'אק לא מצליח לחוות הבזקים, והוא נשאר מאחור במשימה בעוד שו (ברנדון ראות'), שרה וקייסי ממשיכים. צ'אק מוצא את עצמו במצב בעייתי.

צ'אק מסתווה כמתנקש המסוכן ביותר בעולם. שרה נחושה שמערכת היחסים שלה עם שו (בתפקיד אורח חוזר ברנדון ראות') תהיה אך ורק מקצועית.

צ'אק חייב להפוך מדען של ארגון הטבעת למרגל עבור הסי-איי-איי ובמקביל לכך הוא מכשיר את האנה (בתפקיד אורח: קריסטין קרוק – סמולוויל) כחנונית עדר חדשה.

צ'אק חייב לצאת לפריז למשימת הסולו הראשונה שלו אבל יהיה לו מזל אם ישרוד בטיסה. בתפקידי אורח: קריסטין קרוק, ברנדון ראות' וסטיב אוסטין.

מדהים מזוהה בטעות כמרגל על, וצ'אק חייב ללמד אותו איך להיות מרגל אמיתי. אנג'י הארמון (חוק וסדר) וברנדון ראות'(סופרמן חוזר) בתפקידי אורח.

צ'אק חייב ללמוד לשלוט ברגשותיו כדי שיוכל להיות מרגל… גם אם הוא עדיין מאוהב בשרה. בתפקיד אורח: ויני ג'ונס (סנאץ').

היכולות החדשות של צ'אק עם המחשב המשולב המשודרג מתגלות כבעייתיות באימוני הריגול ומובילות לעימות עם שרה.

צ'אק חייב להציל את החתונה של אלי – ואת חייה. בתפקידי אורח חוזרים מורגן פיירצ'יילד, ברוס בוקסלייטנר, טוני הייל, סקוט באקולה וצ'בי צ'ייס.

צ'אק ושרה מסכנים הכול כדי למצוא את אביו של צ'אק (סקוט באקולה). מורגן מקדם בטעות את אמט (טוני הייל). צ'בי צ'ייס מופיע שוב בסדרה בתפקיד אורח.

צ'אק פונה לאדם מפתיע שיעזור לו לאחר שאביו (סקוט באקולה) נחטף על ידי פולקרום. ג'ורדנה ברוסטר וטוני הייל בתפקידי אורח.

סטיב (סקוט באקולה), אביו של צ'אק שנעדר תקופה ארוכה, חוזר וצ'אק מקבל את עבודת החלומות שלו אצל הגיבור שלו, טד רוארק (צ'בי צ'ייס) לרוע המזל, צ'אק מתאכזב בשני המקרים.

הגאון שמאחורי המחשב המשולב יוצר קשר עם צ'אק, והוא חייב להחליט על מי הוא יכול לסמוך – שרה וקייסי או המדען המסתורי.

שרה וקייסי מחפשים את האדם שעומד מאחורי התוכנית של ארגון פולקרום ליצור "מחשב משולב" משלו. צ'אק והסוכן קול בארקר (ג'ונתן קייק) נאלצים להישאר בבונקר המאובטח.

צ'אק מקנא כששרה מתקרבת לסוכן מושך, קול בארקר (ג'ונתן קייק). ג'ף ולסטר מנסים לשכור את בייב ה"באי מור". הדוגמנית ברוקלין דקר בתפקיד אורח.

צ'אק ושרה חייבים להתחזות לזוג נשוי המתגורר בפרוורים. הם פוגשים את השכן העליז בראד (אנדי ריכטר) ואת סילביה (ג'ני מקארתי), אישה פתיינית ששמה עין על צ'אק.

בפרק מיוחד בתלת ממד, צ'אק מסכל תוכנית להרוג כוכב רוק (בתפקיד אורח דומיניק מונאהן שכיכב ב"אבודים" ובסרטי "שר הטבעות"). כוכב האן-אף-אל ג'רום בטיס מופיע גם הוא בתפקיד אורח.

חנות הבאי מור מוחזקת כבת ערובה. כשמתברר שהאירוע אינו מעשה אקראי שנגרם בשל טירוף החגים וצ'אק והמחשב המשולב בסכנה, שרה יוצאת לפעולה.

קייסי המום לגלות שהמנטור שלו, סנסאי טיי בנט (קארל למבלי – "זהות בדויה") הוא סוכן סורר. מורגן פיירצ'יילד וברוס בוקסלייטנר בתפקידי אורח כהוריו של מדהים.