גופתה של דיילת נמצאת באזור המטען אחרי הטיסה, והחשודים כוללים עמיתים קנאיים, מרשל פדרלי שמבריח סמים וטייס שהוגד באשתו.

חקירת תאונה שגרתית מסלימה לאירוע מסוכן שמאיים על חייהם של כמה מאנשי הצוות.

כשלוטננט מהצי נרצח, גיבס והצוות חוקרים את המקרה בחשד שנרצח על רקע היותו הומוסקסואל. בינתיים ברינה עומדת ללדת וג'ימי מתקשה להתמודד.

לאחר שמחלה מסתורית תוקפת ילדים של חיילים, גיבס והצוות חוקרים את המקרה. אבי וג'ימי חוברים למרכז הרפואי לחקר מחלות של הצי כדי לגלות את מקור המחלה, מתוך תקווה למצוא תרופה.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות מאויימים על ידי ארגון טרור, בעוד חתונתו של ג'ימי פאלמר ממשיכה כרגיל.

כשקפטן בחיל הים נרצח בבית מלון, הצוות חוקר ומגיע ליעד האמיתי של הרוצחים, אישה בהיריון שמשרתת בחיל הנחתים ואשר התינוק שלה הוא היורש היחיד של אדמה במיקום אסטרטגי.

סודות מן העבר צצים כאשר החותנת לשעבר של גיגס מגיחה לפתע בתור עדה במשפט רצח.

כשהצוות מקבל דיסקים ממספר משפחות המתארים את בנותיהן נאנסות ומעונות, חברי הצוות מאמינים שצוות של שני רוצחים אחראי לפשעים.