מאלדר וסקאלי משתתפים במרדף משטרתי אחר רוברט פאטריק מודל – רוצח סדרתי מסוכן, שניחן ביכולת על טבעית מבעיתה: לשלוט במעשיהם של בני אדם כרצונו.

צוות מחקר צרפתי מוצא צוללת מימי מלחמת העולם השנייה, וכשצוללן נשלח לבדוק במה מדובר, הוא "נדבק" בחומר שחור. הצוות כולו נהרג כתוצאה מחשיפה לחומר החוצני, לאחר מכן, החוצן עובר מגוף…

מאלדר וסקאלי מנסים להבין מדוע סדרת רציחות נמשכת גם לאחר תפיסתו של הרוצח. בתחילה הם חושדים ברוצח חקיין או שותף פוטנציאלי, אך במהרה הם מבינים שלרציחות מקור סבוך ואפל בהרבה.

סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

בזמן שסקאלי חוקרת את התפשטותה של מחלה מדבקת וקטלנית בבית כלא, מנסה מולדר לאתר שני פושעים שברחו ונדבקו במחלה.

נולן משובץ עם בלש חדש כדי להכיר לו את התחנה, ויחד הם חוקרים מקרה רצח. תוך כדי החקירה נולן פוגש אהובה מהעבר.

אנסר מותקף במוסך על ידי חברים באחווה הארית כפעולת נקם על החבר הזוטר שקליי חיסל בכלא כדי לזכות להגנה מצד השחורים. חברי המועדון יוצאים למסע נקמה נגד התוקפים.

חברי המועדון מצטרפים לנסיעה כדי לשמור על חבריהם מבלפסט, והעניינים מסתבכים. בצ'רמינג מגלה טארה תגלית מפתיעה.

"סאם קרואו" מגיעים לאירלנד לחפש את אייבל, אך נתקלים בקשיים כבר בהתחלה. לא כולם שמחים על בואם, וג'קס סוף סוף לומד את האמת על המציאות בבלפסט ועל בנו שהפך לקלף…

כדי להגן על הטריטוריה שלהם ולנסות להגיע אל אייבל, נדרשים ילדי האנרכיה לוויתורים ולפשרות. בנוסף עליהם לחסל מלשין שמאושפז בבית חולים.

עסקי סרטי הפורנו של סאם קרואו גורמים צרות וקליי מנצל את ההזדמנות כדי להחיות את הסחר בנשק, הפעם עם הסינים. העימות בין ג'קס וקליי מחריף ועולה לרמה חדשה של עוינות.

בהתאם לתכניותיו של זובל, קליי יוצא לפעולת גמול במלוא העוצמה כשהוא מאלץ את ג'קס לפנות למקור לא צפוי כדי שיעזור לו להציל את המועדון מחורבן. ג'מה מלמדת את טארה איך…

זובל יוצר בעיה זמנית שהייל צריך לפתור כדי לערער על סמקרו. המעורבות של ג'קס בעסק של לואן מטריד את טארה.

בפתיחת העונה השנייה, חברי מועדון "ילדי האנרכיה" מפולגים בעקבות מותה של דונה. קליי סוגר עסקת נשק חדשה עם האירים. קבוצת בדלנים לבנים מתמקמת בצ'רמינג ומאיימת על המועדון בצ'רמינג.

סאם קרואו מתכננים פעולת תגמול נגד מועדון יריב בזמן שקארמון הייס הפצוע מטופל בתוך המועדון. ג'קס, בובי ואופי מתכננים לסגור את החוב של המועדון אחת ולתמיד.

התשלום עבור כלי הנשק של האירים מאיים ולוחץ, וסאם קרואו מתקשים לשלם. בני המאיה והנורדים לוקחים צעד דרסטי לעבר חיזוק הברית ביניהם. ג'קס מוצא את עצמו במצב מסוכן מול טרה.

כאשר בתה של משפחה בולטת בצ'ארמינג מותקפת במהלך הקרנבל, סאם קרואו מתחרים עם הרשויות על תפיסת התוקף. משלוח חדש של נשקים מגיע דרך הקשר עם האירים. בן זוגה לשעבר של…

בזמן שהמועדון מתמודד עם תוצאות התקיפה על מחסן הנשק הלא חוקי שלו, סגן ראש המשטרה מציב איום חדש על השליטה של סאם קרואו על צ'ארמינג. ג'קס ממשיך לדאוג בנוגע לגורלו…

כשמועדון מתחרה "מנקה" את מחסן הנשק הלא חוקי ולאחר מכן מחריב אותו, סאם קרואו מגיבים בהתאם לחוש הצדק האישי שלהם בכדי להשיג את נשקם חזרה. בינתיים, בעיות משפחתיות הקשורות לרך…

לקס עומד לממש את תוכניתו הזדונית עם לווייתן, וקארה בונה על חברים מהעבר ומההווה שיעזרו לה להציל את העולם.

סופרגירל וחבריה מצליחים לתפוס חבר בכיר בלווייתן. לינה ולקס משתפים פעולה לאחר שתקלה בנון נוקרה מעמידה אותם בסיכון.

סופרגירל צריכה להחליט אם להקשיב ללב או לראש בכל מה שנוגע ללינה. בינתיים, האיום של לווייתן מתממש בעזרתו של ראמה קהן.

כוח קדום תוקף את לינה, וסופרגירל מגלה סופסוף את האמת המרה על החברות ביניהן. ג'ון מקבל החלטה לגבי מאלפיק.

אופנוען שטח שעמד לעזוב את העיר עם חברתו לחיים הצעירה, נדקר. צוות המז"פ חוקר את העניין. וניק מגלה פרטים נוספים על חטיפתו – שלו.

רצח של איש מודיעין מעסיק את קאסל ובקט בפרק האחרון לעונה. במקביל, בקט ממשיכה את הרומן שלה עם דמינג, ובו בעת מסכנת את יחסיה עם קאסל. לבסוף, קאסל ובקט מתוודים…