ספיידרמן מגלה שסמיית הפך לקיבורג – חלקו אדם, חלקו מכונה והוא כעת קוטל העכבישים המושלם! אך כאשר עולה תקלה בתכנות שלו, סמיית רודף אחר האיש שאחראי למותו של אביו… נורמן…
אביו של הארי, נורמן אוסבורן, נעלם לאחר פיצוץ במפעל הכימי שלו. החיפוש של ספיידי אחר אביו של חברו, נתקל בסיבוכים – שודד רכוב על כלי ריחוף הקורא לעצמו הגובלין הירוק!
ספיידרמן מבקש את עזרתו של קונורס בהפיכת השפעות ההזדקנות. הנשר הופך לעכביש-האדם בגלל המוטציה שספג מנעוריו של ספיידי, והעקרב תופס את ד"ר סטילוול כדי שירפא את המוטציה שלו.
אדריאן טומס מבקש נקמה לאחר שנורמן אוסבורן מנסה להשתלט על החברה שלו. הוא הופך לנשר ומיד חוטף את בנו של נורמן, הארי. אך האם ספיידי יוכל להציל את הארי מטפריו…
בגלל האיומים המתמשכים של הקינגפין נגדו, נורמן אוסבורן שוכר את ההובגובלין כדי להתנקש בחייו של ווילסון פיסק, אלא שפיטר פארקר מציל את פיסק בדיוק כשההובגובלין תוקף אותו.
הקינגפין מציע לספק לאליסטר סמיית את הכספים הדורשים לו כדי לבנות עוד קוטלי-עכבישים בתמורה לחיסולו של ספיידרמן. אלא שכעת, סמיית כבול תחת שירותו של הקינגפין עד שיצליח לחסל אותו.
נורמן אוסבורן שוכר את שירותיו של ספנסר סמיית כדי ללכוד את ספיידרמן וכדי כדי לעשות זאת, סמיית יוצר את הנשק הקטלני ביותר שלו, קוטל העכבישים – רובוט ענק בצורת עכביש.