חלק ב: סנ"צ גונסון מפענחת את פרשת הרצח ואת פרשיית הריגול וחושפת את החפרפרת בסי-איי-איי.

חלק א: סנ"צ גונסון הוצאה לחופשה מנהלית לאחר הירי בחדר היחידה והיחידה מפורקת. אך לאחר 4 חודשים, נקראת ג'ונסון לסייע לסי-איי-איי במקרה של רצח וריגול, בתמורה לחזרתה לעבודתה.

חייל אמריקאי ראשון מכוח השלום נהרג בכפר דרום; סנטוס חובר לרפובליקנים לעבודה על הצעת חוק בריאות; ליאו נאבק בדרך להחלמה בעזרת אחות נבונה ונחושה.

ריס ופינץ' מגלים שהמבוקשים החדשים שלהם הם חמשת "הדונים" של המאפיה בניו-יורק, וכי אליאס מנסה להשיג שליטה מלאה על הפשע המאורגן.

טוני מחלים וכבר נאלץ להתעמת עם פיל ליאוטרדו על חלקו בחברה של דיק ברון. פולי מגלה סוד משפחתי מטריד.

בעוד טוני עדיין שרוי בתרדמת, הצוות שלו נקלע לאי שקט וכולם בוחשים בקלחת. סיל ממונה לבוס הזמני. כריס מנסה שוב את מזלו בעולם הקולנוע ופין שוקל את עתידו האקדמי.

כרמלה עורכת מסיבת יום הולדת לאביה ומבקשת מטוני שלא יגיע. אביה כועס וכרמלה נאלצת להזמין את טוני. טוני ב' מחפש עבודה מהצד ומסכים לבצע חיסול למען מאפיונר אחר.

טוני פוגש בפראן, אישה שהייתה הפילגש של אביו עד יום מותו. הוא עוזר לה להשיג סכום כסף שהיא טוענת שאביו של טוני הבטיח לה. הקשר איתה מעורר בטוני רגשות אמביוולנטיים…

איי-ג'יי חוזר לגור אצל כרמלה לאחר שהוא וטוני מגיעים למצבים אלימים. כרמלה מקבלת אותו חזרה לאחר הצבת מספר תנאים. כרמלה מתחילה לנהל רומן עם היועץ של איי-ג'יי בביה"ס.

בנו של ראלף נפגע ויש חשש שיהפוך לצמח. ראלף מחליט לכפר על חטאיו, אך חוזר לסורו, כשהוא שומע שטוני מתראה עם ולנטינה.

טוני מנהל רומן עם חברתו של ראלפי, שמספרת לטוני שראלפי מזוכיסט. כרמלה לוקחת כסף מהמחבוא של טוני ומשקיעה אותו. אמו של פולי מתקשה להתאקלם בבית האבות.

הצוות של טוני בראשות סילביו מתעמת עם קבוצת מחאה של ילידים אמריקנים על רקע חגיגות יום קולומבוס. ראלף עוזב את רו וחושב שיעבור לגור עם ג'אניס, אך ג'אניס זורקת אותו.

ג'וניור מגלה לטוני שהוא חולה בסרטן. ג'אניס מותקפת על ידי חבריה של סבטלנה, ומחליטה להתקרב אל האל. טוני מחבל בקריירה של שוטר שרשם לו דוח על מהירות מופרזת.

ג'וניור ושאר הקאפואים נעצרים. ליוויה לוקה באלצהיימר ולאחר מכן בשבץ. האף-בי-איי משמיע לטוני קלטות מבית האבות המאמתות את חשדותיו שג'וניור ואמו תכננו את ההתנקשות בחייו.

ניסיון ההתנקשות בטוני נכשל, וג'וניור חושש שמא יתגלה לטוני שהוא זה שניסה להתנקש בו. טוני הוזה בחורה איטלקיה שבאה לגור בבית של קוזמאנו.

טוני ממשיך לנהל את המשפחה, למרות שהוא נותן לג'וניור להרגיש שהוא הבוס. טוני מצהיר בפני ד"ר מלפי שהוא מאוהב בה, ובו בזמן, מתדרדרים יחסיו עם כרמלה.

מדו וטוני מבקרים בקולג'ים וטוני מזהה מודיע של האף-בי-איי שהצטרף לתוכנית ההגנה לעדים. בינתיים, כרמלה מגלה משהו על ד"ר מלפי.

הצוות חוקר את רציחתו של ספורטאי מצטיין שנדקר למוות תוך כדי שיחה בטלפון. החקירה נתקלת בקשיים כאשר הגופה נעלמת מהמעבדה.

בפרק הסיום של העונה, חוקרי הז"פ מחכים ליד מיטתו של חברם הנאבק על חייו. אחד החוקרים, שיש לו ייפוי כוח, עומד בפני החלטה קשה מאוד. אנשי הצוות חוקרים גם את…

ג'יין ופישר חוקרים רצח שהתרחש באתר של קידוח נפט. בינתיים, המצוד אחר חשודים בתקיפת חברי סי-בי-איי לשעבר מוביל את ריגסבי וואן פלט לאוסטין, טקסס.

עובד בנק נרצח תוך כדי שוד, וג'יין והצוות מנסים למצוא את הרוצח. ליסבון נהיית יותר מעורבת ביריבות בין הסי-בי-איי לאף-בי-איי.

בנו של קצין צבאי לוקח תלמידים כבני ערובה ומאיים לפוצץ פצצה המחוברת לחזה שלו. גיבס מנצל הזדמנות להיכנס לכיתה ולהפוך לבן ערובה, וטוני לוקח את המושכות לידיים בהיעדרו.

הצוות נקרא לפיטסבורג לאחר ששיעור התאבדויות גבוה ובלתי רגיל עם הפסקה של שבועיים חשודה נראה כעבודתו של מלאך מוות.

בנסון וסטייבלר חוקרים מוות של נערה בתאונה, כשמתברר שהיא סבלה מתת תזונה וכנראה נדחפה אל מותה. הראיות מובילות אותם לניצול ילדים מחפיר ככוח עבודה זול, ודרדורם לזנות.