סגן צעיר נחטף על ידי מתחזים לחובשים באמבולנס, יחד עם סבו, רס"ר משוחרר ומעוטר מהצי. מהר מאוד מתברר שהיעד לחטיפה הוא הסב, שמחזיק ככל הנראה במטבע שהשירות החשאי מעוניין להשיג.

מאבטח נרצח בירי ממכונית חולפת, והצוות מגלה שהיעד לחיסול היה המאבטח עצמו. קשר מפוקפק בין חברת האבטחה לבין כנופיית רחוב גורמת לסאם לחדור לחברת האבטחה במסווה.

חברי היחידה נשלחים לאתר ולעצור פושעים שגנבו מטען נשק צבאי סודי. המשימה מסתבכת יותר מהרגיל כשהם מגלים שאחד מחברי כנופיית הפושעים הוא לא אחר מאשר סוכן סמוי מהיחידה שלהם.

הצוות עושה כל מאמץ לוודא שהטי בטוחה, אבל הם לא יודעים שלהטי יש תוכניות משלה. בינתיים, נל מרגישה רע לאחר שהרגה בפעם הראשונה.

לאחר שדיפלומט מגינאה המשוונית נרצח והרוצח מזכיר את שמו של טוהן, שכיר חרב לשעבר שעבד עם הטי, סם וקלן נוסעים למקסיקו לאתר אותו. קנזי חושדת שסבסטינו הוא "הרוח הלבנה" ומתעמתת…

כשמטוס מתרסק, מתברר שהיו בו סגן אדמירל לשעבר ועיתונאי שנוי במחלוקת. הצוות חוקר את המקרה ומגלה שהעיתונאי כתב על פשעי מלחמה ולמעשה המטוס הופל.

יחידת לוחמי עילית נקלעת למארב בפשיטה על ביתו של ראש קרטל מקסיקני והצוות נשלח לאתר את מקור הדליפה.

נייט גטס מבקש עזרה מצוות אן-סי-איי-אס כאשר האף-בי-איי מאשים חייל מארינס לשעבר בהכנת פצצה כימית.

סם וקלן מגיעים לתימן כדי לצוד מנהיג טרור ולהציל את בנו החטוף של נסיך סעודי.

סם נכנס כסמוי לכלא כדי לעצור קבוצה של טרוריסטים בינלאומיים האחראים לפיגועים ברחבי העולם.

דרק והשותף של קנסי יוצאים למשימה בחיפוש אחר שלושה נחתים שנעלמו לאחר שהרכב הצבאי שלהם נמצא נטוש במדבר.

בפרק הפותח, סוכן נעלם במהלך משימה והצוות, יחד עם איש הצוות החדש, מרטי דיקס, עובדים בשיתוף עם משטרת לוס אנג'לס כדי למצוא אותו.

עם הגעתו של סוכן המוסד מיכאל ריבקין, טוני נאלץ לחקור את נאמנותה של זיוה ל-אן-סי-איי-אס. בינתיים בלוס אנג'לס, הסוכן המיוחד קיילן עובד במסווה בנסיון ללכוד את חברי תא הטרור הרדום.

בפרק מיוחד המצטלב עם סדרת הספין-אוף "אן-סי-איי-אס: לוס אנג'לס", שני הצוותים נפגשים בלוס אנג'לס במטרה לפענח רצח של חייל מארינס, כאשר הרוצחים שייכים, כנראה, לתא טרור רדום.