לאחר שציר הזמן השתנה בגלל פעולותיהם של ס"ג-1 בעבר הרחוק, גירסה חלופית של ס"ג-1 חייבת להשתמש במכונת הזמן שהתגלתה לאחרונה כדי להסדיר את רצף הזמן.

ס"ג-1 נוסעים אחורה בזמן בנסיון נועז לגנוב מכשיר טכנולוגי עתיק מידיו של רע, הגאולד רב-העוצמה ששלט במצרים העתיקה.

ג'ו, ספר עצבני, פורץ לביתו של אוניל ומאשים אותו בהרס חייו. משום מה ג'ו יודע הכל על הרפתקאות ס"ג-1, הרפתקאות שבתחילה הוא העלה על הכתב וניסה לפרסם כשלו, אך כעת…

מקרה של כמעט מוות גורם לטיאלק לדמיין את חייו שונים מאוד מזה שהוא מכיר, חיים בהם הוא אדם נורמלי החי על כדור-הארץ – עד שהוא לא מצליח להבחין יותר בין…

ס"ג-1 מוצאים את עצמם תקועים בספינה הרוסה בגלקסיה מרוחקת – בעוד אפופיס מאיים להשמיד אותם. טיאלק עובר שטיפת מוח והופך נאמן לאפופיס.

לאחר שמוחו השתנה על ידי אפופיס, טיאלק חייב לעבור טקס שייקח אותו אל קצה המוות עצמו כדי שיוכל לגלות מחדש את מי הוא.

ס"ג-1 מסייעים לפנות את הטוקרה לבסיס חדש – אבל העניינים מסתבכים כאשר מרגל מגלה את מיקומם לאפופיס. הצוות מנסה תוכנית נועזת להפיל את הצי רב העוצמה של הגאולד.

חברי הצוות של דניאל ג'קסון מבחינים בשינוי מטריד בו כאשר הוא מתאחד מחדש עם הילד של הרססיס וזה מעניק לו את הזיכרון הגנטי של הגאולד.

ס"ג-1 חייבים למנוע מאפופיס והרו'אר מלהקים ביניהם ברית עוצמתית, בעוד טיאלק נתפס ומעונה על ידי הגאולד.

טיסת מבחן של מטוס תקיפה חדש מסוג ראשון המבוסס על טכנולוגיה של הגאולד משתבשת ומשאירה את ג'ק ואת טיאלק נטושים בחלל.

קרטר חייבת לחפור בזכרונותיה של ג'ולינאר ולהיזכר כיצד נמלטה כדי שס"ג-1 יוכלו לברוח מכלא הגיהנום, בעודם נלחמים באחד מאויביהם המרים ביותר.

כאשר אביה של מייג'ור קרטר נחטף על ידי סוקאר, צוות ס"ג-1 חייב לחדור לכלא הממוקם על ירח דמוי גיהנום על מנת להציל אותו. כלא שהיחידה לברוח ממנו הייתה ג'ולינאר.

ס"ג-1 מגלים מחנה צבאי בו צעירים מאומנים להתחזות לאנשי ס"ג כדי שיוכלו לחדור לכדור-הארץ. הצוות שמבין שאנשי המחנה לא מודעים לנפילתו של אפופיס ומחליטים לנצל את המצב.

ס"ג-1 חייבים להושיע מציאות חלופית של כדור-הארץ מפני פלישת גאולד לאחר שכפילים של סמנתה קרטר וצ'ארלס קאוולסקי מגיעים דרך המראה הקוונטית ומבקשים עזרה.

אוניל, קרטר וג'קסון מתעוררים מתוך קפאון במה שנראה כמפקדת הכוכב – כמעט 80 שנה בעתיד, ללא ידעתם של אנשי הצוות האחרים ועם ספקות גדולים במה שסופר להם.

אפופיס, האויב הגדול ביותר של ס"ג-1, מחפש מפלט מסוקאר ומגיע לסף מותו במפקדת הסטארגייט, שם סוקאר דורש את נקמתו באפופיס ומאיים להחריב את כדה"א באם לא ייענה.

ג'קסון מגלה שאשתו חזרה לאבידוס, אלא שכעת היא בחודש התשיעי להריונה מידיו של אפופיס. בעוד שעל כדה"א, אוניל חייב למנוע את חשיפתה של תוכנית הסטארגייט לעולם.

כשס"ג-1 לכודים על ספינתו של קלורל, נראה כי כדור-הארץ נידון לחורבן בזמן שספינות הפירמידה מתכוננות להשמיד את הכוכב.

ס"ג-1 נמלטים דרך הסטארגייט ומגלים כי חזון המציאות של דניאל החלופי היה נכון – אפופיס תוקף את כדור הארץ משמיים. על הצוות לעצור את אפופיס ואת בנו, קלורל, אשר שוכן…

הסנאטור קינסי מגיע למפקדת הסטארגייט כדי לחקור את התוכנית ולקבוע האם היא מצדיקה את התקציב האדיר שלה, מה שמביא את הצוות להיזכר במשימות בשנה האחרונה.

טיאלק חייב לעמוד לדין על פשע שבוצע בזמן ששימש כקצינו הראשי של אפופיס כאשר אדם על עולם זר מזהה אותו כג'אפה שהרג את אביו.

כשהצוות נמצא תחת לחץ מצד הממשלה למצוא טכנולוגיות חדשות, ס"ג-1 מגיעים לעולם המיושב על ידי גזע פרימיטיבי לכאורה. כאשר אפופיס מגיע, ס"ג-1 אורבים לו, אך לדבר תוצאות הרות אסון.

קולונל אוניל, המוביל את צוות ס"ג-1 החדש, עוקב אחר אפופיס בחזרה לכוכב צ'ולאק כדי להציל את שארה ואת סקארה ומתיידד עם אחד משומרי הג'אפה של אפופיס.

כאשר חייזרים עוצמתיים מגיעים דרך הסטארגייט של כדה"א, קולונל ג'ק אוניל חוזר לאבידוס כדי להשיב את דניאל ג'קסון שגילה כי מערכת המעבר החוצנית כוללת הרבה יותר משני כוכבי הלכת.