מאלדר וסקאלי חוקרים את מותו של פעוט בן שנתיים. ניתוח של תצלומי האירועים שקדמו למותו רומזים להתערבות אפשרית של ישות על טבעית וכי משפחת הילד אינה זרה לאירועים מסוג זה.

סוכנת האף-בי-אי והמדענית דיינה סקאלי מצוותת ליחידת "תיקי האיקס" ופוגשת בסוכן המוזר מאלדר. יחד הם יוצאים לחקור עיירה שבה כל התלמידים ממחזור 1989 נמצאים מתים עם צלקות זהות על גופותיהם.