מורדים משתלטים על ה"גלקטיקה" ונוקטים בצעדים על מנת להיפטר מרוזלין ואדאמה.

ההתנגדות לברית עם הסיילונים הופכת אלימה, כאשר חילופי אש נערכים ברחבי הספינות ואלה שתומכים בברית מוצאים את עצמם תחת מתקפה.

אדאמה מאמין שטכנולוגיית הסיילונים היא הדרך היחידה להציל את הצי, אבל הצעתו לכריתת ברית נתקלת בהתנגדות כזה בראשותו של טום זארק.

חטיפתה של הנשיאה רוזלין בידי הסיילון ההיברידי גורמת למאבקי כוחות בקרב צי המתיישבים.

מנהיגותה של הנשיאה רוזלין עומדת במבחן כשה"גלקטיקה" חוברת למורדים הסיילונים במטרה להשמיד את מרכז ההחייאות של האויב.

כשקארה טרייס מטיסה ספינת תובלה יחידה בחיפושה הנואש אחר כדור הארץ, מזימות פוליטיות וסכסוך בין זוג נשוי על סיפון ה"גלקטיקה" מתרחשים במקביל ליצירת חורים עמוקים הנפערים בשורות הסיילונים.

גזענות, מחלות ורצח משתוללים ברחי הגלקטיקה בשעה שהצוות הרפואי מתקשה להשתלט על מגפה שהגיעה מפליטים סג'יטרונים.

בעקבות העזיבה מקאפריקה החדשה, תוצאות מסתדרות בשעה שאלו שנלחמו בסיילונים מחפשים נקמה – או צדק – נגד אלה ששיתפו איתם פעולה.

גלקטיקה והמורדים בניו קאפריקה מתאמים את המתקפות שלהם במאמץ נועז לשחרר את בני האדם מהעריצים הסיילונים.

בשעה שאדאמה מתכנן משימת חילוץ אמיצה, שרון מגיעה לקאפריקה החדשה כדי לעבוד עם העריקים.

הסיילונים נוקטים אמצעים נגד בני האדם לאחר פיגוע בבית הספר לשוטרים, בשעה שאדאמה מתכנן לשלוח קצין מהגלקטיקה לקאפריקה החדשה כדי לעבוד עם ההתנגדות.

בפרק האחרון לעונה, על לורה לבחור בין גניבת הבחירות לבין לתת לבלטאר לנצח.

הגילוי המקרי של כוכב הראוי למגורים מטה את הבחירות לטובתו של בלטאר, בשעה שמשימת החילוץ של סטארבק לקאפריקה נתקלת בבעיה לא צפויה.

בשעה שהבטלסטאר פגסוס מתמודדת עם משבר פנימי ואיום חיצוני, קמפיין הבחירות לנשיאות מסתכם בעימות סוער על זכות הבחירה לעומת הזכות לחיים.

מסעה של הנשיאה רוזלין לשים סוף למסחר המשתולל בשוק השחור יוצר אלימות וחקירה שמגיעה עמוק לתוך הצבא, והמעגלים האזרחיים והממשלתיים.

הנשיאה רוזלין יוצאת למסע עם הקונפדרציה שלה בחיפוש אחר קבר את'נה בשעה שקומנדר אדאמה שולח משימת חילוץ לקובול.

למעלה משליש מהצי הולך בעקבות הנשיאה רוזלין וטום זארק, מתפצל מהגלקטיקה וקופץ למסלול סביב קובול.

אדאמה חוזר לקבלת פנים של גיבורים ומטלה לא נעימה: עליו למצוא את לי ואת הנשיאה רוזלין, שנמלטו ומתחבאים בתוך הצי.

ספינות הצי מורדות במשטר הצבאי של קולונל טיי ובעקבות אירוע אלים מחליטה הנשיאה רוזלין להמלט ממעצר.

הקומנדר הזמני טאי מתחיל להבין שבלהיות מנהיג כרוכים דברים מעבר לנתינת פקודות. הוא מוצף, ומוצא את עצמו מתקרב שוב לאלכוהול.

רוזלין מנסה למנוע מזארק להיבחר לסגן נשיאת המושבות בעוד לי וקארה מנסים למצוא מתנקש שמאיים על חייה.

הנשיאה רוזלין חושדת שהמפקד אדמה הוא סוכן סיילוני. אשתו של קולונל טיי מופיעה ומסבכת את העניינים.

סרן אפולו מציע להשתמש באסירים כדי לכרות מים עבור הצי, אבל טרוריסט ממריד אותם ולוקח את נציגי הגלקטיקה בשבי.