דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

אנשים ברחבי המדינה נופלים למשכב ופאניקה נרחבת מאיצה בסקאלי לנסות למצוא תרופה. בינתיים, מאלדר מתעמת עם האיש שהוא מאמין עומד מאחורי כל זה, אבל עוד דמות מעברם של מאלדר וסקאלי…

סקאלי ומאלדר מתחילים לחקור לאחר שגלריה לאמנות, המציגה יצירות אמנות פוגעניות מופצצת. הם מנסים למצוא דרך לתקשר עם העבריין הנמצא בתרדמת, בכדי לנסות למנוע מתקפה נוספת.

תשומת ליבו של סטיב צריכה כעת להתחלק, בין החקירה הנוכחית, מקרה רצח של שחקני פולו, וחזרתו המפתיעה של אימו.

למורת רוחם של לילי ובארני, מארשל מתפטר מעבודתו כדי להתנדב למען הסביבה. טד וזואי חלוקים בדעותיהם לגבי העתיד.

בארני מתחיל לפחד שמשהו לא בסדר איתו כאשר הוא מבין שיש לו רגשות שהולכים וגוברים כלפי נורה. בינתיים, רובין מתחילה לצאת עם בחור שמתנהג לפעמים כמו כלב.

כאשר מתחריו של ג'יי בעסקי הארונות משחררים מודעה קליטה לפרסום העסק, הוא וקלייר פותחים במירוץ כדי לצלם פרסומת משלהם.

ברי הנואש נכנס לכוח הספיד כדי להציל את וולי ונתקל ביריבים ובבני ברית שירדו מגדולתם. ג'סי מחליט להתעמת עם סביטר בעצמו.

בתוכנית נועזת, הצוות סוגר את כל הפרצות ועובר לכדור הארץ 2. ברי נכנס לחיי הכפיל שלו ואינו מרוכז במשימה.

חלפו שישה חודשים מאז ההתמודדות עם הייחוד, וצוות פלאש התפזר. ברי נותר לבדו במעבדות ס.ט.א.ר. ונאלץ להתמודד בכוחות עצמו עם מטה-אנשים.

בפרק האחרון לעונה, ד"ר וולס מציע לברי הצעה מפתה: הזדמנות לחזור בזמן ולהציל את אמו. אך ההשלכות עלולות להיות הרות אסון.

פלאש מגלה שד"ר וולס הפעיל מחדש את מאיץ החלקיקים, והוא מבקש מקפטן קולד שיסייע לו להציל את המטה-אנשים הלכודים בתוכו.

גנרל איילינג מנסה להשתמש ברוני ובד"ר שטיין בפרויקט חיילי-העל שלו, וברי בודק אם ייתכן שהוא נסע בזמן.

רוני תוקף מדען בעקבות שינוי מסוכן שעבר, ופלאש יוצא לתפוס אותו. ג'ו וסיסקו בוחנים מחדש את הרצח של נורה אלן.

פלאש זוכה סוף סוף להזדמנות להתעמת עם פלאש ההפוך, האיש שרצח את אמו. קייטלין מקבלת בשורה מפתיעה בנוגע לארוסה רוני.

בפרק המפגיש את שתי הסדרות, החץ מגיע כדי לעזור לפלאש לחקור בומרנג קטלני, אך מטה-אדם שמסוגל לשלוט ברגשות גורם לפלאש לצאת נגד חברו לשעבר.

פלאש וג'ו עוקבים אחרי מטה-אדם קטלני שמתמחה בגזים רעילים, וקייטלין חווה מחדש את הערב שבו התרחש הפיצוץ שארוסה נהרג בו.