קירק מבקר בכוכב שעליו חי אחיו ומגלה שהוא נהרג על-ידי חייזרים דמויי אמבות. הם מדביקים גם את ספוק, אבל לתרופה של בונז יש תופעות לוואי מפתיעות.

קירק פוגש את לזרוס, שטוען שהוא במרדף חוצה זמן ומרחב אחרי העצמי המקביל שלו. לדבריו, אם קירק לא יעזור לו, כל מערכת העולמות בסכנה.

קירק מנסה להקים מוצב בכוכב שעליו חיים האורגאניים הפרימיטיביים לכאורה. הקלינגונים תוקפים והאורגאניים מראים בדיוק כמה הם מפותחים.

קירק וספוק חוקרים מקרה שבו מפלצת הרגה מספר אנשים במושבת כרייה. ספוק מגלה שהיצור המוזר הוא תבוני, וגם שיש לפעולות שלו מניע מוצדק.

האנטרפרייז נוחתת על כוכב שבו כולם הופכים לפסיביים מאוד ומביעים חיבה רבה זה כלפי זה. עד מהרה קירק מגלה את הסיבה לתופעה.

צוות האנטרפרייז נתקל באנשי-על אלימים בהנהגתו של חאן נוניאן סינג, שנלחם בקירק על השליטה וגורם לאיש צוות נאמן לבגוד בצי הכוכבים.

חברי הצוות מגיעים אל כוכב שבו נגזר עליהם למות וקירק מגלה שהם חלק ממלחמה וירטואלית שבה הלוחמים מתאבדים כדי להימנע מקרבות אמיתיים.

צוות האנטרפרייז מגיע אל כוכב שבו ספינה של צי הכוכבים נעלמה שנים רבות קודם לכן. על הכוכב הם מוצאים מחשב עריץ ששולט ביד רמה בתושבי הכוכב.

חייזרים חוטפים את קירק יחד עם גורן – הומנואיד אלים בעל מראה של לטאה. כדי להציל את הצוותים שלהם, קירק והגורן חייבים להילחם עד המוות, אבל קירק מסרב.

ספוק, בונז, סקוטי ואחרים נוחתים נחיתת אונס על כוכב, ומותקפים על-ידי ענקים קטלניים. ספוק מסכן את חייהם כדי לנסות לממש סיכוי קטן לחילוץ.

ציפורי מלחמה רומולניות משמידות מוצבים של הפדרציה וצוות האנטרפרייז רודף אחריהן. הדמיון בינן לבין הוולקנים מעורר דעות קדומות כלפי ספוק.

קודוס, רוצח סדרתי נמלט, הוא שחקן שייקספירי מהמאה ה-23. לאחר שחבר נרצח, קירק מבקש מלהקת תאטרון שייקספירי לחקור.

במהלך המשפט הצבאי של ספוק, הקלטות וידאו מהמפגש של קפטן פייק עם הטאלוסיים בעלי הכוחות העל-טבעיים חושפות את המניע של ספוק לחטיפת הספינה.

האנטרפרייז חומקת ברגע האחרון מספינת החלל המאיימת של החייזר ביילוק, אבל כשביילוק שולח קריאת מצוקה, קירק והצוות נחלצים לעזרתו.

קירק והצוות מצילים את הארי מאד ושלוש 'כלות בהזמנה' משירות השדכנות שלו. מאד מנסה למנוע מקירק להעמיד אותו לדין.

וירוס גורם לצוות האנטרפרייז לאבד את השליטה העצמית. סולו מאיים על הצוות בחרב, ספוק בוכה ובונז מחפש תרופת נגד.

צ'רלי, נער בעל כוחות על-טבעיים עוצמתיים, משוגר אל סיפון הספינה. למרות שהוא רוצה שיחבבו אותו, הוא תוקף אחרים עד שקירק מגלה את הסוד לגבי הכוחות שלו.