קולסון נאלץ לחבור לבעלי ברית מפתיעים כדי להציל את העולם. בינתיים, הצוות שלו מנסה לאתר אותו כדי לחלצו, ג'מה וסימונס מנסות לשכנע את מאק, שישחרר את פיץ.

פרק סיום עונה כפול. ש.י.ל.ד מסתכנת ועושה הכל כדי לשרוד את המלחמה המטשטשת את הגבולות בין ידיד לאויב. קולסון והצוות ייאלצו לקבל החלטות קשות שישנו את עולמם לעד.

סקיי לא מסוגלת להחליט האם לחבור לש.י.ל.ד או לבלתי אנושיים, בעוד שתי הקבוצות הולכות ומתרחקות אחת מהשנייה. בינתיים, הסוכן קולסון מתוודה על סוד שלא סיפר עליו לאף אחד.

קולסון משכנע את גונזלס לשתף פעולה עם גרנט ובקשי כדי לחלץ את דתלוק ולינקולן מבסיס הידרה, וגם לאסוף משם מודיעין. ג'יאיינג מוזהרת מפני ריינה.

סקיי נמצאת בבידוד, וג'מה נמצאת בבטן האדמה ועובדת על הטבעת העיר הסודית. בינתיים, הצוות מתכונן למבצע נגד הידרה, כדי לחסל את האנשים שארגנו את מותו של טריפ. ריינה עברה שינוי,…

הצוות מנצח את "הידרה" במירוץ לאיתור העיר העתיקה, אולם צריך לשלם כדי לחשוף את סודותיה של העיר. בינתיים, מיי וסקיי ממהרות למצוא את ריינה לפני שוויטהול יגיע אליה.

פיץ-סימונס וטריפ יורדים למנהרות כדי לטמון פצצות ליד המקדש והם לא יודעים באיזה מצב הם יתקלו שם במאק. בינתיים, סקיי נפגשת עם אביה והוא מגלה לה עובדות מפתיעות על עברה.

לאחר האיומים על ריינה, היא פונה לאביה של סקיי ומבקשת ממנו את האובליסק. סימונס שולחת מסר לש.י.ל.ד., וזה מביא לפתיחה בחקירה לגילוי החפרפרת שבהידרה.

קולסון ומלינדה מנסים להשיג ציור העשוי להיות המפתח למצבו ההולך ומתדרדר של קולסון. כאשר חברי הצוות לכודים, פיץ הוא התקווה היחידה שלהם.

אויבים רבים מתקרבים אל עבר חברי הצוות, וקולסון מבצע פעולה נואשת כדי להצילם. בינתיים, רופא שומר על סודות העלולים לסכן את אחד הסוכנים. בתפקיד אורח: קייל מקלכלן.

פרק 22 ואחרון לעונה. סודות אפלים נחשפים כאשר קולסון והצוות מסכנים הכל כדי לעצור את גארט ואת הידרה. בתפקיד אורח: סמואל ל' ג'קסון.

האמת אודות גיוסו של וורד להידרה ולסוכנות ש.י.ל.ד נחשפת. קולסון וצוותו חודרים במסווה אל אחד ממטות סייברטק כדי לגלות מה הם מתכננים לעשות ומה הקשר של הידרה לגארט.

קולסון והצוות מחפשים מקלט מהקולונל גלן טלבוט – במקום האחרון שמישהו יחשוב עליו. הם מתחילים לחשוף את סודותיה המסוכנים ביותר של סוכנות ש.י.ל.ד, סודות העלולים להשמיד את כולם.

קולסון מגלה מידע חיוני בנוגע למסתורין שאפף את מותו, אך בזמן שמרבה הרגליים צמא לדם, מידע זה עלול לעלות בחיים של אחד מחברי הצוות.

בפרק מותח במיוחד, קולסון שוב נלחם במרבה רגליים, והפעם הוא מגייס לעזרתו את מייק פיטרסון שכעת יש לו כוחות-על. ככל שחברי הצוות מתקרבים לאמת, הם מגלים סודות מפתיעים. תפנית לא…

הסוכן קולסון והצוות מגיעים לאסיה כדי להציל צעיר סיני עם כוח בלתי רגיל. ילדה מסתורית בשמלה פרחונית עשויה לעזור להם. יחסיה של סקיי עם שאר הסוכנים עלולים להתערער עקב סוד…