הצוות חוקר מספר חשודים לאחר שגופת גבר מתגלה בתוך קופסא גדולה.

פרק סיום העונה. מק וריילי מעמידים פנים שהם מאמינים במטרה של קודקס יוצאים עם אנשי קודקס לממש את תוכניתם ההרסנית בלי לדעת מה התוכנית ואיך אפשר למנוע אותה. טיילור ודזי,הרואים…

המספרים שהמבקר הותיר למק מובילים לבית שהיה שייך לטסלה, ושם מק מוצא מפה שמובילה לנשק-על שטסלה בנה. משהו במפה מוזר, ולפני שמק מספיק להבין מה, הוא נתקל בבעיה.

הצוות יוצא לחקור את מקרה היעלמותו של סוכן בסוכנות הביון של משרד ההגנה, אשר עסק בפיתוח תוכנה מתקדמת לזיהוי עבמ"ים, ונעלם רגע לפני דיון חשוב בנושא עם הפנטגון.

הצוות חוקר מקרה שבו שרידי גופת אדם נגלים בחבית יין במהלך הטעימות. הם מזהים את הקורבן כמבקר יינות שהביקורות שלו הזיקו לייקב שבו נתגלתה גופתו. כך הופכים כל עובדי הייקב…

ראסל נלקח כבן ערובה לאחר שנער מתבגר פותח באש בתחנת משטרה.

פרק 23 ואחרון לעונה. קאסל ובקט מתכוננים לחתונתם, אולם הפתעה לא נעימה עלולה לשבש את היום הגדול. הם יוצאים להרפתקה הזויה, ופוגשים בגברים במסיכות ואופנוענים זועמים על הדרך.

דינוזו פוגש את האקסית שלו, בדיוק כשמורדים בסודן תוקפים חבורה של רופאים מתנדבים, ובהם בעלה. דינוזו ומק'גי מגיעים לזירת הפשע לחקור מקרה כפול של רצח וחטיפה.

סוחר נשק נמצא מת, וה-אף-בי-איי חוקר את צוות האן-סי-איי-אס. ג'ני שפרד הופכת לחשודה העיקרית.

בפתיחת העונה החמישית, צוות אן-סי-איי-אס נכנס לעימות מסוכן עם סוחר נשק, המסתיים בצורה הרסנית.

פרק 24 ואחרון לעונה. גיבס מנסה לפענח למה הסוכנים מתבקשים לעבור בדיקת פוליגרף, בעוד טוני וחברה שלו מוחזקים כבני ערובה בידי סוחר סמים.

גיבס דוחה את עבודת הניירת שלו על מנת להוביל את חקירת הרצח של אישה שנמצאה במונית בדרך למפקדה. בינתיים, ג'ני חושפת סוד בנוגע לעברה.

צלם עיוור מצלם בטעות רצח של קצין זוטר. עם ראיות מעטות, הוא מנסה לשחזר את זירת הרצח. בינתיים, גם גיבס וגם טוני חווים בעיות במערכות היחסים שלהם.

שפרד מסכנת את חייה ומסכימה להיפגש עם מודיע לבד, אך המפגש מתפוצץ כאשר המודיע נהרג. גיבס והצוות מנסים לאסוף את המידע שהאיש התכוון לספק להם.

שיחה אנונימית שהייתה אמורה להוביל לתפיסתם של טרוריסטים מתבררת כמלכודת, וגורמת למותם של שני סוכנים. הצוות מנסה לאתר את האחראים, בעזרתה של סוכנת המאשימה את עצמה בטרגדיה.

חייל מארינס שנחשב כמת, מתעורר על שולחן הניתוחים של דאקי. מבט אל עברו מגלה טיול סודי לבגדד על מטוס פרטי, וקשר לעברו של גיבס.

גופתו של מלח נמצאת במסעדה נטושה, והסוכנים עובדים עם שוטרים מקומיים. אחד מהם דומה מאוד לטוני באישיותיו, וטוני נפתח בפניו ומתוודה על רגשותיו כלפי ג'ן.

קצין מודיעין של המארינס נרצח במלון בעיירה קטנה, אבל החקירה משובשת על-ידי הרשויות המקומיות שהגיעו לזירת הפשע לפני הסוכנים.

גילוי גופתו של חייל מארינס שעבד עם נשק כימי מוביל את הסוכנים לאויב ותיק, מומחה חומרי הנפץ מאמון שריף. גם הקולונל הוליס מן מגיעה אל שריף – היא מצטרפת אל…

חברי הצוות נאלצים להשתתף בסמינר על הטרדה מינית, במהלכו נודע להם על מפקדת בחיל הים שנמצאה מתה. מתברר שהיא נחנקה מפחמן דו-חמצני, בתוך הרכב הרובוטי שהיא עזרה לפתח.

גופה חרוכה וחנוטה כמומיה נמצאת בבסיס מארינס, והצוות נקרא לחקור. התפתחות החקירה מובילה לכך שהצוות צריך לעבוד עם האף.בי.איי. בינתיים, הסוכנים כועסים על מקגי שכתב רומן ובו דמויות המזכירות אותם.

אחותו הצעירה של מקגי מופיעה בדירתו מכוסה בדם, ואינה זוכרת מה קרה. כאשר הוא הולך לקולג' בו היא לומדת כדי לברר עוד פרטים, הוא מוצא את צוות המז"פ סביב גופתו…

אדם נופל אל מותו ממרפסת מלון, במהלך מפגש של אנשים בעלי שם. מסתבר שהוא היה חייל מארינס עטור שבחים, שהפך להומלס לאחר ששוחרר מהצבא.

הצוות חוקר פיצוץ שהתרחש בקאנטרי קלאב של הצבא והרג קולונל במארינס, ועובד יחד עם יחידת חקירה צבאית. בינתיים, טוני שומר על אהבתו החדשה בסוד מהצוות.

שתי גופות שעורן נפשט מעליהן נשטפות לשני חופים שונים, ורד מוביל את הצוות לקרטל מומבסה, האחראי על צייד לא חוקי של חיות בר בסכנת הכחדה.

ליז והצוות מחפשים אחר פעיל קיצוני למען איכות הסביבה שרוצה להפיץ נגיף קטלני שיכחיד את אוכלוסיית העולם. הפעיל מאמין כי האנושות הורסת את כדור הארץ – וכי יש להשמידה.