הצוות בודק מקרה מוזר וקטלני של פצצה שהתפוצצה, אך לא השאירה אחריה עקבות של חומר נפץ. וולטר חושף את מקור האנרגיה שעורר את הפצצה והחקירה מובילה את אוליביה ופיטר לעירק.

כאשר מולדר נלכד על גבי רכבת ממולכדת במתקן נפץ, סקאלי מחפשת אחר האמת מאחורי מעורבות הממשלה בניסויים סודיים.

סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

מונק נאלץ להתגבר על פחד הגבהים שלו ועל הסחרחורות כשהוא נשלח לחקור את רציחתו של בלש משטרה, שמצא את מותו על גלגל ענק בלונה פארק.

גאס ו-ואן תוקפים את פאלמר, אפרים לא מצליח להתקרב לזאק, ואשת המועצה פרלדו מודיעה שהרובעים האחרים עומדים בתור למדיניות ההשמדה.

ד"ר אפרים גודוות'ר ממשיך לחקור עם צוותו את התפשטות הוירוס שהופך את קורבנותיו לערפדים ("סטריגוי"). בפתח העונה, נעשה ניסיון להילחם ביצורים בנשק ביולוגי.

בפרק האחרון לעונה, אף ופט יוצאים למתקפה כוללת שסטרקיאן מבטיח להם שסוף סוף תהרוג את המאסטר. גאס מתאים את עצמו עם כוח חדש ומוזר, אחד שעשוי להסיט את המאבק בכיוון…

סטרקיאן, אף ונורה מגבשים תכנית לאתר את המאסטר באמצעות ג'ים כפיתיון. אייקהורסט והעבר של סטרקיאן מתגלים. בבית הלוסים ניבה נאבקת כדי להגן על הילדים בזמן שהם נתקלים בזר מסתורי שבעזרתו…

ג'רי אוכל עם הוריו והדוד ליאו, ומנסה לקנות את השעון בחזרה. בינתיים, איליין משתמשת בקריימר בתור החבר שלה כדי לנסות ולעבוד על הפסיכולוג שלה. ג'ורג' משיג את הכתובת של המפיק…

הוריו של ג'רי באים לביקור בעיר ושואלים את ג'רי לגבי השעון שהם נתנו לו. בינתיים, ג'ורג' מנסה לנהל משא ומתן לגבי העסקה עם אן-בי-סי, ואיליין שחזרה מהטיול, מנסה לסיים את…

רשת אן-בי-סי מעניקה לג'רי וג'ורג' פגישה נוספת. בדרך לפגישה ג'רי זורק לפח שעון אותו קבל מהוריו, ופוגש את הדוד ליאו שמוציא את השעון מהפח. הרשת נותנת לג'רי וג'ורג' את האישור…

המפיקים של רשת אן-בי-סי מבקשים מג'רי להעלות רעיון לסדרת טלוויזיה חדשה. ג'ורג' מחליט שהוא יכול להיות תסריטאי, ומעלה את הרעיון לסדרת טלוויזיה שעוסקת בכלום.