נורה ואלישה רודפות אחר התעלומה אל העיר ניו יורק עם נייתן ולוק במסכים. אינגריד מקבלת אורחים בלתי צפויים.

נייתן מרגיש מבולבל כשנורה יוצא לדייט דרך "נייטלי". אינגריד מזמינה את אחייניתו של נייתן למסיבת פיג'מות. נייתן ונורה חושדים שהזיכרונות הפגומים שלו עשויים להוביל לקנוניה גדולה יותר. לוק רב עם…

מדענים מנסים להוריד תודעה בחזרה לגוף משובט. נייתן משתתף בלוויה של עצמו ונורה חושפת תעלומה שאופפת את מותו.

מתפוצצת פצצה בלות'רקורפ שהורגת את כל המנהלים בישיבה, ופוצעת את אוליבר קווין. אוליבר מגלה שהאחראי על הפצצה הוא עובד שפוטר מתעשיות קווין, ועכשיו עובד עבור לקס, שהכין ללאנה וקלארק "הפתעה"…

ג'רמיה, אינדיאני קיוואצ'י גונב סכין מקודשת מהמערות ומקבל כוחות דומים לשל קלארק. ג'רמיה מאמין שהוא דמות שהוזכרה בנבואות אבות קדומים ויוצא להרוג את ליונל. קלארק מנסה לעצור בעדו.

בגלל תקלה במערכת השערים, צוותי ס"ג-1 מכל היקומים המקבילים נוהרים לפיקוד. גנרל לנדרי ואנשיו צריכים למצוא פתרון לתקלה, להחזיר כל צוות ליקום שלו ולהתמודד עם צוות בעל תוכנית נסתרת.

צוות ס"ג-1 נשלח למשימת חילוץ באחד מכוכבי הלכת, והמבצע גובה קורבנות. בעוד חברי הצוות מנסים להתמודד עם תוצאות המבצע, צוות הצילום מנסה לחשוף את האמת על מה שאירע.

הממשל שולח צוות צילום לתעד את הנעשה בתוך מפקדת הסטארגייט למען שימוש עתידי כאשר התכנית תיחשף לציבור. חברי צוות הצילום מגלים כי לא כל אנשי הצוות מוכנים לשתף איתם פעולה.

הצוות פוגש צוות של נשות ג'אפה האורבות לגברים בני מינן כדי לקחת מהם את השיתופנים. טיאלק מוצא את עצמו בעימות עם מנהיגתם כאשר הוא מנסה להראות לה כי יש דרך…

בעת חקירתה של ספינת חייזרים נטושה, חברי צוות ס"ג-1 מאבדים את ההכרה. כאשר הם מתעוררים, הם מגלים כי גופו של דניאל ג'קסון נחטף בידי תודעת חייזרים והם לא מוכנים לוותר…

בנו של טיאלק, רייאק ומורו ברייטאק נשבו בידי הג'אפה. טיאלק מחליט להצילם ונשבה אף הוא. צוות ס"ג-1 הולכים להצילו.

נער מתבגר מופיע במפקדת הסטארגייט בטענה שהוא ג'ק אוניל ושלח את הצוות למשימה לחשוף את זהותו האמיתית.

ס"ג-1 מופתעים למצוא את דניאל ג'קסון חי ושלם, אך ללא הזיכרון שלו. אוניל משכנע אותו לחזור איתם אל מפקדת הסטארגייט, שם הוא מצטרף למשימה נועזת להרוס את הנשק החדש של…

הצוות מוצא עולם עני המשועבד על-ידי הגאולד בעל, אבל התוכניות שלהם לשחרר אותו עשויות להיפגע כאשר ג'ונאס חווה חזיונות בלתי מוסברים על העתיד.

מקרה של כמעט מוות גורם לטיאלק לדמיין את חייו שונים מאוד מזה שהוא מכיר, חיים בהם הוא אדם נורמלי החי על כדור-הארץ – עד שהוא לא מצליח להבחין יותר בין…

ס"ג-1 מנסים להציל את תושביו של כוכב עני מניסוי גנטי של נירטי, אבל מוצאים את עצמם כקורבנות הבאים שלה.

קולונל אוניל מואשם ברצח הסנטור קינסי, ושאר חברי הצוות חייבים לחשוף קונספירציה כדי לנקות את שמו.

הצוות חוזר לכדור-הארץ עם מכשיר טכנולוגי המאפשר להם לראות יצורים זרים בכל מקום, כעת עליהם לנסות ולהכיל את הבעיה כאשר היא מתפשטת מעבר לבסיס.

עולם זר מציע לכדור הארץ תרופה עם הכוח לרפא כל מחלה – אבל המחיר הנסתר עשוי להיות גבוה מדי לשלם.

המתחים עולים בין הטוקרה למורדים בקרב הג'אפה, כאשר הם נמצאים תחת התקפה של אויב בלתי נראה.

אוניל נלכד ומעונה שוב ושוב על ידי הגאולד בעל, בנסיון לדלות מידע משיתופן הטוקרה שלו, אך אוניל אינו מצליח לזכור. כעת עליו להסתמך על ידיד ותיק שיעזור לו להישאר בחיים.

אנשיו של ג'ונאס מבקשים מכדור-הארץ עזרה צבאית במלחמה עתידית עם מדינות יריבות, אך מורהו לשעבר של ג'ונאס מציע פתרון חלופי: תנועת התנגדות המוכנה להפיכה מדינית.

ס"ג-1 חוקרים את גילויה של אישה קפואה בקרח באנטארקטיקה, אשר עשויה להיות קשורה אל בוני השער. אך במקביל, מחלה מסתורית מאיימת להרוג את כולם בבסיס המחקר.

בפרק האחרון לעונה, ס"ג-1 חייבים לבוא להציל את בעלי בריתם פעם נוספת כאשר הגאולד תוקפים מעבדת אסגרד סודית.

דניאל ג'קסון מואשם באסון דיפלומטי, לאחר שהוא נחשף למינון קטלני של קרינה בעת ביקור בציוויליזציה זרה הבונה נשק להשמדה המונית וכעת הוא עומד בין חיים למוות.

ס"ג-1 פוגשים אישה צעירה עם היכולת לשלוט במשכפלים, ומי שיכולה להחזיק את המפתח לישועה של האסגרד.

כדור הארץ מוצא את עצמו מאוים על ידי משהו גדול הרבה יותר מהגאולד כאשר הצוות לומד כי יש אסטרואיד במסלול התנגשות עם הכוכב.

כאשר קרטר נעלמת במזימה הכוללת את הגאולד, אוניל שוב חובר לקולונל מייבורן על מנת לשחרר אותה.

ספינה זרה מתקרבת לכדור הארץ ששולחת את ס"ג-1 לחבר וותיק שבידיו כמה תשובות – שם הם מגלים כי מרטין לויד יצר תוכנית טלוויזיה על תוכנית הסטארגייט.

קסנדרה נופלת למשכב, מה ששולח את ס"ג-1 בחזרה לכוכב הבית שלה – שם הם חושפים סוד גאולד אפל הנוגע לטקסים שעוברים בני נוער ועדויות לקשר עם הגאולד נירטי.

אוניל וסגן טיילר מאוימים על ידי כוחות גאולד ונלכדים מאחורי קווי האויב – אלא כשטיאלק, ג'קסון וקרטר חוזרים לכדה"א כדי לבקש סיוע, הם מגלים שבמפקדת הסטארגייט לא יודעים כלל מי…

יישות חייזרית מתאהבת בקרטר ועוקבת אחריה לכדור הארץ. שם היא לובשת צורה אנושית ומבקשת לנהל עימה מערכת יחסים רומנטית.

לאחר שמוחו השתנה על ידי אפופיס, טיאלק חייב לעבור טקס שייקח אותו אל קצה המוות עצמו כדי שיוכל לגלות מחדש את מי הוא.

לאחר שגשש שנשלח לעולם אלקטרוני גורם לקצר בסטארגייט, מתברר כי מפקדת הסטארגייט נמצאת תחת פלישה של כוח חייזרי שהשתקע במערכות המחשב – וגם במייג'ור קרטר.

ס"ג-1 מוצאים נער צעיר בארמון גאולד נטוש שמציג להם מכשיר מרהיב. אלא שאותו מכשיר מפיץ אור יפייפה הגורם להתמכרות אליו ולנטיות אובדניות ככל שמתרחקים ממנו.

חברי הצוות של דניאל ג'קסון מבחינים בשינוי מטריד בו כאשר הוא מתאחד מחדש עם הילד של הרססיס וזה מעניק לו את הזיכרון הגנטי של הגאולד.

עשר שנים לתוך העתיד וחבריו לשעבר של צוות ס"ג-1 חייבים לשלוח מסר אל העבר כדי למנוע את הכחדתו של המין האנושי מידיי בעלי בריתם הנדיבים, אנשי האסשן.

כאשר מורו לשעבר מת בעקבות מה שנדמה כמו קללה מצרית עתיקה, חוזר ד"ר ג'קסון לשורשיו ולחברים שהשאיר מאחור – ומגלה חפץ מצרי עתיק המכיל טפיל גאולד.

ס"ג-1 חוקרים אדם המאמין בתיאורית קשר שיש לו ידע מפורט על תוכנית הסטארגייט, אדם המאמין כי לא רק שבידיו מידע על חייזרים – אלא שהוא חייזר בעצמו.