סרט וידאו של "ניתוח שלאחר המוות של חייזר" ורצח של דיפלומט יפני מביאים את מולדר לחפש אחרי יצור משונה ברכבת.

מייג'ור קאוולסקי נופל לשליטתו של גאולד, ובמפקדת הסטארגייט חייבים למצוא דרך להסיר אותו מבלי להרוג אותו.

קולונל אוניל, המוביל את צוות ס"ג-1 החדש, עוקב אחר אפופיס בחזרה לכוכב צ'ולאק כדי להציל את שארה ואת סקארה ומתיידד עם אחד משומרי הג'אפה של אפופיס.