מאלדר וסקאלי מנסים להבין מדוע סדרת רציחות נמשכת גם לאחר תפיסתו של הרוצח. בתחילה הם חושדים ברוצח חקיין או שותף פוטנציאלי, אך במהרה הם מבינים שלרציחות מקור סבוך ואפל בהרבה.

כשהצוות נמצא תחת לחץ מצד הממשלה למצוא טכנולוגיות חדשות, ס"ג-1 מגיעים לעולם המיושב על ידי גזע פרימיטיבי לכאורה. כאשר אפופיס מגיע, ס"ג-1 אורבים לו, אך לדבר תוצאות הרות אסון.