הצבים פוגשים קראנג שונה, שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

לאחר שספלינטר נהרג על ידי שרדר, הצבים יוצאים להתעמת עם שרדר פעם נוספת ולהביס אותו אחת ולתמיד.

ספלינטר והצבים הולכים לבקר את קאראי ואת ה-"המוטנטים המדהימים". באותו זמן, שרדר תוקף אותם וגורם לחבורה להתפצל.

עברו של ציפורני נמר נחשף כשהוא נרדף על ידי אחותו. קייסי מקולל על ידה והחבורה מנסה לבטל את הקללה.

ספלינטר הוזה שהוא פוגש את מלך העכברושים. בינתיים, הצבים יוצאים לחפש אותו ומתמודדים מול שרדר והעוזרים שלו.

שרדר דורש מבקסטר סטוקמן עוד מוטגן והוא הופך ל-"סופר שרדר". הוא חוטף את קאראי ומאלץ את ספלינטר והצבים לבוא הישר למלכודת שלו.

קריסטל האיון של אפריל גורם לדמויות מהקומיקס של מיכאלאנג'לו לקום לחיים. מתברר שאפריל קשורה מאוד לקריסטל באופן קיצוני.

רפאל כועס על האחרים ומחליט לפרוש מהצוות. בינתיים, צוות ה-"מוטנטים המופלאים" מתמודד עם חבורת פושעים עם כלי נשק לחיסול מוטנטים.

בקסטר סטוקמן יוצר עוד שני מוטנטים חרקים. הוא משתמש בהם כדי לגנוב כסף בשביל שרדר. רפאל נאלץ להתמודד שוב עם הפוביה שלו מחרקים.

לאונרדו עוזר לקאראי לחסל מקומות מפתח של שרדר. הוא מסתיר זאת משאר הצבים ו?כשהם יוצאים לחפש אותו, דונטלו נפגע.

מתברר שקאראי כבר לא נשלטת על ידי תולעת המוח. היא פועלת על דעת עצמה ומתכוונת לשקם את שבט הרגל ו?להחזיר לו את הכבוד שלו.

הטרייסראטונים עומדים לחסל את כדור הארץ שוב. הצב?ים מתחילים לחשוד בפוג'יטויד, שמוריד אותם בכדור הארץ.

הצבים יוצאים להשיג את החלק האחרון של מחו?לל החור השחור, אך גם דרג והטרייסראטונים בעקבותיו.

מונה ליסה מבקשת עזרה מהצבים, אך מתברר שהיא בגדה בהם ושיתפה פעולה עם דרג כדי להגן על הכוכב שלה.

תוקפים את הספינה של הצבים ופוג'יטויד נפגע. דונטלו מנסה לתקן אותו.

הצבים עוברים במפתיע לממד אחר. מתברר שהמקבילים שלהם מאותו ממד זימנו אותם לעזרה.

הצבים יוצאים להשיג את החלק השני של מחולל החור השחור. הם נאלצים להתמודד שוב עם אויבים מוכרים.

סאל ומונה ליסה מנסים לגייס את עזרתם של הקראנג כדי להילחם בטרייסראטונים, אך נתפסים ברגע שהם חושפים את ידידותם עם הצבים.

הטרייסראטונים כולאים את הצבים. אפריל, קייסי ופוג'יטויד יוצאים להציל אותם.

ניוטרינוים נכנסים לתודעה של מיכלאנג'לו. שאר הצבים צריכים להיכנס לשם גם הם כדי להציל אותו לפני שיהיה מאוחר מדי.

החיפוש אחר הטרייסראטונים והחלק הראשון של מחולל החור השחור מוביל את החבורה לכוכב שפולט כוח של רשע.

לורד דרג יוצר קשר עם ארמאגון ומבקש את שירותיו כדי לחסל את הצבים.

החבורה מוצאת היפר-קובייה מסתורית. קייסי פותח אותה ומשחרר את הווירם, והוא מציע להגשים להם שלוש משאלות.

הצבים פוגשים את הסלמנדריאנים, שתחילה תוקפים אותם, אך לבסוף הופכים לשותפים.

הצבים ניצלו ברגע האחרון על ידי פוג'יטויד. בעזרתו הם חוזרים אחורה בזמן כדי לעצור את הטרייסראטונים ולהציל את כדור הארץ.

מיכלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

הצבים פוגשים קראנג שונה שרוצה לעזור להם ומזהיר אותם מפני שני איומים העומדים להגיע לכדור הארץ, הקראנג והטרייסראטונים.

הצבים מוצאים יצור שנראה כמו דינוזאור ורוצה לחסל את הקראנג. רפאל גורם לו לציית לפקודותיו והם יוצאים יחד להילחם בקראנג.

קאראי מהתלת בצבים ומכניסה אותם למלכודת. היא מאלצת את ספלינטר להילחם בה.

מיכלאנג'לו שופך על דונטלו בטעות חומר שגורם לו לאבד את החוכמה שלו. השרץ ונחשצמח חוזרים, והצבים נאלצים להילחם בהם שוב.

הצבים מנסים להשיג תולעת מוח כדי למצוא מרפא בשביל קאראי. רפאל נפצע, וספלינטר אוסר על הצבים לפעול שוב, אך לאונרדו יוצא בכל זאת.

הצבים מגיעים ליפן בעבר וחווים את הרגע המכריע בעברם של ספלינטר ושל שרדר.

הצבים פוגשים את רנט שבאה מהעתיד. היא נרדפת ורוצה שהצבים יעזרו לה, כיוון שבעתיד שהגיעה ממנו הם גיבורים מפורסמים.

אפריל נפגעת מהכשת נחש. קאראי, שנמצאת בשליטתו של שרדר, אחראית לכך ומנסה לפגוע גם בצבים.

מיכלאנג'לו וקייסי משתעממים ויוצאים לבלות יחד. הם פוגשים מוטנט חדש שמוביל אותם למלכודת של פני דג.

סלאש ורוקוול נלכדים ונתונים לשליטתו של שרדר. רפאל נחטף גם הוא והצבים, ראש תנין ופיט יוצאים להציל את חבריהם.

קרב בין הצבים לביבופ ולרוקסטדי גורם ליצירת מוטנט נוסף. הוא מנסה להיות גיבור אבל ביבופ ורוקסטדי מנצלים אותו כדי שיעשה בעבורם את העבודה.

קייסי נכשל בניסיון לעצור את הדרקונים הסגולים. אחרי שהצבים צוחקים לו, הוא מנסה לתקוף את שרדר לבדו כדי להוכיח את עצמו.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.