תושבי העיר שונאים את הצבים ורודפים אותם. הצבים מבקשים מאפריל שתסדר להם ראיון כדי לטהר את שמם. במקביל קרנג רוקח מזימה חדשה לחיסול הצבים.

הצבים מותשים מאימונים ורוצים מנוחה; מרתון סרטי קונג-פו בבית הקולנוע. אלא שבהיעדרם, ספלינטר נפגע מלייזר רפואי וזקוק לטיפול. כעת על הצבים להשיב את הלייזר כדי לרפא את המאסטר.

קרנג מחזיר את הטכנודרום לכדוה"א בעזרתו של שרדר ומאיים על תושבי העיר לנטוש את העיר אחרת הוא ירעיד אותה בעוצמה שתחריב אותה.

אפריל הולכת למחבואו של שרדר כדי לחקור את מעביר החומרים. בזמן שאפריל מצלמת, נכנסת למקום חתולה שמפעילה את המכונה.

קרנג שולח לשרדר מכונה שתשבש לצבים את המוח ותהפוך אותם לזומבים. הניוטרינים מגלים את המזימה ויוצאים לכדוה"א להזהיר את הצבים.

שרדר רוקם מזימה נוספת לחיסול הצבים, כשאפריל מראיינת רובוט משטרתי שנמצא בשלבי פיתוח, אותו שרדר משבט ויוצר צבא שיחסל את הצבים.

ספלינטר מדוכא והצבים מבינים שהוא רוצה לחזור לצורתו האנושית. דונטלו רוקח חומר שמחזיר אותו לצורתו האנושית משאריות מוטגן שאסף.

שרדר מחליט ליצור עוד מוטציות ומבקש מקרנג עוד מוטגן. בעת הגעת החומר במעבר הבין-מימדי, המוטגן מגיע לפלורידה ונשפך לביצה בה טובלות 4 צפרדעים.

שרדר מחזיר אליו את ביבופ ורוקסטדי ובתמורה שולח את בקסטר סטוקמן לטכנודרום במימד איקס. קרנג מנסה להיפטר מסטוקמן, אך במקום הופך אותו לחצי אדם-חצי זבוב.

שרדר מנסה לטמון לצבים פח באמצעות המאכל האהוב עליהם – פיצה. בעזרת ביצי חייזרים שאוכלים פיצה, שרדר מטמין את הביצים בפיצות בתקווה שאלו יגיעו אל הצבים.

שרדר שהצליח להשיג את כל הגבישים מאחד אותם ומחבר אותן לקסדה שלו, הגבישים יוצרים עין עם כוחות גדולים. הצבים יוצאים לעצור אותו.

הצבים בעקבות הגביש השלישי. שרדר מצליח להשיג אותו לפניהם וגורם לבלאגן בעיר – כל המכונות זזות בעצמן .הצבים יוצאים למשימה לעצור אותו.

הצבים ואפריל יוצאים בעקבות הגביש השני ומגלים שבכוחו לגורם לדברים לגדול. לאחר שחומר ירוק ממימד איקס נדבק נוגע בגביש, הוא הופך לצמח מפלצתי שנשלח בעקבות הצבים.

הצבים מצילים מטביעה יצור מהחלל החיצון שמזהיר אותם מפני "עינו של סרנוט", פריט שגורם לכיווצם ואם יימצאו כל חלקיו יהווה סכנה גדולה, אלא שגם שרדר מעוניין בו.

לאחר תחנוניו של שרדר, קרנג מניח לו לחזור לכדוה"א אך ללא אנשיו ומורה לו להביס את הצבים. שרדר מגיע למכון אומנויות לחימה ומאמן חיילים חדשים.

שרדר יוצר קשר עם הצבים ומציג נשק שיוכל להשיב את ספלינטר לצורתו האנושית. במקביל קרנג מקבל משרדר את גופו החדש ומתחיל בהכנת צבאו להשתלטות על כדוה"א.

דונטלו עובד על הרכב של הצבים ומוסיף לו ציוד מעקב ונשקים. שרדר מחליט להביא נשק ממימד איקס ופותח את השער הרב-מימדי.

שרדר מוצא את בקסטר סטוקמן ולוקח אותו תחת חסותו כדי שזה יבנה לו חסלנים שיצאו בעקבותיו של ספלינטר. הצבים מונעים זאת ויוצאים לחפש את האחראי.

הצבים ואפריל ממשיכים בחיפושיהם אחרי הטכנודרום, שרדר בינתיים הופך 2 מאנשיו; ביבופ ורוקסטדי, לחיות. שרדר חוטף את ספלינטר והצבים יוצאים להציל אותו.

ממקום מושבם בתעלות הביוב של מנהטן, ניו-יורק, ארבעה צבים נלחמים בפושעים, מגלומנים מרושעים ופולשים חוצנים, ובכל אותה עת נותרים חבויים ומבודדים מפני העולם החיצון.

האצת הזמן בלתי ניתנת לעצירה ומביאה לסגירת מעגל היקום. אמפוריו מתעורר בכלא הרחוב גרין דולפין, והאנושות נכנסת לעולם חדש.

המהירות של הסטנד החדש של האב פוצ'י, "נערת גן עדן", מכניעה את הקבוצה של ג'ולין. אנסטסיה מציע לשמש כפיתיון, בשעה שג'וטרו נערך למתקפה.

אלומות אור בהירות בוקעות מגופו של האב פוצ'י. ג'ולין וחבריה מתעוררים ומגלים שהוא איננו, ושכוח המשיכה חזר לקדמותו.

"לראות ירח" הופך את ג'ולין, אבל האב פוצ'י מרגיש שהיא עדיין בחיים ורודף אחריה בתקווה לחסל את שושלת ג'וסטר אחת ולתמיד.

ג'ולין נאבקת ב"לראות ירח", הסטנד החדש של האב פוצ'י – שילוב של "הנחש החיוור" ו"התינוק הירוק", שיכול להפוך כל דבר שהוא נוגע בו.

ג'ולין מחזיקה בדיסק הסטנד של ות'ר פורקאסט, והיא וחבריה יוצאים לקייפ קנברל במרדף אחר האב פוצ'י, שגופו מתחיל להשתנות.

החבורה של ג'ולין ממהרת למצוא את ות'ר פורקאסט ולעצור את הסטנד שלו. בינתיים, ות'ר פורקאסט מחליט לסגור חשבון עם האב פוצ'י.

האב פוצ'י נולד לצד אחיו התאום, אבל הוחלף בתינוק אחר שגורלו לא שפר עליו. בצעירותו, הוא פוגש אדם מוזר בשם דיו.

עם שחזור זיכרונותיו של ות'ר פורקאסט, כוח הסטנד החזק שלו, "תחזית סוערת", מופעל אוטומטית והופך את כל מי שמושפע ממנו לחילזון.

הסטנד של ורסוס לוכד את ג'ולין בזיכרון של התרסקות מטוס. היא נחלצת מהמטוס ופותחת במתקפה, אבל לא מצליחה להשפיע על ורסוס.

ג'ולין מגלה אמת מטלטלת על ות'ר פורקאסט לאחר המאבק עם ריקיאל. היא וארמס נכנסים לבית החולים ומגלים שבור נחפר ברצפה.

ג'ולין וחבריה עושים את דרכם לקייפ קנברל במסוק של רומיאו, ונפגעים ממשהו שגורם לעפעפיים שלהם להיסגר.

אנסטסיה נפרד מוות'ר פורקאסט, ומנסה לשחזר את גופו הגשמי לאחר שסטנד האויב "בוהמי באקסטזה" מפריד אותו מנשמתו.

חמישה ימים נותרו עד הירח החדש. האב פוצ'י יוצא צפונה בניסיון להקדים את ג'ולין, אבל הוא מוחזק כבן ערובה מחוץ לבית חולים.

בגלל "מנעול בית סוהר", ג'ולין מצליחה לזכור רק שלושה דברים בו‑זמנית – אבל היא תפרה על גב ידה תזכורת אחת חשובה לעצמה.

ג'ולין מחליטה לעשות את הבלתי אפשרי: לברוח מ-"דולפין ירוק". סוהרת בשם מיו מיו מוסרת לה הודעה מנחש חיוור.

גשם כבד שוות'ר פורקאסט ממטיר במפתיע מציל את אף-אף. השניים נפגשים עם ג'ולין ואנסטסיה.

אנסטסיה וג'ולין מגלים תגלית מטרידה. במהלך מרדף אחר די אנ' ג'י, אף-אף מגלה מי הוא משתמש הסטנד שעומד מאחורי נחש חיוור.

ג'ולין רודפת אחרי איש קטן ומוזר שמנסה לברוח עם העצם, אבל כשהיא תופסת אותו, היא מגלה שצמיחה מוזרה משתלטת על גופו.

ג'ולין מביטה בחשדנות באסירים שעדיין עומדים על הרגליים, ואיש מוזר בשם קנזו ניגש אליה.