שרדר מנסה להערים על הצבים לאכול עוגיות המכילות אנטי-מוטגן. מיכלאנג'לו, שרוצה להיות בן-אנוש, אוכל את אחת העוגיות והופך לנער מתבגר.

זאק ואחיו וולט מבקרים את הצבים. כשהם עוזבים, וולט לוקח מפה שעלולה להוביל את שרדר למאורה במידה והיא תיפול לידיים הלא נכונות.

הצבים, זאק וחברתו קייטלין מבקרים במוזיאון שבו מתכוון הקוסם בולדיני הגדול, לגרום לאבן אזמרגד יקרת ערך להיעלם.

ביבופ ורוקסטדי, בהוראת שרדר, חוטפים את אירמה. ברגע שאפריל מגלה שאירמה נחטפה, היא יוצרת קשר עם הצבים.

לדר-הד מגיע לעיר ניו-יורק כדי לחפש את הצבים. במהלך חיפושיו הוא מגיע אל הביבים ונתקל במלך העכברים שמאשים אותו בהסגת גבול.

בעוד הצבים סובלים מאבעבועות הצבים, מחלה שפוגעת רק בצבים מוטנטים, קרנג מפתח צב רובוטי שהוא מכנה "איש הפח".

במאמץ להיפטר מהצבים, שרדר בעזרת ביבופ ורוקסטדי חוטף את אובנטו, המטפל באגודת בעלי-החיים מהמזרח הרחוק וסוחט את אוסאגי יוג'ימבו להשמיד את הצבים.

דון ציביונה ואנשיו גונבים חלוקי קימונו בעיר, ביניהם הקימונו של ספלינטר. הצבים בעזרתה של אגתה מבלס דודתה של אפריל, יוצאים לעצור אותם ולהחזיר את הקימונו של ספלינטר.

בגלל תאונה בין השערים הבין מימדיים של שרדר והצבים ארנב סמוראי בשם אוסגי יוג'ימבו נקלע לעולמם של הצבים, שרדר משחרר את חיילי הרגל שלו כדי שישחררו דרקון שיהרוס את העיר.

היום יום הולדתו של מיכלאנג'לו ויתר הצבים מתכננים מסיבת הפתעה. אלא שמיכאלאנג'לו בטוח שאחיו שכחו את יום הולדתו ועוזב את המאורה.

החומצה של שרדר וקרנג מגיעה לביצה בפלורידה, שם היא הופכת תנין ללדר-הד: חצי-תנין חצי-אדם, לדר-הד שתופס את צפרדעי הפאנק ואלו קוראים לעזרת הצבים.

קרנג מחליט שהוא הובס בפעם האחרונה ע״י הצבים, ומחליט לקחת את ביבופ ורוקסטדי על-פני האדמה למרכז התרבות האסייתי שם נמצא הכד עם אפרו של מייסד כנופיית הרגל.

קרנג פונה לנינג'ה בשם לוטוס ועושה איתה עיסקה – חיסולו של ספלינטר והצבים תמורת זהב. היא מוצאת את מאורת הצבים וחוטפת את ספלינטר.

רוקסטדי וביבופ מפשלים שוב ולשרדר וקרנג נמאס. קראנג יוצר רובוטים בדמות של ביבופ ורוקסטדי שמכונים סופר-מוטציות כדי לחסל את הצבים.

מיכלאנג'לו מחליט למצוא עבודה לאחר שהוא צופה בפרסומת לפיצרייה חדשה בשם "פיצה משונה להחריד" ויוצא לעיר בתחפושת במסגרת עבודתו כשליח.

גל חטיפות מוזר מתרחש בעיר. כשחוטפים מישהו מעסקי הפיצה, הצבים יוצאים לבדוק את העניין ושלחים את קייסי לחקור בחברת אוקטופוס אינק.

תאונה בין שתי רכבות שנושאות כימיקלים גורמת לערבוב לא מבוקר של הנוזלים ויוצרת מפלצת-שור ענק. שרדר והצבים מנסים להשתלט על המפלצת.

גיבור חדש צץ בעיר, קייסי ג'ונס. הוא לוקח את החוק לידיים ונלחם בפשע בעיר. הצבים מחליטים לעצור בעדו כדי שלא יאשימו אותם בצרות שהוא גורם.

בקסטר חוזר כדי לנקום בצבים ומחליט לחטוף את אפריל. שרדד מצדו משכנע אותו שאם יעזור לו הוא יחזיר אותו לצורתו האנושית.

קרנג שם את עינו על צוללת גרעינית רבת-עוצמה, במחשבה שהדלק שלה יהיה חזק מספיק בשביל להניע את הטכנודרום.

לכדור הארץ מגיע יצור מהחלל החיצון. ליצור הזה יש מצלמה שמה שהיא מצלמת נכנס לתוכה מדווחים על כך בחדשות ושרדר וקראנג מחליטים לגנוב את המצלמה וללכוד בה את הצבים.

קרנג מגלה מקור אנרגיה בכור הפיצוח. שרדר שולח את רוקסטדי וביבופ בעקבותיו ומגיעים לחללית אנדריאנית ובה קרן מוזרה ששרדר רוצה.

שרדר וקרנג מתכננים להחליף את הנשיא ומיכלאנג'לו בהולוגרמות. במהלך הניסוי, שרדר נפגע מלייזר בראשו, מה שגורם לו לחשוב שהוא מיכלאנג'לו.

שרדר משתלט על המחשב של מרכז המחזור הממוחשב החדש בעיר ומצווה עליו לתפוס את הצבים. אפריל מדווחת לחבורה על המתרחש והם יוצאים לחקור את העניין.

הצבים פוגשים בקרנבל את אפריל בתחפושת אישה מתקופת המוסקטרים. לאונרדו, שמתלהב מהעניין, מבקש ממנה שתשיג לו ולצבים תחפושות של שלושת המוסקטרים.

לאונרדו חולם חלום שמערער את שיקול הדעת שלו לגבי מנהיגותו והוא מחליט לעזוב. הצבים יוצאים לחפש אותו ונתקלים במזג אוויר לא שיגרתי.

קרנג שואב מים מהאוקיינוס ומעביר אותם דרך משאבה לביוב כדי לחסל את הצבים. הצבים וספלינטר שורדים את השיטפון ויוצאים להילחם בשרדר בעיר המוצפת.

הצבים קונים לספלינטר חרב כמתנה לרגל יום הערכת הסנסיי. מתברר כי החרב היא פריט חייזרי המסוגל לפתוח שער בין מימדים שגם שרדר מעוניין בו.

הצבים צופים בדיווח מיוחד של אפריל על התצוגה הפומבית הראשונה של סופר-לייזר צבאי חדש כאשר ברק מסערה חשמלית פוגע במחשב הסופר-לייזר.

אפריל מוזמנת לנשף תחפושות בו נוכחת יורשת העצר של מלקוריה, הנסיכה מלורי. שרדר מגיע לחטוף את הנסיכה על-מנת לדרוש בתמורתה מנת ליטיום 90, אך שובה במקומה את אפריל.

דינוזאורים פולשים לתפוח הגדול. בעזרתו של דינוזאור דיפלודוקוס צעיר, הצבים עוקבים אחר הדינוזאורים הפולשים למקורותיהם ומוצאים עולם אבוד.

תומפסון מטיל על אפריל לחקור את התפשטות החולדות בעיר. היא נרדפת אחרי צבא חולדות ונמלטת באוטובוס עירוני שחולף.

הצבים פוגשים את זאק, נער בן 14 שחלומו להיות אחד מהם. הוא מוצא את הטל-צב ודרכו הוא מגיע אל המאורה שלהם. קרנג זומם להעלות את הטכנודרום מבטן האדמה.

באמצע גל חום קיצי, הצבים מתקררים על-ידי אכילת פיצה אצל פלינק ומנסים לברר מדוע מיזוג האוויר בעיר אינו עובד. במקביל, יוצא מר תומפסון להשיג תיעוד של צבי הנינג’ה.

כששומר הלילה במעבדות סייברטק מבחין בדמות מוזרה, אפריל מגיעה לאתר ומזעיקה את הצבים וספלינטר. שם נקלעים שרדר וספלינטר למכונה מוזרה שגורמת לחילוף ביניהם.

שרדר וקרנג משבשים את כח המשיכה בכדור-הארץ והצבים יוצאים לעצור אותם.

הצבים חוקרים מקרי שוד בעיר ומבינים ש-"הקצב", העומד מאחורי הכול, עובד בשביל שרדר. במקביל, מיכלאנג'לו רוצה לקנות מכונה עתיקה להכנת פיצה.

זה יום הולדתה של אירמה ומיכלאנג'לו מכין את המאורה למסיבה. קרנג ממציא קרן מגדילה שפוגעת באירמה והופכת אותה לענק שמסתובב בעיר ללא שליטה.

תושבי העיר שונאים את הצבים ורודפים אותם. הצבים מבקשים מאפריל שתסדר להם ראיון כדי לטהר את שמם. במקביל קרנג רוקח מזימה חדשה לחיסול הצבים.

הצבים מותשים מאימונים ורוצים מנוחה; מרתון סרטי קונג-פו בבית הקולנוע. אלא שבהיעדרם, ספלינטר נפגע מלייזר רפואי וזקוק לטיפול. כעת על הצבים להשיב את הלייזר כדי לרפא את המאסטר.