קייסי נכשל בניסיון לעצור את הדרקונים הסגולים. אחרי שהצבים צוחקים לו, הוא מנסה לתקוף את שרדר לבדו כדי להוכיח את עצמו.

הצבים נכנסים לממד איקס כדי להציל את תושבי ניו-יורק. בינתיים המוטנטים האמיצים נשארים מאחור כדי לעזור לצבים לחזור הביתה.

הצבים פוגשים שוב את סלאש, שמנהיג צוות משלו ללחימה בקראנג. קורצמן רוצה ששני הצוותים יעבדו יחד אך הם מתקשים לקבל זה את זה.

הצבים יוצאים לחפש את קאראי על פי הרמז שקיבלו. הם מותקפים על ידי ביבופ ורוקסטדי.

הצבים מחפשים את קאראי ונקלעים לקרב עם סטראנקו ועם זק שרוצים להשתמש בהם למטרת עסקה עם שרדר.

הצבים מחליטים לחזור לניו-יורק. הם מוצאים את ספלינטר במצב בלתי יציב ומנסים להציל אותו.

אפריל וקייסי נשארים להתאמן לבדם בבית החווה בעוד שהצבים יוצאים לאימונים ביער כדי להתחבר לטבע.

דונטלו בודק המצאה חדשה על אפריל והיא גורמת לה לראות דרך העיניים של מוטנט חדש, "כימרה".

הצבים מגלים מוטנט-מכונית שתוקף את קייסי בזמן הנסיעה. קייסי רוצה לבנות רכב שיוכל להתמודד מולו ומבקש עזרה מדונטלו.

הצבים לכודים בתוך חלום ולא יכולים להתעורר. אפריל וקייסי חושדים שהסיבה קשורה למוכר בעל ספר מסתורי ומנסים למצוא פתרון.

הצבים מתנהגים לא יפה אל מיכאלאנג'לו אחרי ששוב עשה בלגן בבית והוא מחליט לעזוב. הוא מתחבר עם מוטנט צפרדע שלוקח אותו לחבריו.

הצבים מגלים דלת סודית בבית החווה. הם מוצאים את אימא של אפריל שהייתה בהקפאה במשך שנים. מיכלאנג'לו אינו ממהר לבטוח בה…

הצבים נתקלים בביגפוט פצוע ולוקחים אותו הביתה. אחרי טיפול בפצעיו הם מגלים שביגפוט היא בעצם נקבה והיא "מתאהבת" בדוני.

הצבים, אפריל וקייסי מתגוררים בחווה מאז עזבו את ניו יורק ומצפים להחלמתו של לאונרדו. בינתיים, מפלצת משתלטת על רפאל.

פלישת הקראנג החלה. לאונרדו נפצע קשה בקרב מול שרדר. שאר הצבים, עם אפריל ועם קייסי, מנסים להתמודד עם המצב.

רובוטי הרגל רודפים אחרי אפריל ואירמה. כדי להגן על אירמה, אפריל לוקחת אותה אל המאורה של הצבים ומופתעת לגלות את זהותה האמתית.

הצבים מקבלים הודעה מראש תנין, שמזהיר אותם מפני פעולת הקראנג. הם נכנסים לתוך ממד איקס כדי להציל אותו.

כנופיית הדרקונים הסגולים גונבת פגיון עתיק ומשחררת מתוכו את הו צ'אן, שמציע לתת להם כוחות מיוחדים.

הצבים משחררים את קאראי. היא יוצאת לתקוף את שרדר לבדה והוא תופס אותה ומנסה להשתמש בה כפיתיון לצבים.

הקראנג מתכננים להחליף את התודעה שלהם עם בני אדם. במהלך קרב של הצבים נגדם רפאל מחליף את התודעה שלו עם קראנג.

הקסדה של שרדר נגנבת. הצבים מצליחים להשיג אותה ולאונרדו מנסה להציע לשרדר החלפה, הקסדה תמורת קראיי.

טופר נמר חוזר ושרדר שולח אותו עם קאראי לחסל את הצבים. קאראי מעמידה פנים שהיא מאמינה שספלינטר הוא אבא שלה והצבים לוקחים אותה למאורה.

הצבים מזמינים פיצה ומייקי יוצא לקבל אותה מהשליח. הוא נדהם כשהפיצה מדברת אליו ומבקשת ממנו לאכול אותה.

הצבים מופתעים לגלות שיש עוד מישהו שמנסה להשמיד את הקרנג, אבל מופתעים עוד יותר לגלות במי מדובר. בינתיים, היחסים שבין רפאל לקייסי ג'ונס הולכים ונעשים מתוחים יותר.

שרדר אינו מרוצה מהמוטנטים שבקסטר סטוקמן יוצר עבורו, ומעניש אותו בהפיכתו למוטנט בעצמו. בינתיים, דונטלו מפתח נוגדן מיוחד שמבטל את השפעת המוטגן והופך מוטנטים בחזרה לבני אדם.

הצבים מוצאים משחק תפקידים בסיגנון "מבוכים ודרקונים" ומחליטים לשחק את המשחק בגירסא המציאותית שלו, אך מגלים במהרה שההחלטה לשחק במשחק התפקידים אינה רק שלהם…

הצבים מצליחים לברוח אך ספלינטר נלקח אל מאורתו של שרדר והחבורה צריכה להציל אותו ובו בזמן לגלות איך להביס את תולעי הענק.

רעידות אדמה מתרחשות בכל רחבי ניו-יורק וגורמות להרס ובהלה. לאונרדו שוקל לפנות לספלינטר לעזרה כדי להביס את נשקו החדש של שרדר.

מלך העכברושים חוזר ועל ספלינטר להתגבר על פחדיו ולא לאפשר לו לשלוט בו על מנת לגבור עליו. מיכאלנג'לו מאמץ חתתלתולת רחוב.

לאחר שדוני משפר את יכולותיו של ראש מתכת, הצבים מתחילים לחשוד בגרסתו החדשה. הצבים מגלים מהי תוכניתם החדשה של הקרנגים.

מוטאנט של פטרייה מתפשט ברחבי הביבים וגורם לאפריל ולצבים לחוות את הפחדים הגדולים ביותר שלהם. לאונרדו נאלץ להתמודד עם הפחד שלו.

קייסי ג'ונס מחליט להגן על השכונה שלו מפני נינג'ות ומוטנטים. הוא פוגש את רפאל ומכיוון שהוא מוטנט ונינג'ה מחליט שהוא מסוכן ובסופו של דבר עוקב אחריו אל המאורה ומגלה את…

אפריל מרגישה שהיא כבר לא בעניינים ומתעקשת להצטרף לצבים במשימה חשובה שבה סוד גדול מעברה נחשף.

צב המחמד של רפאל ספייק שותה מוטגן והופך למוטנט צב ענק שמכנה עצמו "סלאש". סלאש מציע לרפאל לחבור אליו ולהקים צוות נינג'ות ורפאל מסכים בשמחה מבלי לדעת מהן כוונותיו האמתיות.

הקרנגים וקראיי ממשיכים במרדף אחר אפריל ונעזרים בסוג חדש של רובוט למשימה. אפריל נאלצת להתגבר על משקעיה עם הצבים ולחבור אליהם לקרב מול הרובוטים.

מיכאלאנג'לו משחק עם דגימות פסולות של מוטגן הופכי וחוטף פצעי בגרות מסוכנים שמתרבים בלא שליטה. הצבים הולכים למה שנותר מהטי-סי-אר-איי כדי למצוא צנטריפוגה מוליקולרית שתעזור להם לרפא את מייקי.

דונטלו הופך קנאי מאוד בתלמיד שאפריל חונכת במתמטיקה בשם קייסי ג'ונס ופורק את יגונו לפני טימותי. המשמידן המוטנטי מושפע מכך ולאחר מכן מתחיל לשתות מהמוטגן הניסיוני, מה שמאפשר לו להצמיח…

בעודם מחפשים את המוטגן החסר, הצבים נתקלים בסנאי שסולל את דרכו דרך גרונו של אדם חסר בית. לאחר שהם לוקחים את האדם למאורה לצורכי מחקר, הצבים מזדעזעים לגלות שהיצורים מתרבים…

שרדר יוצא ליפן כדי לטפל בעניין בהול, ומשאיר את קאראיי אחראית על הרגל. היא לוכדת את ליאונרדו וכופה עליו להילחם ברגל בוטים, גרסאות רובוטיות של נינג'ות הרגל, בניסיון למשוך את…

הצבים נחים על זרי הדפנה לאחר שהביסו את אויביהם המושבעים הקראנג ושרדר. במהרה הם מגלים שאויביהם לא נעלמו מן האופק ושהמסיבה נגמרה.