חייו של צ'אק כמרגל מצטלבים עם חייו "הרגילים" כאשר אורחים בלתי צפויים מגיעים לארוחת "שאריות" של חג ההודיה. בתפקידי אורח: לינדה המילטון, מונה מזור וטימותי דלטון.

סודותיו של צ'אק בסכנה, והמצב מוביל את שרה לצאת למשימה מסוכנת. קפטן מדהים ואלי מנסים לפענח סוד שהשאיר אביה. ריצ'רד צ'מברלין בתפקיד אורח.

צ'אק חושש שאובדן משמעותי עלול להוביל לסיומה של קריירת הריגול שלו – ולסיומה של מערכת היחסים שלו עם שרה. רוב ריגל, סאמר גלאו וריצ'רד צ'מברלין בתפקידי אורח.

לאחר המריבה האמיתית הראשונה שלהם, צ'אק מתחמק משרה בכך שהוא יוצא למשימה מסוכנת שמובילה אותו למפעיל של אמו באם-איי-6 (טימותי דלטון). אנה גאסטייר בתפקיד אורח.

חלומו של צ'אק למצוא את אמא שלו (לינדה המילטון) עלול להיות הסיוט הגרוע ביותר שלו. זה ליל כל הקדושים בבאי מור. מורגן פיירצ'יילד ורוברט אנגלונד בתפקידי אורח.

המשימה האחרונה של צ'אק מספקת קשר לעברו של קייסי… ואולי גם לאמא של צ'אק. מורגן אוזר אומץ לגלות סוד גדול לקייסי. אריק רוברטס בתפקיד אורח.

צ'אק ושרה עובדים על התקשורת ביניהם ומדהים מתאחד מחדש עם מישהו מעברו הקצר בתחום הריגול: גנרליסימו גויה (ארמנד אסנטה). טיה טקסדה ומקנה מלווין מופיעות אף הן בתפקידי אורח.

העבר של צ'אק ושרה חוזר "לרדוף" אותם כשהעברה לכלא מחזירה יריבים ותיקים ל"באי מור". ניקול ריצ'י, סטיב אוסטין וסטייסי קיבלר בתפקידי אורח.

צ'אק ושרה נוסעים למילאנו כדי להחזיר נשק טכנולוגי משוכלל וסודי. קייסי מתקשה להתבסס. בתפקידי אורח: קרולינה קורקובה, לו פרינגו ואייזיאה מוסטפא.

צ'אק ומורגן יוצאים למשימה מסוכנת חובקת עולם כדי למצוא את אמו של צ'אק, מרי ברטאוסקי (לינדה המילטון). אוליביה מאן בתפקיד אורח.

ארגון "הטבעת" סוגר על צ'אק ומבצע ברטאוסקי , אבל אביו של צ'אק, סטיבן (סקוט באקולה), פועל להציל אותו. ביג מייק מקבל חדשות בנוגע לבאי מור.

ארגון "הטבעת" סוגר על צ'אק ומבצע ברטאוסקי , אבל אביו של צ'אק, סטיבן (סקוט באקולה), פועל להציל אותו. ביג מייק מקבל חדשות בנוגע לבאי מור.

לאחר החלום האחרון שלו, צ'אק מבקש ממורגן לעזור לו במשימה צדדית. העניינים מסתבכים כאשר אביו של צ'אק, סטיבן ג'יי ברטאוסקי (סקוט באקולה), חוזר.

כשצ'אק חולם חלומות מטרידים, קובעת לו הגנרלית בקמן (בוניטה פרידריסי)פגישה עם הפסיכיאטר של הסי-איי-איי, ד"ר ליאו דרייפוס (כריסטופר לויד – בחזרה לעתיד).

צ'אק ושרה מתאמנים עם צוות סי-איי-איי, בני זוג נשואים ששונאים זה את זו. פרד ווילארד וסווזי קורץ בתפקידי אורח כקרייג ולורה טרנר. קייסי חייבת לאמן את מורגן.

שרה וצ'אק נמצאים באירופה, מבינים שהם נוסעים ברכבת עם מרגלים ספרדים ומחליטים להתמודד עם הסוכנים הסוררים האלה. קייסי ומורגן מקבלים את המשימה למצוא את צ'אק ושרה.

צ'אק, שרה ושו (ברנדון ראות') מתאחדים למשימה, אבל צ'אק מודאג מהיציבות הרגשית של שו. מורגן שוקל לעזוב את באי מור.

צ'אק בחר את הסוכנים הטובים ביותר למבצע סמוי, אבל הוא חושב רק על בחורה אחת לתפקיד: שרה. קייסי, מורגן ו"מדהים" מנסים לעזור לצ'אק לזכות בה בחזרה.

גורלו של צ'אק כמרגל תלוי במשימה אחת אחרונה, שבמהלכה שרה ושו (ברנדון ראות' חוזר בתפקיד אורח) צופים בכל צעד שלו.

קייסי מבצע מעשה בגידה במשימה צדדית עבור המפקד לשעבר שלו, קולונל ג'יימס קלר (רוברט פטריק). צ'אק מנסה להציל אותו.

צ'אק לא מצליח לחוות הבזקים, והוא נשאר מאחור במשימה בעוד שו (ברנדון ראות'), שרה וקייסי ממשיכים. צ'אק מוצא את עצמו במצב בעייתי.

צ'אק מסתווה כמתנקש המסוכן ביותר בעולם. שרה נחושה שמערכת היחסים שלה עם שו (בתפקיד אורח חוזר ברנדון ראות') תהיה אך ורק מקצועית.

צ'אק והאנה (קריסטין קרוק) הופכים באופן בלתי צפוי לחלק מהמשימה האחרונה של הסוכן דניאל שו (ברנדון ראות'). למורת רוחה של שרה, היא מצוותת לשו.

צ'אק חייב להפוך מדען של ארגון הטבעת למרגל עבור הסי-איי-איי ובמקביל לכך הוא מכשיר את האנה (בתפקיד אורח: קריסטין קרוק – סמולוויל) כחנונית עדר חדשה.

צ'אק חייב לצאת לפריז למשימת הסולו הראשונה שלו אבל יהיה לו מזל אם ישרוד בטיסה. בתפקידי אורח: קריסטין קרוק, ברנדון ראות' וסטיב אוסטין.

מדהים מזוהה בטעות כמרגל על, וצ'אק חייב ללמד אותו איך להיות מרגל אמיתי. אנג'י הארמון (חוק וסדר) וברנדון ראות'(סופרמן חוזר) בתפקידי אורח.

צ'אק חייב להשתמש במערכת היחסים שלו עם מדהים כדי להגן על דיקטטור אורח, פרמייר גויה (ארמנד אסנטה בתפקיד אורח), שהוא יעד להתנקשות.

צ'אק חייב ללמוד לשלוט ברגשותיו כדי שיוכל להיות מרגל… גם אם הוא עדיין מאוהב בשרה. בתפקיד אורח: ויני ג'ונס (סנאץ').

היכולות החדשות של צ'אק עם המחשב המשולב המשודרג מתגלות כבעייתיות באימוני הריגול ומובילות לעימות עם שרה.

צ'אק חייב להציל את החתונה של אלי – ואת חייה. בתפקידי אורח חוזרים מורגן פיירצ'יילד, ברוס בוקסלייטנר, טוני הייל, סקוט באקולה וצ'בי צ'ייס.

צ'אק ושרה מסכנים הכול כדי למצוא את אביו של צ'אק (סקוט באקולה). מורגן מקדם בטעות את אמט (טוני הייל). צ'בי צ'ייס מופיע שוב בסדרה בתפקיד אורח.

צ'אק פונה לאדם מפתיע שיעזור לו לאחר שאביו (סקוט באקולה) נחטף על ידי פולקרום. ג'ורדנה ברוסטר וטוני הייל בתפקידי אורח.

סטיב (סקוט באקולה), אביו של צ'אק שנעדר תקופה ארוכה, חוזר וצ'אק מקבל את עבודת החלומות שלו אצל הגיבור שלו, טד רוארק (צ'בי צ'ייס) לרוע המזל, צ'אק מתאכזב בשני המקרים.

צ'אק מביע רגשות לגבי מערכת היחסים שלו עם שרה. סוכנת חסרת לב, אלכס (טרישה הלפר – " בטלסטאר גלקטיקה") נשלחת להעריך את ביצועיה של שרה.

הגאון שמאחורי המחשב המשולב יוצר קשר עם צ'אק, והוא חייב להחליט על מי הוא יכול לסמוך – שרה וקייסי או המדען המסתורי.

שרה וקייסי מחפשים את האדם שעומד מאחורי התוכנית של ארגון פולקרום ליצור "מחשב משולב" משלו. צ'אק והסוכן קול בארקר (ג'ונתן קייק) נאלצים להישאר בבונקר המאובטח.

צ'אק מקנא כששרה מתקרבת לסוכן מושך, קול בארקר (ג'ונתן קייק). ג'ף ולסטר מנסים לשכור את בייב ה"באי מור". הדוגמנית ברוקלין דקר בתפקיד אורח.

צ'אק עוזר למורגן לרגל אחרי אנה, אבל חווה הבזקי זיכרון בנוגע לכך שהחבר החדש שלה קשור לכנופייה מסוכנת. ג'ף ולסטר רוצים שאלי ו"מדהים" ישכרו את הלהקה שלהם לחתונה.

צ'אק ושרה חייבים להתחזות לזוג נשוי המתגורר בפרוורים. הם פוגשים את השכן העליז בראד (אנדי ריכטר) ואת סילביה (ג'ני מקארתי), אישה פתיינית ששמה עין על צ'אק.

בפרק מיוחד בתלת ממד, צ'אק מסכל תוכנית להרוג כוכב רוק (בתפקיד אורח דומיניק מונאהן שכיכב ב"אבודים" ובסרטי "שר הטבעות"). כוכב האן-אף-אל ג'רום בטיס מופיע גם הוא בתפקיד אורח.