מק לוקח את בוזר וריילי לסוף שבוע של הישרדות ביערות וושינגטון הפראים אך במהרה הם נתקלים בחבורת פושעים אלימים שחוטפים את מק כדי שיעזור להם לחפש אחר ארגז מסתורי.

ריילי מתחזה למנהיגת צוות גנבים בשם שרלוט קול, שאמורה לגנוב פצצה מלוכלכת עבור פעיל טרור, וטסה למוסקבה כדי לגנוב את הפצצה במקומה, אבל מתברר שזה לא כזה קל, והצוות נאלץ…

מק וג'ק נחטפים ע"י אדם מסתורי שמאלץ אותם לחוות תסריט בסגנון "המסור". מאטי שולחת את ריילי, בוזר וליאנה לגנוב יהלום שמכיל מידע על ארגון טרור מהנסיכה זהרה מבחרין.

מבריח סמים נעצר בקרואטיה ומאיים שאם הסי-איי-איי לא ישחרר אותו, הוא יחשוף את זהותו של איתן. מה שמאלץ את מאטי לשתף את הצוות בסיפורה, כדי שהם יצילו את איתן לפני…

הצוות מוזעק למרכז לבקרת מחלות, בשל היעלמות של וירוס קטלני. מתברר שאחד המדענים במרכז גנב אותו, והצוות מנסה לאתר אותו לפני שתפרוץ מגפה שבה עלולים למות מיליוני אנשים.

מק והצוות יוצאים למסע לכידה מסוכן אחרי שקצין מודיעין אירי פונה אליהם בטענה שהוא יודע היכן נמצא "הרוח", יצרן פצצות קטלניות שמק מחפש כבר במשך שנים.

מחשב ישן של סנטור נמצא במזבלה בגאנה והוא נסחט בגלל תמונות רגישות שנמצאות בו, אבל מתברר שיש בכונן גם קובץ סודי שקשור למאטי. היא שולחת את הצוות למשימה לא רשמית…

קסיאן, בנו של מרדוק, נחטף, ומרדוק חוטף את נאשה כדי לאלץ את מק לעזור לו לחלץ את בנו מחוטפיו. אז בזמן שמרדוק ומק מחפשים את קסיאן בקולומביה, צוות פניקס מחפש…

ג'ים יוצא למבצע מיוחד לעצירת לואיס גומז במקסיקו, אבל המבצע משתבש, אז מק וג'ק יוצאים לחלץ אותו, ומגלים שזה הרבה יותר קשה ממה שהם חשבו. ריילי ובוזר מתחזים לזוג נשוי,…

מק וריילי טסים לגיאורגיה, למצוא מכלית חמצן שנעלמה בדרכה לבית חולים לילדים במהלך הפיכה, לחמוק מכוחות המורדים ולהביא אותה לבית החולים לפני שאוזלת אספקת החמצן של הילדים, דבר שמתברר כאתגר…

בוזר, ליאנה, מק וריילי, נשלחים להתחזות לסטודנטים, כדי לגלות מי מגייס סטודנטים והופך אותם לטרוריסטים, בוזר ממש שמח לחזור לקולג' ומק מחשיב את זה כחוויה מתקנת. ג'ק מתלווה לבילי קולטון…

חבר של ג'ק מכוח דלתא נקלע לצרות בהונדורס, אז הוא מקבץ שוב את חברי הצוות שלו אחרי שהם לא נפגשו במשך 10 שנים, כדי להציל את חברו ממוות. ריילי וליאנה…

שלושה חודשים אחרי שעזב, מק' מניח את המחלוקות עם אביו בצד, וחוזר ליחידה כאשר הוא שומע שג'ק הוא היעד החדש של דיקטטור רצחני.

בפרק האחרון לעונה, למק נמאס מהשקרים של מאטי והוא מחליט להתפטר מפניקס. מאטי אומרת לו שהוא צריך להגיש את בקשתו למבקר, והוא נדהם לגלות מי זה.

עב"מ מתרסק במדבר נבדה, ומאטי שולחת את מק וריילי לעזור לצבא לברר במה מדובר.

הצוות יוצא לחופשה בפורטו ריקו, אבל במקום לבלות, הם עוזרים לקרלוס, חבר של מק מהצבא לשפץ את ביתו שנהרס בהוריקן מריה. בדיוק כשהם עומדים לחזור ללוס אנג'לס, קרלוס נעלם.

הצוות מגלה שמתקן הפעימה האלקטרומגנטית שריילי איבדה מוצע למכירה, אז הם טסים לסיאול כדי להחזיר אותו.

דון מופיעה לפתע בביתו של ג'ק ומבקשת ממנו עזרה. היא מספרת לצוות שהבוס שלה בסי-איי-איי נרצח כשהוא גילה שמישהו בסי-איי-איי מזייף דרכונים, אבל חוץ מג'ק, אף אחד מחברי הצוות לא…

איש מחשבים בממשלת ארה"ב שגנב מידע סודי ונמלט מהמדינה, שב לפתע לארה"ב לאחר שהוא חמק מג'ק ומאטי במשך שנים רבות. הצוות נשלח ללכוד אותו, אבל מתברר שגם ציידי הראשים ממשפחת…

מאפיונר אוקראיני שמשתף פעולה עם הסי-אי-איי, נעלם בצ'רנוביל, אז מק, ג'ק וריילי נשלחים לחלץ אותו, אבל מתברר שזה לא כזה פשוט. במקביל, מאטי מבקשת מבוזר לגלות מי פרץ לבית שלה,…

בנו של פושע מלחמה סרבי מגיע לירח דבש באתר נופש בצרפת, אז מאטי שולחת את ריילי ובוזר ומק וליאנה להתחזות לזוגות בירח דבש ולגלות היכן מסתתר אביו. במקביל, ג'ק, ג'יל…

הנרי פלטשר בוגד במרדוק ומסגיר אותו לידי מק וג'ק, אבל כשהם מסיעים אותו חזרה לכלא, מתברר שמישהו מנסה לחסל אותו, והם נאלצים להגן עליו.

דיוק ג'קובי, זהות בדויה ישנה של ג'ק מהסי-איי-איי, מופיעה שוב לפתע בניו אורלינס, ומתברר שנוכלת בשם דיקסי לי מתחזה לאשתו. ג'ק נאלץ לשוב לניו אורלינס ולהתחזות שוב לדיוק, כדי לעצור…

הצוות משתתף בתחרות רכבי קרב רובוטיים ממשלתית, שבמהלכה יוצא הרכב של הסי-איי-איי משליטה, והם חייבים לעצור את הרובוט הקטלני. ג'ק נוסע לפגישת מחזור של התיכון שלו, ופוגש שם את אויבו…

הרוח מטמין במרתף של מק פצצה ענקית, שמחוברת לכל דבר בבית שלו. מק וג'ק צריכים למצוא דרך לתקשר עם הצוות ולנטרל את הפצצה, וזה מזכיר להם איך הם הכירו לראשונה…

לאחר פיצוץ מחסן נשק מקגיוור מואשם במותו של אזרח ששהה במקום ונעצר ע"י המשטרה, הצוות יוצא למירוץ נגד הזמן למצוא ראיות שיוכיחו את חפותו ולהציל אותו מאישום בפעולת טרור.

ספינת מחקר תקועה באמצע האוקיינוס הארקטי, וחייהם של 32 סטודנטים נמצאים בסכנה מיידית, אז מק צריך להשתמש בכל יכולותיו כדי להציל אותם. בוזר וליאנה עוברים את המבחן הסופי שלהם.

מכל גז עצבים שנועד להשמדה מוצע למכירה בשוק השחור, וארגון טרור אינדונזי עומד להשתמש בו לפיגוע, אז הצוות נשלח להשיג אותו. בוזר עובר מבחן חקירה, ונאלץ להתמודד עם הדבר הנורא…

מקגייוור וג'ק מנהלים מרדף אחרי גנב של יצירות אמנות. בוזר נכנס לתוכנית הכשרה של סוכנים, ועל הדרך חושף מזימה דרמטית.

הצוות נשלח לאקוודור, להציל את חייו של מועמד לנשיאות שזקוק להשתלת לב, בכדי שלא ישתלט על המדינה דיקטטור אכזרי. מישהו פורץ לדירה של ג'ק וגונב את הדסקיות של אבא שלו,…

הצוות נשלח לניגריה לכבות דליקה בבאר נפט, שארגון מורדים מקומי פוצץ בכדי למוטט את הממשל ולפתוח במלחמת אזרחים. כשהם מגיעים לאזור מתברר שהמידע שהם קיבלו לא מדויק, ועליהם לאלתר פתרון…

צוות טקטי של הסי-איי-איי בפיקודו של בנו של סגן נשיא ארה"ב מטיס אסירה, אבל היא משתחררת ומרסקת את המטוס במשולש ברמודה. אנשי קרן פניקס נשלחים לחלץ את הצוות ולתפוס את…

מרדוק מסמם וחוטף את מקגייוור והצוות מנסה להבין היכן מרדוק מחזיק אותו גם כדי למנוע ממנו את הקורבן הבא שלו.

ריילי יוצאת לבדה למשימה מול קבוצת האקרים מסוכנים שמתכננים לפגוע בשר ההגנה. כאשר חייה בסכנה הצוות כולו יוצא לאתר ולהציל אותה.

מקגייוור והצוות נשלחים לקזינו באזרבייג'ן בזהות בדויה לפרוץ לכספת מאובטחת ומשוכללת ביותר במטרה לגנוב יהלומים ששייכים לארגון רדיקלי מסתורי שמתכנן להשתמש בהם למימון פיגוע טרור רחב היקף במקום בלתי ידוע.

עונה שנייה לדרמת המתח וההרפתקאות, הרימייק המצליח לסדרה הקלאסית הוותיקה. אנגוס "מק" מק'גייוור מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם בעזרת כשרונו המיוחד…

מרדוק ממשיך בתוכנית שלו להרוג את כל סוכני קרן פניקס, ומחליט לפעול דווקא ביום היחיד שג'ק לא מוכן לעבוד היות והוא מאמין שהיום הזה מביא מזל רע.

מקגייוור נאלץ להתחזות ליריב ותיק כדי לעצור ארגון טרור מסתורי מלבצע מתקפה גדולה ולומד על עצמו כמה דברים תוך כדי.

פרנקי, חברה טובה של מק מתקופת לימודיו באם-איי-טי, נהרגת בדליקה במעבדה שלה, וכשמק מגיע ללוויה שלה, הוא מגלה שהמנחה שלה נהרג חודש לפני כן, וזה גורם לו לחשוד שהיא נרצחה.

מק והצוות מגיעים להוואי לעזור לכוחות הסיוע לאחר רעידת אדמה וחוברים לצמד שוטרים מקומיים (הבלשים צ'ין וקונו מהסדרה "הוואי 5-0") בניסיון לחלץ חבורת מדענים מסוכנות ממשלתית שלכודים בבניין שעומד לקרוס.