כשנסחפת לחוף גופתו הנפוחה של מרצה לחקר הימים, צוותו של מקגארט פותח בחקירה לבירור מי מארבעת חבריו למעבדה התת-ימית רצח אותו ולמה.

מקגארט והצוות מנסים לפענח תאונת דרכים קשה של גרייס, בתם של דני ורייצ'ל. טאני מחפשת מטופלת של קואה ועולה על רשת לא חוקית של אספקת משככי כאבים.

מקגארט וצוותו יוצאים למבצע ללכידת האיש שרצח את צוות הקומנדו הימי אליו השתייך מקגארט, שהיה אחראי לחיסול אביו, וללכידת סוכנת הסי-איי-איי שסייעה לו.

מתנקשים מקצועיים מנסים לחסל את צוות אריות הים לשעבר של מקגארט. היחידה מנסה לאתר את מפעילם.

כשהצוות של מקגארט חוקר את רציחתו של לוחם צדק צעיר, זה מוביל אותם לרצח האב הכתב 20 שנה קודם והשחיתות שניסה לחשוף במערכת החוק.

הצוות חוקר מקרה מוזר של פורץ שנמחץ למוות מתחת לכספת שניסה לגנוב, בזמן שמשפחתו של לו מגיעה לביקור חג ההודיה, והוא נאלץ להתמודד עם הקשר העכור שלו עם אחיו.

בפרק ה-200 המתרחש בהוואי בשנות ה-40', הבלש מקגארת מגלה תעלומה ישנה שסבא שלו ניסה לפתור ומנסה לפתור אותה בעצמו.

חבר של סטיב מאריות הים נוחת על נושאת מטוסים עם מטוס אזרחי ותינוק, ושירות החקירות הפליליות של חיל הים מנסה להבין מה בדיוק קרה שם, שסטיב תעקש להתערב בחקירה, והוא…

ג'רי יוצא עם חברי ילדות שלו כדי לנסות לפענח תעלומה בת יותר משלושים שנה. הצוות נתקל בתעלומה מחרידה ומוזרה שהמפתח לפתרונה הוא ציורים של ילדה קטנה.

ג'וניור וג'רי מלווים ארון של חלל צבאי בחזרה להוואי. מקגארט מנסה לשכנע את דיוק לגשת לשימוע. סטיב ודאנו חוקרים מסחר לא חוקי בחול וחושפים פשע חמור בהרבה.

חמש-אפש זקוקים לעזרתו של אסיר כלוא שמתמחה בפצצות כדי למצוא חקיין שמסתובב חופשי. בו זמנית קונו ואדם מגלים שצפו בהם בזמן שאדם החלים מהירי.

האי כולו כורע תחת עומס חום כבד והפשע חוגג ברחובות, דני וסטיב רודפים אחרי רוצחת נמלטת, ג'וניור וטאני מסייעים למשטרת הוואי וגרובר מתעקש לשחק גולף למרות החום הכבד.

בפתח העונה התשיעית ובפרק מחווה לפרק הפיילוט של סדרת המקור הנוסטלגית, מקגארט והצוות מנסים לברר מי רוצח סוכני סי-איי-איי ומנסים לברר אם יש חפרפרת בסי-איי-איי.

בפרק סיום העונה, צוללת רוסית צצה מול חופי הוואי, מקגארט יוצא לחקור ונקלע לעלילה מספרי ריגול.

סטיב מצטרף לג'וניור למשימה של אריות הים ללכידת מבוקש. ג'רארד וקמקונה עוזרים ללו וטאני בחקירת רצח.

מאפיונר אירי ידוע שיצא לגמלאות נמצא מת בביתו וסטיב והצוות פותחים בחקירה ובמקביל חברת ילדות של ג'וניור נעדרת, האם יש קשר בין המקרים?

הצוות יוצא בעקבות שוטר שנכדתו נחטפה. לאחר שהתגלתה גופה של מטופל בבית חולים לחולי נפש ג'רי מתנדב לעבוד שם כסמוי.

קתרין חוזרת לאואהו שבהוואי כדי לבקש מיחידה חמש-אפס עזרה בפענוח תיק סי-איי-איי שלה, שבו מעורבים טרוריסטים הזוממים להשתמש באורניום מדולל.

הארי לנגפורד מגייס את עזרתם של מקגארט ודני בחיפוש אחר בת אצולה בריטית שברחה. בינתיים גרובר, טאני וג'וניור חוקרים מקרה רצח מלפני 25 שנה.

למשרדו של סנ"צ מקגארט מגיע רוצח שכיר לשעבר שעומד למות ממחלה נדירה וחושף את מקום קבורתם של 18 קורבנותיו. אדם פוגש את אחותו למחצה שדורשת ממנו את 20 המיליונים של…

דני נזכר בפרשת האישה המוכה לה עזר כשהיה שוטר בג'רזי שהובילה לניסיון לרצוח אותו על ידי בעלה לשעבר. אדם נעצר בחשד לרצח הידקי טשירו ונחקר על ידי האף-בי-איי.

היחידה יוצאת לחקור את היעלמותו של מנהל בית ספר יוקרתי. הידקי מנסה לחלץ מאדם נושימורי את מיקום הכסף שטמן אביה של מישל ברחבי האי.

אדם עוזר לג'סי לגנוב מכלי כלור נוזלי בשביל היאקוזה כששניים מהמכלים נמכרים לגורם לא ידוע. בניסיון לאתר את המכלים החסרים, יחידה 5-0 חושפת פיגוע כימי.

אדם עוזר לג'סי להשתחל לשורות היאקוזה. כשמתגלה גופת חוקר פרטי במפל בלב יער היחידה יוצאת לחקור מה גרם לרציחתו.

אדם מנסה לגייס מודיעה שתסתנן לשורות היאקוזה. נגנבים לדני וסטיב כלי עבודה מהמסעדה ושוטר מקומי מגויס לעזרה. יחידה 5-0 חוקרת מקרה של חטיפת גופה מבית קברות.

ביום החופש שלו בנסיעה עם בנו, פקד לו נתקל בחשוד ברצח אשתו שעומד להתאבד ומגייס את כל ניסיונו למנוע מהאיש לשים קץ לחייו ותוך כדי כך להוכיח את חפותו.

בעקבות חיסולו של סוכן אף-בי-איי שהגיע להוואי לטפל בבעיית הפשע המאורגן, מקגארט ואנשיו מחליטים לחקור את כל חברי הכנופיות באי ולמצוא את האשם, אך מגלים כי ארגון חדש הגיע לאי.

בערב חג המולד, דני, המחלים עדיין מפציעת הירי שלו, מספר לבנו צ'רלי סיפור לפני השינה, שבו סטיב וקבוצה של יוצאי צבא רודפים אחר מתחזים לסנטה קלאוס ששדדו רכב משוריין.

מקגארת, דני, ג'וניור וטאני בהסגר עד שיתברר שהם נקיים מהנגיף, אבל חמוש אלמוני שחודר להסגר שלהם טורף את כל הקלפים.

בחורה נמצאת נטושה בסירת הצלה בלב ים, וכשהצוות מאתר את היכטה שממנה הגיעה נמצאות שם 11 גופות של אנשים שמתו מנשק ביולוגי. לצוות יש 8 שעות למצוא סותרן לפני שיקרה…

חבר של מקגארט מבקש ממנו שיבדוק התרסקות של מטוס במהלך הכנות לתחרות טיסה.

מקגארט ואדם מצטרפים אל ג'וניור בניסיון לסכל שוד בנק. לטאני יש בעיות עם בן משפחה.

תוך כדי ניסיון לפענח רצח של שני תיירים, סטיב נדרש להתמודד עם יועצת להתמודדות עם מצבי לחץ שחבריו שכרו עבורו.

חמש-אפס חוקרת סדרת פשעים שמבוססים על אגדות מהוואי. לו מוזמן אל אסיר באגף הנידונים למוות.

חייהם של מודיעים משטרתיים נקלעים לסכנה כאשר מתברר שפריצה למערכת של משטרת הונולולו הביאה למותו של אדם, מה שמאלץ את מקגארט לגייס את עזרתו של האקר שזה עתה הכניס לכלא.

כשפשיטה של הרשות למלחמה בסמים בנמל הונולולו משתבשת, יחידה 5-0 נכנסת לתמונה.

היחידה יוצאת לחקור חיסול נועז של ראש מאפיה מקומית ותשעה מאנשיו, ודני ומקגארט מקבלים עזרה לא צפויה מסוכן הביון הבריטי הארי שפרש לגמלאות.

מקגארט ודני מנסים לגייס נושרת ממכללת המשטרה כאשר האקר משחרר מהכלא אסיר מסוכן.

מקגארת מקבל רמז מאסיר ולפיו טרוריסטים מתכננים מתקפה על אואהו. חברי הצוות מנסים לעצור את המתקפה בטרם תצא לפועל.

פרק סיום העונה. לאחר החילוץ של מואני היא מנסה לעזור לצוות לתפוס את אמיליו ואת האנשים שהוא עובד בעבורם ולשחרר את הבנות.