הנינג'ות נלחמים בנינג'ות החדשים כדי להרוויח זמן בשביל שאספירה תוכל להסיר את הכוחות של ניה וכך להפוך אותה להיות אנושית שוב.

הנינג'ות יוצאים למשימה במסווה כדי להשיג את המטה הקסום של אספירה, אך פגישה נוספת עם הנינג'ות החדשים חושפת את הסוד שלהם.

כשראש העיר מסרב לשחרר את אספירה מכלא קריפטאריום, הנינג'ות יוצאים במסווה כדי לשחרר אותה בעצמם.

הנינג'ות חוקרים את מבצע הונג'סטון אבל רבים זה עם זה לאחר שהנינג'ות החדשים מצילים אותם.

לאחר שהצילה מלח מטביעה, ניה פוגשת את ניאד וחושבת על תוכנית איך לקבל חזרה את הצורה האנושית שלה.

שנה לאחר ההקרבה של ניה, הנינג'ות מתאחדים כדי לחקור הברחת ונג'סטון ואת הופעתו של צוות נינג'ות חדש.

ניה מובילה את הנינג'ות נגד ווג'ירה וקאלמאר בקרב הסופי להצלת נינג'גו סיטי.

הנינג'ות לא מצליחים לגבור על ווג'ירה וניה שוקלת החלטה שאולי תציל את חבריה ואת העיר… אך עלולה להיות האבדון שלה.

ניה לומדת על ההיסטוריה של קמע הסופה. וו, קאי, קול, ריי ומיסאקו מנסים למנוע מהמלך קאלמאר לברוח מהעיר עם קמע הסופה.

בנינג'גו סיטי, וו, קול, קאי, ריי ומיסאקו חייבים להגיע אל מועדון החוקרים ולהשיג את קמע הסופה לפני המלך קאלמאר והיחידה שלו.

הנסיך קאלמאר מרמה את המרלופיאנים והופך את הנינג'ות לעריקים.

ניה ואמא שלה, מאיה, מנסות לברוח מהנסיך קאלמאר המרושע, שזומם להפיל את אביו, המלך טראימאר הנדיב.

ניה ומאיה מגלות את מקור פעימת האנרגיה שהשפיעה על הכוחות של ניה… ומתמודדות עם פושע מסוכן חדש.

הנינג'ות יוצאים למשימה כדי לגלות את מקורו של אות כוח מסתורי שמפריע ליצורי הים, ולכוחות של ניה.

אמא של ניה, מאיה, מגיעה עם עצות איך להשיב את השליטה של ניה בכוחות שלה. זאין ופיקסאל מגלים שאולי משהו אחר אחראי להפרעות.

כשניה מאבדת שליטה בכוחות היסוד שלה, הנינג'ות מחפשים תשובות… שאולי נמצאות בידי אמא של ניה.

לאחר שג'יי מוקרב לנחש הים שמטיל אימה על האי, הנינג'ות מתחילים לחשוד שהאירועים שמתרחשים על האי הם לא בדיוק כפי שהם נראים.

הנינג'ות נלכדו על ידי השומרים של הקמע, שנותנים לג'יי יחס מיוחד. לויד יוצא להצלתם.

לאחר ששרדו את מסעם אל האי, הנינג'ות יוצאים לדרך ומתחברים עם דרקון, ומותקפים על ידי פסלים חיים!

משלחת המחקר של מיסאקו, סנסיי וו וקאטץ' פאוורס נעלמת בזמן עבודתה באי שלא נחקר והנינג'ות חייבים למצוא אותה.