בון הופך קנאי יותר ויותר בנוגע ליחסים המתחזקים של שאנון עם סעיד, ולוק מנסה לעזור לו להתגבר על כך. הארלי מנסה להשיג אוכל וג'ון לוק ובון ממשיכים לחפור פתח סביב…

במהלך שחייה בג'ונגל, קייט וסוייר נתקלים במזוודה של נוסע. קייט מתנהגת בצורה מוזרה ומנסה בכוח לקחת את המזוודה מסוייר. סעיד ושאנון מתחילים להתקרב ולהתיידד.

לאחר שמגלים שאית'ן לא היה בין נוסעי המטוס, הניצולים בראשות ג'ק מחפשים אחר קלייר וצ'ארלי הנעדרים, מחשש לגורלם. לוק ובון מחפשים בג'ונגל ונתקלים בברזל מרובע על פני הקרקע.

קלייר חווה סיוטים בשנתה וחושדת שמישהו מנסה לפגוע בתינוקה. הארלי מכין רשימה של הניצולים ומשווה אותה לרשימת נוסעי המטוס המקורית, ומגלה שאחד הניצולים לא מופיע בה.

לאחר העינוי, סעיד יוצא לסיבוב סביב האי ונשבה בידי אישה מסתורית. הארלי בונה מסלול גולף כדי לעזור לשאר הניצולים להתמודד עם החוויה הטראומטית.

צ'ארלי מנסה להיגמל מההתמכרות שלו ונעזר בג'ון לוק. סעיד מנסה להבין את פשר השדר בצרפתית, בתקווה שיסייע להיחלץ מהאי. ג'ק נקלע לסכנה באחת המערות.

שאנון סובלת מהתקף קוצר נשימה קיצוני ונזקקת למשאף. הניצולים מבקשים מסוייר את המשאפים שהוא מסתיר אך הוא מסרב. סעיד וג'ק מחליטים להשתמש בכח פיזי נגדו.

יריבות מתחילה להיווצר בין ג'ן ומייקל, לחוסר שביעות רצון של סאן מהעניין. ג'ק מציע לעבור למערות, אך המתנגדים לכך טוענים שיפחת הסיכוי להנצל. עסקה נרקמת בין צ'ארלי ולוק.

בון נקלע לסכנת טביעה וג'ק מסייע לו ולאישה נוספת הזקוקה לעזרה. המים נגנבים וג'ון לוק מחליט לצאת לחפש מקור מים חדש בג'ונגל. בדרך הוא מגלה שג'ק נופל מצוק ונחלץ לעזרתו….

לאחר שלהקה של חזירי בר חודרת לתוך שרידי המטוס, ג'ק מחליט לשרוף את השרידים יחד עם הגופות. סעיד מכין אנטנות קטנות כדי למצוא מקור כח על האי. לוק, קייט ומייקל…

קבוצה מתוך הניצולים באי יוצאת למשימה: שידור אותות מצוקה מההרים באי, באמצעות מכשיר הקשר שנמצא במטוס. בדרכם מקבלים הניצולים שדר מוזר ונתקלים באורח בלתי צפוי. בינתיים במחנה, מנסה ג'ק לרפא…

קבוצת המשימה שבה ממשימת השדר בהרים ומתחים מתחילים להתעורר בין חבריה. בעקבות שיחה עם המארשל הפצוע, ג'ק מתחיל לחשוד בקייט, האסירה שלוותה בטיסה לארה"ב על ידי המארשל.

דרמת מתח ומסתורין זוכת 11 פרסי אמי. טיסת אושיאניק 815 מאוסטרליה ללוס אנג'לס לא מגיעה ליעדה. הניצולים מוצאים את עצמם על אי מבודד, ומגלים שמדובר במקום בלתי צפוי, הטומן בחובו…

בפרק האחרון לעונה, סקאלי ומאלדר ממהרים למצוא את ויליאם שנמצא במנוסה, בעוד איש הסיגריות ממשיך קדימה עם התוכנית האולטימטיבית שלו.

מאלדר וסקאלי חוקרים רצח משולש שגורם להם לחשוד שמדובר בסחר באיברי אדם. החקירה מובילה אותם לחיפוש אחר צעירה נעדרת שהצטרפה לכת מוזרה שחבריה מאמינים בחיי נצח, וכל זה יוצר עימות…

בעיירה קטנה בקונטיקט מתגלה גופתו של בנו של שוטר. במשטרה המקומית בטוחים שטרפה אותו חיה, סקאלי בטוחה שרצח אותו פדופיל מקומי, ומאלדר בטוח שמדובר בכישוף, עד מהרה העניינים יוצאים לגמרי…

מאלדר וסקאלי נעזרים בשירותים ממוחשבים לכל דבר אפשרי ותלויים בהם כמעט באופן מוחלט, אבל לפתע מתחילות להתרחש תקלות בשירותים הממוחשבים והם מתחילים לתקוף אותם.

סקינר יורד למחתרת לאחר שהעבר שלו חוזר לרדוף אותו. כאשר מאלדר וסקאלי מנסים לאתר אותו, חוסר האמון הגובר שלהם בו מגיע לשיא חדש.

שתי נערות טוענות שתקפה אותן מפלצת. מאלדר וסקאלי מגיעים לבדוק את המקרה ומגלים כי החקירה שלהם עלולה להוביל חזרה אל הבן האבוד שלהם, ויליאם.

אדם מסתורי בשם רג'י נפגש עם מאלדר וסקאלי, וטוען שגורמים עלומים בממשל גורמים לאנשים לשכוח פרטים מסוימים מעברם וכך הם משתלטים על העתיד, וגורם לשניהם לפקפק בזכרונותיהם.

צעיר מעיירה קטנה מתנגש עם רכבו בעץ וטוען שהכפיל שלו גרם לו לעשות זאת, ומתברר שהמקרה שלו הוא לא הראשון. מאלדר וסקאלי נתקלים בזוג תאומים מוזרים וחושדים בהם.

ריצ'רד לנגלי יוצר קשר עם מאלדר 16 שנים לאחר מותו, ומיד לאחר מכן מופיעים בביתו מתנקשים, שמנסים לחסל אותו ואת סקאלי. הם נמלטים ועוקבים אחר הרמזים שלנגלי הותיר להם, שמובילים…

דיוויד דוכובני וג'יליאן אנדרסון חוזרים לתפקידם האייקוני כסוכני האף-בי-איי פוקס מאלדר ודיינה סקאלי ויוצאים לחפש אחר ויליאם, בנם המיוחד שנמסר לאימוץ. אך נדמה כי הם אינם היחידים.

אנשים ברחבי המדינה נופלים למשכב ופאניקה נרחבת מאיצה בסקאלי לנסות למצוא תרופה. בינתיים, מאלדר מתעמת עם האיש שהוא מאמין עומד מאחורי כל זה, אבל עוד דמות מעברם של מאלדר וסקאלי…

סקאלי ומאלדר מתחילים לחקור לאחר שגלריה לאמנות, המציגה יצירות אמנות פוגעניות מופצצת. הם מנסים למצוא דרך לתקשר עם העבריין הנמצא בתרדמת, בכדי לנסות למנוע מתקפה נוספת.

פקיד במשרד השיכון בפילדלפיה שעוסק בפינוי הומלסים, נרצח באופן מזוויע, ומאלדר וסקאלי נשלחים לחקור את הרצח. אבל אז אמה של סקאלי מקבלת התקף לב, והיא נאלצת לעזוב את מאלדר ולנסוע…

בעוד שמאלדר מתוסכל מהעובדה שהמדע הפריך את כל התעלומות שריתקו אותו כל חייו, ומחליט שהוא לא מוכן לבלות את חייו במרדף אחר מפלצות, סקאלי מודיעה לו שיש להם חקירה חדשה.

כאשר מדען מתאבד מסיבה לא ברורה, מאלדר וסקאלי חוקרים את האופציה כי כוח בלתי נראה דחף אותו לזה, וחושפים מעבדה שבה ניסויים גנטיים קיצוניים נמשכים כבר עשרות שנים.

מיני סדרה הממשיכה אחרי 13 שנים את סדרת הקאלט "תיקים באפילה" ומאחדת מחדש את סוכני האף-בי-איי האייקונים מאלדר וסקאלי, החוקרים תעלומות מסתוריות בעולם הזה ובעולם "שמעבר"…