פרק אחרון בסדרה. וינדמארק מענה את ברוילס, אבל ברוילס מספיק להזהיר את הצוות לפני שהוא מסגיר את מיקומם. הם פותחים חור תולעת, שאליו אמורים להיכנס מייקל ווולטר.

קולונל ברוילס מגלה שהילד כלוא על האי ליברטי. אוליביה לוקחת "קורטקסיפן", כדי לחצות ליקום המקביל ולחלץ אותו ממעצר. היא פוגשת שם את בוליביה ואת לינקולן ומחלצת את הילדי.

החבורה מוצאת את ספטמבר בברוקלין, אחרי שהילד "שידר" לוולטר דימויים שעזרו לו לאתר מיקומו. ספטמבר מספר להם שהילד חיוני לתכנית מיגור ה"משקיפים"."המשקיפים" סוגרים עליהם.

הצוות לא מצליח לדובב את הילד. הם מבקשים את עזרתה של נינה ובכך חורצים את גורלה. נינה מוצאת דרך לחדור למוחו של הילד. וינדמארק חושף את נינה.

וולטר לוקח אל.אס.די ומתחיל להיזכר בימי העבר במעבדה. הרדיו מתחיל להשמיע אותות והחבורה מזהה את מקור האיתות על אי מבודד, שם הם מגלים שדונלד השאיר להם מתנה מסקרנת.

וינדמארק מגלה את הדירה של אטה ואת היכולות של פיטר. וולטר מודאג שהשפעת השבב על פיטר תהיה בלתי הפיכה. אוליביה הולכת לקחת מגנט חשמלי ופוגשת אישה שמחכה לה 21 שנים.

בקלטת החמישית וולטר אומר שצריך למצוא גלילים במחסן של ויליאם בל. וולטר מבקש מנינה שארפ, שעוזרת להם להיכנס למחסן, להסיר את חלקי המוח שהשתילה לו.

וולטר הולך בעקבות עוד קלטת לבית הרוס, שבו הוא מוצא אדם שחושב שהשנה היא 2016. בקלטת מתברר שוולטר ודונלד המסתורי הכינו שם מקום מסתור לילד בתוך "יקום כיס" שהזמן בו…

המחתרת מגלה ש-"המשקיפים" שולחים דרך חור תולעת ציוד לבניית מדלל האוויר. הם מחליטים להשמיד את המשלוח בעזרת קובייה שלקחו מ-"משקיף", אבל פיטר רוצה לגרום להרס רב יותר.

הצוות חודר לתחנת פן כדי להוציא את התכנית של וולטר, אבל וולטר לא מבין מה כתוב בה. וינדמארק מבין שיש בין שורותיו מרגלים של המחתרת. ברוילס פוגש את הצוות ומצייד…

הקלטות שולחות את הצוות לאזור מבודד בפנסילבניה. הם מוצאים שם חבורת אנשים עם נגעי עור קשים, שמקורם במכרה זהב נטוש, שממנו הם אמורים להוציא גבישי קוורץ לייצור אנרגיה.

וולטר מאבד את זיכרונו והצוות מחליט לחדור למעבדה שלו ב-"הרווארד", כדי לחפש תיעוד של התכנית למיגור המשקיפים.

בפתח עונתה האחרונה של הסדרה, פיטר ואלתה מחפשים את אוליביה בשנת 2036, בזמן שצוות פרינג' מצטרף למהפכה למיגור שלטונם של המשקיפים על העולם.

בפרק סיום העונה, חברי הצוות נדחקים אל גבולות מסוכנים, בעודם מנסים להציל כל ייצור חי ממזימותיו של דייוויד רוברט ג'ונס.

וולטר נאלץ לחיות מחדש את העבר שלו, בזמן חקירת סדרת התלקחויות אש ספונטניות של בני אדם. הצוות מתעמת עם דייוויד רוברט ג'ונס בכדי להציל את העולם.

רעידות אדמה מרובות קורות בו זמנית בעולם ובצד השני. וולטר מאמין כי הוא יודע את המשחק הסופי של דיוויד רוברט ג'ונס.

בשנת 2036, בעתיד בו המשקיפים שולטים ומעטי בני האדם ששרדו משרתים אותם, קבוצת פרינג' חדשה יוצאת במלחמה שתשנה הכל, אבל כדי לנצח הם חייבים להחיות דמות אגדית מהעבר שלהם.

דיוויד רוברט ג'ונס מחפש את מטרתו הבאה. וולטר מבקר בצד השני ועוזר לצוות בחקירת מקרה הנוגע בשני העולמות.

לינקולן חובר לצוות בצד השני וביחד הם מחפשים אחר רוצח עם יכולות יוצאות דופן. לינקולן משווה את סיפור חייו עם אלט לינקולן ומגלה כי הם לא כל כך שונים כפי…

הצוות חוקר מקרה בו מעורבת מוטציה מוזרה, כאשר את המקרה הזה פתר פיטר בזמן המקורי ארבע שנים קודם לכן.

אוליביה ופיטר מתמודדים עם ההשלכות הרגשיות אחרי הגילוי לגבי עתידו של פיטר. חברי הצוות חוקרים מקרה של רוצח שנראה נחוש בדעתו לרצוח… אהבה.

פיטר וחברי הצוות נוקטים צעדים יוצאי דופן בניסיון לעצור אירועים מסכני חיים.

אוליביה מנסה להתמודד עם סדרה חדשה של זכרונות. חברי הצוות חוקרים מטופל חולה נפש אשר חשוד בשורה של מעשי רצח וככל הנראה קשור לעברה של אוליביה.

פיטר אוליביה ווולטר נלכדים בעיר ווסטפילד אליה הגיעו על מנת לחקור אירוע מסתורי ומפחיד.

אלסטרד מקבלת ביקור לא צפוי מאלסטרד של הצד השני. פיטר ואוליביה חוקרים מקרי רצח בהם מעורב רעל בלתי מוסבר.

בעוד חברי הצוות מאתרים ילדה אשר יודעת לחזות את העתיד, אוליביה מנסה להתמודד עם המסר שניתן לה על ידי המשקיפים.

מחלקת פרינג' בצד השני מתמודדת עם ביקורו של פיטר ועם אויב אימתני חדש, במירוץ נגד הזמן.

אוליביה ולינקולן מנסים להשיב את פיטר הביתה, בינתיים נחשף בוגד ואויב ישן מגיח מן הצללים.

בעוד אוליביה מתמודדת עם מיגרנות, הצוות חוקר כוח בלתי נראה ההורג את הקורבנות וגורם לגופתם להפוך לבנה כרוח רפאים. הראיות מובילות אל אדם שמת ממחלה גנטית לא ידועה.

הצוות חוקר מערבולות של לולאות זמן בהן מעורבים מהנדס חשמל ואשתו, פרופסורית לפיזיקה.

מדען לשעבר מ-"מאסיב דיינמיק" מעורב בפרשה מטרידה. וולטר פוגש את נינה שארפ.

אוליביה חושפת כוח מסוכן שעשוי להיות קשור לניסוי שערך וולטר בעבר. וולטר נאלץ לעזוב את המעבדה בפעם הראשונה מזה שנים ומצטרף אל אוליביה בדרכה אל "מאסיב דיינמיקס".

וולטר מנסה להתמודד עם ההזיות שלו, בעוד חברי הצוות חוקרים מקרה מוות מסתורי של שני ילדים בני 12, אשר גופתם מרקיבה להחריד תוך כמה שעות.

כאשר רוצח סדרתי תוקף בצד השני, צוות פרינג' נקראים לסייע.

בפרק פתיחת העונה הרביעית – העלילה ממשיכה כעבור שבוע מאז שהמחלקות בשני העולמות החלו לעבוד יחד.

בפרק סיום העונה, פיטר מצליח להיכנס למכונה ולהגיע לעתיד הקרוב, בו היקום של וולטרנייט הוא זה שהושמד.