נארוטו מתחיל את סדרת האימונים שלו לקראת הבחינה השלישית בליווי אביסו, אך העניינים משתלשלים בצורה בלתי צפויה.

הקרב האחרון שנותר הוא צוג'י אקימיצ'י נגד דוסו קינותה. שלב המוקדמות של הבחינה השלישית מסתיים ונארוטו מגלה שסידרו לו מאמן חדש לקראת הבחינה השלישית.

לי חושף את הקלף המנצח שלו, פתיחת השער החמישי. גארה רוצה מעוניין בקרב עקוב מדם.

רוק לי ממשיך בקרב נגד גארה האכזרי. על אף שהוא מוחלש לאחר השימוש בלוטוס הראשי, הוא רוצה לנצח בכל מחיר. לי מתחיל לפתוח את שמונת השערים הפנימיים.

רוק לי בעל הרוח הצעירה משובץ להילחם נגד גארה של המדבר. גארה לא מגלה רחמים ומשחרר את כל עוצמתי הקטלנית.

הינאטה מחליטה להוכיח את עצמה ונלחמת בנג'י בכל כוחה. הקרב ביניהם מסתיים בתוצאה מפתיעה.

נג'י היוגה והינאטה היוגה, קרובי המשפחה, משובצים להילחם אחד נגד השניה. הם מתחילים את הקרב ונלחמים כדי להגן על הכבוד של עצמם ושל המשפחות שלהם.

הקרב של נארוטו וקיבה מגיע לשיאו. נארוטו חושף טכניקה חדשה שפיתח.

בחינת הצ'ונין השלישית נמשכת ומגיע תורן של טמארי וטנטן להילחם אחת בשניה. לאחר הקרב החד צדדי של שתיהן, שיקמארו נבחר להילחם בקין, הקונואיצ'ית מהכפר הנסתר בצלילים.

הקרב מלא הרגש בין סאקורה לאינו צובר תאוצה. החברות והקשיים של השתיים מתגלים.

הקרב של מיסומי צורוגי וקאנקורו מסתיים מהר. מיד לאחריו, שתי חברות ותיקות נקראות להילחם אחת בשניה.

קאקאשי מנסה לחתום את החותם המקולל אך אדם מסוים מפריע לו. במקביל, הקרב בין זאקו אבומי לשינו אבורמה מתחיל וכוחו המשונה של שינו נחשף.

סאסקה ממשיך בקרב שלו נגד יורו אקדו על אף הכאב הרב שהחותם המקולל גורם לו. לאחר הקרב, קאקאשי מחליט לעזור לסאסקה בעניין החותם המקולל.

צוות 7 הצליח להשיג את המגילה החסרה ועובר את הבחינה השניה. ההוקאגה מסביר לכל אלו שעברו את הבחינה מה המטרה האמיתית של בחינות הצ'ונין. האחראי על הבחינה השלישית מגיע, ובשורה…

נארוטו שוקל להציץ במגילה של הצוות שלו. צוות 7 פוגש בצוות של קאבוטו, ויחד הם מנסים למצוא את דרכם למגדל שבמרכז יער המוות.

לאחר שסאקורה כמעט מאבדת את חייה בניסיון להגן על הצוות שלה ועל לי, צוות 10 יוצא מהמחבוא שלו לעזרתה. במקביל, צ'אקרה מרושעת מתפתחת אצל אחד ממחוסרי ההכרה.

סאקורה עומדת בפני סיטואציה שהיא מעולם לא עמדה בה כאשר היא נותרת לבדה להילחם נגד השלישייה מכפר הצלילים. על אף הפחד והחרדה, היא נעזרת בנחישותה הגדולה ונלחמת חזרה.