קאלן מגיע למרכז לסיכול טרור כדי לחקור את הסרן הרוסי מפרשת המטוס הרוסי שנחת בארה"ב, אך הוא הופך לנחקר בעצמו.

קאם, בתו של סם, נעדרת, אז הוא נעזר באריק ובצוות כדי לנסות לגלות מה קרה לה. במהלך החקירה הוא מגלה שיש הרבה דברים שהוא לא יודע עליה, ואחד מהם הוא…

הצוות מנסה לאתר מנהיג ארגון פשע שמנסה לרכוש טכנולוגיית הגנה מפני טילים. קאלן נוסע לאנה כדי לשאול את השאלה הגדולה מכולן.

הקבוצה מקבלת מקרה רצח של מאבטח עם גישה למידע רגיש וסודי, שעלול להוביל לאסון אם יגיע לידיים הלא נכונות. דיקס עומד בפני ריאיון עבודה גורלי.

עד מרכזי במשפט סמים נרצח, והחשד נופל על פיאטרה ריי, אישה שפעם כמעט גרמה למותם של קאלן וסם. דיקס ממשיך בהכשרתו, אך צריך להתמודד עם קשיים משלו.

לפני חג המולד, הטי מטילה על קאלן תיק שבו מעורב אח האומנה שלו ואשתו, שמואשמים בהברחת סמים במכלי חמצן.

כדי להשיג מידע הנוגע לביטחון הלאומי, קנזי נפגשת עם סוציופת שאובססיבי כלפיה מאז שהיא הכניסה אותו לכלא. דיקס נאלץ לעזוב את שירות החקירות.

היחידה נשלחת לחקור רצח של נגד במילואים בחיל הים שהתרחש במחסן ובו סחורה גנובה בשווי מאות אלפי דולרים. אנה מתכוננת לצאת לפעילות שיקום השכונות.

נל שולחת את סם לפגישה עם מודיע שמתכוון לחשוף שחיתות בחיל הים, אלא ששם האנה נתקל בניסיון התנקשות בו ובמודיע.

נפתח משפטו של חייל שסם וקאלן עצרו שנה קודם לכן באשמת ביצוע פשעי מלחמה, וצוות הסוכנים נקרא כדי לסייע בחיפושים אחר העד המרכזי.

דרמת חקירות על העולם רווי הסיכונים של יחידה המשתמשת בזהויות שאולות ובטכנולוגיות חדשות, כדי ללכוד את הפושעים המסוכנים ביותר שמציבים איום על הביטחון הלאומי.

סם, קאלן וראונדטרי טסים לאפגניסטן כדי לעזור בחקירה רגישה, בעקבות טענה של לוחמים מאריות הים, שהמפקד שלהם רצח שבוי בלתי חמוש.

הצוות עוזר לסוכנת לשעבר לאתר את השותף שלה לשעבר שנעדר, בחשד שהוא משתף פעולה עם מבריח נשק שהם לא הצליחו לתפוס בעבר. דיקס כועס כי הבר שלו קיבל ביקורת גרועה.

הצוות מסייע למשרד המשפטים בחקירה של הצתת בית מסתור של האף-בי-איי, שבו שוהה פעילה פוליטית המבקשת מקלט מדיני.

סם חוקר רצח של גולה איראני ובתוך כך מנסה להציל את חייו של הסוכן ראונדטרי ביומו הראשון בעבודה, שמתברר כמסוכן במיוחד.

הצוות יוצא לחקור את מקרה היעלמותו של סוכן בסוכנות הביון של משרד ההגנה, אשר עסק בפיתוח תוכנה מתקדמת לזיהוי עבמ"ים, ונעלם רגע לפני דיון חשוב בנושא עם הפנטגון.

פטימה נחטפת במהלך משימה בסיני. קאלן וסם יוצאים לחלץ אותה, ומגייסים לעזרתם סוכן סמוי של הסי-איי-איי.

סוכנת אף-בי-איי נהרגת במהלך חיפוש אחר סוכן סמוי. הצוות חייב למצוא את הסוכן הנעדר לפני שהפושעים ימצאו אותו.

אנה קולצ'ק חוזרת כדי להזהיר את קאלן שהוא בסכנה ולומר לו שכעת עליו לשתף פעולה עם אויב גדול, כדי לעצור רשת מחתרתית של סחר בנשים.

הצוות חוקר רצח של מהנדס לוחמה מחיל הים בערב הקראת שירה. קאלן מבקש מנל לסייע לו בחיפוש חובק עולם אחר אנה.

לאחר שנרשמת עלייה במספר מקרי המוות עקב מנת יתר של אופיואידים, הצוות יוצא לגלות מי מפיץ את הסמים ברחוב, ולאיזו מטרה מיועדים כספי הסמים.

ורוניקה סטיבנס מהסי-אי-איי מבקשת את עזרת הצוות לאחר שמהנדס חקלאי, אותו הטי ביקשה ללוות לארה"ב, נעלם.

אדם מעברה של הטי מנסה לנקום בה כי היא הסלילה אותו לחיים של סוכן חשאי.

הצוות חוקר ניסיון לשתול וירוס תולעת במערכת תשתית, ובמהלך ההיערכות קאלן וסם מדברים על עתיד שירות החקירות. קנזי ודיקס מדברים על ילדים, ונל ואריק דנים ביחסים שלהם.

קאלן וסם נוסעים לסן פרנסיסקו כדי לחפש את אריק ביל. הוא נחטף במהלך משימה סודית שהטילה עליו הטי.

אחרי שקצין חיל ים נעלם מזירה של תאונת דרכים, הצוות מגלה שנעלם גם המחשב שלו, שבו שמור מידע חסוי על יוצאי יחידת אריות הים.

צוות החקירות הפליליות של חיל הים מקשר בין רכיב גנוב מאב-טיפוס של רכב תת-ימי חדשני למסיבה של כוכב רשת.

הצוות נאלץ לחבור לצמד פושעים לשעבר מאנגליה, אחרי שסוחר נשק חוטף את בתו של אחד מהם בניסיון להשיג מערכת נשק מתקדמת ביותר.

רצח של סגן מחיל הים מוביל את החוקרים להתפרצות אפשרית של אבולה. קאלן וסאם בודקים באוניה שלה, האליג'נס וקנזי ודיקס משחזרים היכן היא הייתה אחרי שירדה מהאונייה.

הצוות מנסה לאתר ציור ששוויו 40 מיליון דולר, לפני שיימכר בשוק השחור כדי לממן פעילות טרור.

קאלן וסם מאבטחים אישית אדמירל בגמלאות במהלך פעילות שלו לאיתור קצינת מודיעין נעדרת.

קאלן וסם עובדים על תיק סמים בתל-אביב, שם פוגש סם סוכנת מוסד שאיתה היה לו קשר בעבר. קנזי ולאנס עובדים על תיק מסועף של רציחות וסחר בנשק בלוס אנג'לס.

קאלן וסם משתפים פעולה עם קפטן ראב כדי לתפוס את המרגלים שעל האוניה. הטי מנסה לנטרל תגובות לתקיפת טילים במזה"ת. קנזי ודיקס לכודים תחת מתקפה בקרוואן של הסי-אי-איי בעירק.

פרק סיום העונה. סם וקאלן במרוץ נגד הזמן למצוא את הרוצח של הסוכן לי וסוכנים צ'צ'נים נוספים בספינת חיל הים. עליהם למנוע התקפה איראנית על ישראל וערב הסעודית.

לאחר גילוי גופתה של נחתת לשעבר שעונתה ונרצחה באכזריות, הצוות מגלה כי ייתכן שמותה קשור למתקפה הקשורה לדאע"ש.

הצוות מקבל מידע סודי על מקום הימצאו של ניקיטה ויוצא למשימה סודית ביחד עם ג'ואל, שם הם פוגשים דמות מוכרת מעברו של קאלן.

לאחר שאנה קולצ'ק בורחת מהכלא עם השותפה שלה לתא, קאלן והצוות מסייעים בחקירה ומנסים לאתר אותה.

לאחר שחייל באריות הים שמחלטר בתור מאבטח מותקף, הצוות פותח בחקירה שמובילה אותם לאירוע ירי המוני פוטנציאלי.

סם מסייע לסוכן משרד המשפטים באיתור שוטר משמר הגבול לשעבר, שנעלם בעקבות איומים של קרטל סמים עליו ועל משפחתו. אחותו של קאלן נותנת לו לשמור על בנה ג'ייק, מה שמספק…

סידני, אחותה של נל, מבקשת ממנה עזרה כשהבן שהייתה דלוקה עליו בתיכון מסתבך במזימה לגניבת מודיעין ממשרד ההגנה. התובע רוג'רס עורך הערכת ביצועי עובדים לאנשי הצוות, והם מנסים להתחמק ממנו…