תודות לתוכנית המבריקה של נארוטו, קאקאשי שוחרר כלא המים, והוא מוכן להשתמש בשארינגאן שלו כדי להביס את זאבוזה.

ידו של קאקאשי בקרב נגד זאבוזה על העליונה, אבל הקלפים נטרפים מחדש כאשר הוא נתפס במלכודת של זאבוזה. קאקאשי מפציר בצוות לברוח, אבל נארוטו נזכר בשבועה שנשבע.

צוות 7 מגיע לארץ הגלים ומגלים שאיש עסקים רשע ששמו 'גאטו' השתלט על הארץ הזו. זאבוזה מומוצ'י, שנשכר על ידי גאטו כדי לחסל את טזונה, מופיע בפניהם. נארוטו מתרגש ומוכן…

צוות 7 מתחיל את משימות הנינג'ה הראשונות שלו עם משימות משעממות למדי. נארוטו מוציא את התסכול שלו על ההוקאגה, והוא מסכים לתת להם משימה אחרת – להגן על אדם מבוגר…

נארוטו, סאסקה וסאקורה עושים כל שביכולתם כדי לעבור את מבחן ההישרדות המפרך. אולם, קאקאשי רואה לנכון שיש ללמד אותם עבודת צוות מהי לאחר הפעולות האנוכיות שלהם.

צוות 7 החדש פוגש את הסנסיי שלהם, קאקאשי האטאקה. לאחר היכרות קצרה, הם יוצאים לאימון שיבחן האם הם באמת מתאימים להיות נינג'ות. במסגרת האימון, הם צריכים לעשות כל שביכולתם כדי…

על מנת להפוך לנינג'ה, נארוטו צריך להצטוות לחבריו לכיתה: סאקורה היפה וסאסקה הרציני. לשני אלה יש דבר אחד במשותף – הם שונאים את נארוטו. כתוצאה מכך, נארוטו מנסה גישות אחרת.

נארוטו סוף סוף מצליח לסיים את לימודיו באקדמיה לנינג'ות. לאחר זמן לא רב משסיים את לימודיו בעצמו, נארוטו לוקח תחתיו תלמיד חדש שהוא לא אחר מהנכד של ההוקאגה.

בכפר הנסתר בין העלים והעצים, מקום שגרות בו נינג'ות, יש ילד ששמו נארוטו אשר גורם לצרות בכל מקום שהוא הולך אליו. כשהוא גונב את מגילת החותם, הוא משחרר כוח נדיר…

דרמה היסטורית המבוססת על סיפור אמיתי. התקופה היא אמצע שנות ה-50, תקופה בה אמנם השחורים כבר אינם עבדים בארה"ב אך הם נותרו חסרי זכויות אזרח מבחינות רבות, והפחד מ"האדם הלבן"…