קירק מבקר בכוכב שעליו חי אחיו ומגלה שהוא נהרג על-ידי חייזרים דמויי אמבות. הם מדביקים גם את ספוק, אבל לתרופה של בונז יש תופעות לוואי מפתיעות.

קירק פוגש את לזרוס, שטוען שהוא במרדף חוצה זמן ומרחב אחרי העצמי המקביל שלו. לדבריו, אם קירק לא יעזור לו, כל מערכת העולמות בסכנה.

בונז חוזר בזמן אל אמריקה של שנות ה-30 במאה ה-20 ובטעות משמיד את העתיד. כדי לתקן את הנזק, גם קירק וספוק חוזרים בזמן − וקירק מתאהב.

קירק מנסה להקים מוצב בכוכב שעליו חיים האורגאניים הפרימיטיביים לכאורה. הקלינגונים תוקפים והאורגאניים מראים בדיוק כמה הם מפותחים.

קירק וספוק חוקרים מקרה שבו מפלצת הרגה מספר אנשים במושבת כרייה. ספוק מגלה שהיצור המוזר הוא תבוני, וגם שיש לפעולות שלו מניע מוצדק.

האנטרפרייז נוחתת על כוכב שבו כולם הופכים לפסיביים מאוד ומביעים חיבה רבה זה כלפי זה. עד מהרה קירק מגלה את הסיבה לתופעה.

צוות האנטרפרייז נתקל באנשי-על אלימים בהנהגתו של חאן נוניאן סינג, שנלחם בקירק על השליטה וגורם לאיש צוות נאמן לבגוד בצי הכוכבים.

חברי הצוות מגיעים אל כוכב שבו נגזר עליהם למות וקירק מגלה שהם חלק ממלחמה וירטואלית שבה הלוחמים מתאבדים כדי להימנע מקרבות אמיתיים.

צוות האנטרפרייז מגיע אל כוכב שבו ספינה של צי הכוכבים נעלמה שנים רבות קודם לכן. על הכוכב הם מוצאים מחשב עריץ ששולט ביד רמה בתושבי הכוכב.

קצין נהרג בתאונה חריגה ורשומות המחשב מפנות אצבע מאשימה כלפי קירק. מעדויות המוצגות במשפט צבאי עולה כי מדובר בהפללה.

כוכב שחור מחזיר את האנטרפרייז בזמן אל כדור הארץ בשנות ה-60 של המאה ה-20. כדי שיוכלו לחזור, קירק והצוות חייבים להשמיד כל עדות לביקור שלהם.

חייזרים חוטפים את קירק יחד עם גורן – הומנואיד אלים בעל מראה של לטאה. כדי להציל את הצוותים שלהם, קירק והגורן חייבים להילחם עד המוות, אבל קירק מסרב.

האנטרפרייז נלכדת על כוכב שנשלט על-ידי חייזר ילדותי עם סקרנות רבה לגבי נפוליאון, וקירק מציע לו את חייו תמורת החירות של הצוות.

ספוק, בונז, סקוטי ואחרים נוחתים נחיתת אונס על כוכב, ומותקפים על-ידי ענקים קטלניים. ספוק מסכן את חייהם כדי לנסות לממש סיכוי קטן לחילוץ.

צוות האנטרפרייז נוחת על כוכב יפהפה במטרה לנפוש בו, אבל האידיליה נהרסת לאחר שסמוראי ואביר צמא-דם תוקפים את סולו ואת בונז.

ציפורי מלחמה רומולניות משמידות מוצבים של הפדרציה וצוות האנטרפרייז רודף אחריהן. הדמיון בינן לבין הוולקנים מעורר דעות קדומות כלפי ספוק.

קודוס, רוצח סדרתי נמלט, הוא שחקן שייקספירי מהמאה ה-23. לאחר שחבר נרצח, קירק מבקש מלהקת תאטרון שייקספירי לחקור.

במהלך המשפט הצבאי של ספוק, הקלטות וידאו מהמפגש של קפטן פייק עם הטאלוסיים בעלי הכוחות העל-טבעיים חושפות את המניע של ספוק לחטיפת הספינה.

ספוק חוטף את הקפטן לשעבר של האנטרפרייז שנפצע וקובע מסלול אל כוכב אסור. ספוק עלול לעמוד למשפט צבאי, אבל אינו מוותר.

האנטרפרייז חומקת ברגע האחרון מספינת החלל המאיימת של החייזר ביילוק, אבל כשביילוק שולח קריאת מצוקה, קירק והצוות נחלצים לעזרתו.

רופא מופרע בורח מכוכב שהוא מושבת עונשין אל סיפון האנטרפרייז. כשקירק חוקר את העניין, המנהל המטורף של המושבה שוטף את מוחו.

צוות האנטרפרייז מגיע אל כוכב שבו וירוס גורם לבני אדם להתנהג כמו ילדים. קירק והצוות שלו נדבקים בווירוס ורק בונז יכול לעזור.

החיפוש של צוות האנטרפרייז אחר המדען המפורסם רוג'ר מוביל את קירק אל כוכב נטוש שבו חי רוג'ר עם שני אנדרואידים דמויי בני אדם, שם הוא מותקף.

המשגר של האנטרפרייז מתקלקל ומשגר את קירק אל הסיפון יחד עם התאום הרשע שלו. מאוחר יותר, קירק והצוות ננטשים על כוכב קפוא.

קירק והצוות מצילים את הארי מאד ושלוש 'כלות בהזמנה' משירות השדכנות שלו. מאד מנסה למנוע מקירק להעמיד אותו לדין.

וירוס גורם לצוות האנטרפרייז לאבד את השליטה העצמית. סולו מאיים על הצוות בחרב, ספוק בוכה ובונז מחפש תרופת נגד.

קירק וספוק חוקרים טרגדיה בצי הכוכבים, וחבר של קירק מקבל כוחות אלוהיים. כדי לעצור אותו, קירק חייב לרקום תוכנית מסוכנת.

צ'רלי, נער בעל כוחות על-טבעיים עוצמתיים, משוגר אל סיפון הספינה. למרות שהוא רוצה שיחבבו אותו, הוא תוקף אחרים עד שקירק מגלה את הסוד לגבי הכוחות שלו.

אחרי הצוות עוקב יצור המשנה את הופעתו ושואב את המלח מבני אדם. כשהיצור מועלה בטעות אל סיפון הספינה, סקוטי עומד בפני דילמה.

סוחר סמים זוטר גונב תיק מלא סמים מהבוס שלו ונתון בסכנת חיים. הבן שלו מנסה לעזור לו וחובר לאף-בי-איי

כשנהג משאית נרצח ומהמשאית שלו נגנב אמוניום חנקתי שיכול לשמש לבניית פצצה, הצוות חוקר ומגלה כי השוד קשור לקבוצת טרוריסטים.

מגי חוזרת לעבודה וכל הצוות מנסה לגלות מי רצח שני צעירים בפארק באמצע הלילה. או-איי חושש שמגי עוד לא מוכנה לחזור לעבודה בשטח.

הצוות עובד על חילוצו של ילד בן חמש שנחטף. סקולה חושד שהאם אינה דוברת אמת ואינה מספרת להם מדוע דווקא בנה היה המטרה.