הצוות נקרא לחקירה, כאשר במהלך ליל כל הקדושים חייל מארינס מותקף בביתו, ונראה שבתו נחטפה.

הצוות חוקר פיצוץ שהתרחש בקאנטרי קלאב של הצבא והרג קולונל במארינס, ועובד יחד עם יחידת חקירה צבאית. בינתיים, טוני שומר על אהבתו החדשה בסוד מהצוות.

גופתו הרקובה של חייל מארינס נעדר נמצאת בבית נטוש, לאחר שמישהו חפר והוציא אותה מהחצר האחורית.

רצח קצין זוטר, שעבד תחת זהות בדויה, מוביל את הסוכנים למרגל רוסי. סוכנים מביטחון פנים משבשים את החקירה, כאשר מתברר שהסוכן עובד עבורם.

מפקדת בחיל הים נעדרת ומכוניתה נמצאת, נטושה ומלאה בדם. שפרד מעלה בפני טוני הצעה העשויה לשנות את הקריירה שלו.

גיבס חוזר זמנית לצוות כסוכן, כאשר אסיר שהוא ופורנל שלחו לכלא בורח והופך לאיום עבור פורנל ובתו הקטנה.

גיבס פרש ונסע למכסיקו, וטוני מפקד כעת על הצוות. זיווה עדה לרצח פוליטי והופכת לחשודה בעיני האף-בי-איי הצוות מחפש אחריה, ואילו היא מחפשת אחר האדם היחיד שהיא יודעת שיוכל לעזור…

בפרק סיום העונה, הצוות מנסה לבלום התקפת טרור נגד חיל הים, בזמן שגיבס, שעדיין מתאושש מפציעתו, סובל מאובדן זיכרון.

סוחר סמים מובא לתחקור ביחידה, אך נופל ומת במעלית. אחיו של האדם, עדיין לא עודכן בדבר מותו של האח, מתקשר ומודיע שהוא חטף את שפרד ושיהרוג אותה אם לא יחזירו…

גיבס נפגע בפעולת טרור וטוני לוקח את הפיקוד, למורת רוחם של כמה מחברי הצוות. גיבס חווה פלאשבקים מעברו שמציפים אותו ברגשות שהודחקו.

הצוות חוקר סביב בית הארחה של משפחות של חיילים, לאחר שנמצא חדר מטונף בדם וברקמות אדם. דאקי מגלה שהממצאים נלקחו משלוש גופות שונות שנותחו באופן מקצועי.

חברה ביחידת ההצפנה של משרד ההגנה נמצאת מתה כתוצאה מהתאבדות, כאשר הצוות נמצא בפנטגון במרדף אחר חפרפרת. אבי מגלה שמישהו היה עם הקורבן בעת מותה.

גופתו של חייל מארינס נמצאת באגם קפוא. גילוי גופות נוספות בסביבה גורם לצוות לחשוד בכנופיית רחוב.

בנו של קצין צבאי לוקח תלמידים כבני ערובה ומאיים לפוצץ פצצה המחוברת לחזה שלו. גיבס מנצל הזדמנות להיכנס לכיתה ולהפוך לבן ערובה, וטוני לוקח את המושכות לידיים בהיעדרו.

רכב רפואי המוביל את גופתו של חייל מארינס שמת בתאונת דרכים מתפוצץ, והצוות מגלה שהפיצוץ לא היה מקרי. המסתורין מסתבך עוד יותר עם גילויה של ראייה חדשה.

הצוות נוסע לכיוון פארק לאומי, לאחר שמלח נהרג שם בידי דוב. מסתבר שהייתה איתו אישה, שכנראה עדיין נמצאת בסיכון. בינתיים, אבי זועמת בגלל שגיבס שכח לקחת אותה לארוחת הערב המסורתית…

הצוות מבצע פשיטה על מוסך תיקונים בניהולם של אנשי חיל הים, ומגלה ראש אדם קפוא בתא המטען של אחת המכוניות.

הצוות מחפש אחר הרוצח המקצועי שרצח שתי נשים קוריאניות הנשואות לחיילי מארינס. החשש הוא שלרוצח יש מניע גזעני, ושאישה נוספת נתונה בסכנה.

קצינת חיל הים נחטפת, והמקרה הופך לבהול כאשר הצוות מגלה שהיא בין האנשים היחידים שידעו את מסלולה של רכבת המובילה נשק גרעיני.

במהלך חיפושם אחר ספינת מבריחים, טוני וזיווה נלכדים וננעלים במיכל, והצוות מנסה לאתר אותם.

הצוות חוקר את מה שנראה כהתאבדות של דוגמנית-על שהשתתפה בתכנית ריאליטי אשר צולמה בבסיס של המארינס.

צוות הזיהוי הפלילי אוסף ראיות מזירת רצח, המצביעות על כך שטוני הוא החשוד המרכזי. היחידה מזדרזת לגלות מי הפליל אותו.

הצוות מגן על מקגי לאחר שירה באדם שלפי טענתו כיוון אליו נשק, ואשר מתגלה כשוטר סמוי.

טוני וזיווה מתחזים לבעל ואישה רוצחים שכירים על מנת ליצור קשר עם תא טרור המתכנן לפעול בנשף של בכירי צבא.

הצוות מחפש אחר מפקד בחיל הים, שנעלם באותו היום בו חלה פריצה באבטחה של תוכנה שהיה לו קוד אליה. במהלך החקירה, גיבס שומר על בנו הקטן של הנעדר, שמזכיר לו…

הצוות מחפש אחר אשתו הנעדרת של חייל הממוקם בעיראק. מסתבר שהיא ניהלה אתר פורנוגרפיה מביתה, ויכול להיות שנרצחה מול מצלמת הווב-קאם. טוני מגלה שדעותיה של זיוה לגבי מיניות דומות לדעותיו…

קצין בחיל הים נורה ונהרג על הכביש המהיר. הצוות מתפלא לגלות שאדם עם אותו השם, דרגה ועבודה – הינו בחיים.

סוכנת המוסד זיוה מצטרפת לצוות של גיבס, והתיק הראשון שלה הוא מקרה מסתורי של שרידי גופה מהתקופה האחרונה שנמצאו בארון קבורה מימי מלחמת האזרחים.

פרק 23 ואחרון לעונה. חקירת מותם של שני קצינים בחיל הים מובילה למסקנה שהרציחות הן חלק מתכנית גדולה בהרבה – הכוללת התנקשות בחייו של גיבס.

טוני פותח מעטפה חתומה בנשיקה, ומגלה בה אבקה לבנה. הוא וקייט נאלצים להיסגר בחדר בידוד, בעוד גיבס ומקגי מנסים לגלות מי שלח את המעטפה.

הצוות חוקר רצח של חייל מארינס בקולג' שלו, ומוצא שהמקרה קשור לקבוצה מסתורית בקמפוס הנקראת "התא האדום".

עצמותיה של גופת אישה נמצאות בלוקר אחסון של חייל שנהרג בעיראק ושעשוי לקבל אות גבורה לאחר מותו. הראיות מרמזות שהוא רוצחה של האישה.

קצינה עם בעיות פסיכולוגיות טוענת שמפלצות רודפות אחריה, ולגיבס יש תחושה שהיא מצויה בסכנה אמיתית.

קצינה בחיל הים נמצאת מתה בתחרות ביקיני בה תכננה להשתתף. הצוות חושד באסיר שהשתחרר לא מזמן, אשר שלח לה מכתבים.

היחידה חוקרת מקרה מוזר של קצין זוטר בוושינגטון שקיבל חבילה מפרגוואי, ובה עיניים אנושיות.

ברמן שמתעורר במיטה עם אישה מתה טוען שהיא אינה האישה שחזר איתה הביתה בלילה שלפני כן, למרות שהיה שיכור באותו הזמן.

אישה הטוענת שהייתה עדה לרצח של מלח בדירה שממול דירתה, מתקשה לגבות את טענתה עם הוכחות ממשיות. ועדיין, למקגי יש תחושה שהיא מספרת את האמת.