גופת הומלס שמובאת לחדר המתים העירוני מכילה פצצה, שמתפוצצת ומשמידה ראיות. הצוות מנסה לברר מי רצח את ההומלס, וכך להבין מי שתל את הפצצה. להפתעתה של ווטסון, הבלשית קורטז מבקשת…
ווטסון ושרלוק חוקרים שני מקרי רצח, הקשורים למכללה ושיטות הגיוס לא חוקיות שלה. מערכת היחסים של שרלוק עם אביו, מקבלת תפנית לרעה כאשר שרלוק מגלה כי אביו מסתיר סוד שמאיים…
ווטסון זועמת כשהיא מגלה כי אביה החורג כתב ספר פשע, המבוסס על עבודתה עם שרלוק מבלי ידיעתה. בינתיים, ווטסון ושרלוק חוקרים את נסיבות מותו של סוכן אף-בי-איי בדימוס.
טכנאית במרפאת פוריות בביה"ח שבו עבדה ווטסון נרצחת, ומתברר שהיא חיה בצורה לא ממש שגרתית. בלשית מקוני איילנד שואלת את חבריה של ווטסון שאלות אישיות לגביה, והיא מנסה להבין מדוע.
שרלוק מציע לעזור לאביו לפתור בעיה בעבודה בתמורה לעזיבתו המהירה מניו-יורק. בינתיים, ווטסון והולמס חוקרים רצח של שני גברים שנראים כאחד. הבדיקה מובילה אותם לעולם של טכנולוגיית זיהוי פנים.
כאשר מורלנד מציע לנסות להחזיר את שרלוק וווטסון לשורות המשטרה, שרלוק בטוח כי אביו קשור לכך, ומפקפק במניעיו האמיתיים. בינתיים, באין הצעות עבודה באופק, ווטסון מצטרפת לאף-בי-איי בנסיון לפענח רצח…
חוקר ממשרד החקלאות נרצח, והולמס חושד שהוא נרצח משום שהוא גילה מהי הסיבה לעלייה החדה בהפרעת התמוטטות המושבה, שגרמה למותן של מאה מיליון דבורים. גרגסון מקבל הצעה לקידום ומבקש מווטסון…
נהג הסעות נהרג כאשר מונית דורסת אותו, והולמס ו-ווטסון חוקרים האם מדובר בקנאה מקצועית. בינתיים רומן לא מחייב שיש להולמס עם יועצת שלו נהיה מורכב ברגע שיש לה בקשה מיוחדת.
צעירה שנקלעה לתאונת דרכים נרצחת וגופתה מוקפאת, מה שמוביל לחברה מפוקפקת לקריוגניקה, שלקוח שלה נרצח ע"י אותו רוצח. אימא של ווטסון חושדת שאחיה בוגד באשתו ומבקשת ממנה לשוחח איתו.
אדם שגבה חובות נרצח, ושרלוק וג'ואן מנסים לצמצם את רשימת החשודים הארוכה. אנדרו מעלה בדרגה את מערכת היחסים שלו עם ג'ואן, כאשר הוא מבקש ממנה לפגוש את אביו.
ג'ואן מנסה לאתר אישה הנעדרת כבר 5 שנים, והרמז היחיד הוא הריח שנותר במקום האחרון שהייתה בו. בינתיים, הקשר של ג'ואן עם חבר שלה נבחן כאשר גבר מעברה מבקש את…
הולמס חוזר לניו-יורק עם שולייה חדשה ורצון לעבוד עם משטרת ניו-יורק לאחר שפוטר מהאם-איי-6. ג'ואן, הבלשית הפרטית של המשטרה, צריכה לאשר את בקשתו להצטרף למחלקה.
פרק 24 ואחרון לעונה. מערכת היחסים של הולמס ו-ווטסון מגיעה לצומת דרכים, אך הם מצליחים לשים את חילוקי הדעות בצד על מנת לעזור למייקרופט העומד בפני אישומי בגידה ורצח.
ווטסון והולמס חוקרים רצח שגרתי, שהופך להיות מורכב עקב השפעות בינלאומיות ופוליטיות. בעקבות משבר, ג'ואן שוקלת מחדש את מערכות היחסים שלה עם שרלוק ועם מייקרופט.