פרק אחרון לעונה. רפאל הופך למנהיג השבטים ומוביל את כולם לעימות מול "מאקסימוס קונג". הוא נדהם לגלות את זהותו האמיתית של "מאקסימוס קונג".

רפאל ודונטלו מוצאים את מיכאלאנג'לו ונדהמים לגלות שהוא עדיין בחיים. האיחוד המרגש נקטע במהרה על ידי ורמינייטור רקס והכנופיה שלו.

רפאל המבוגר נלחם בעזרת דונטלו-רובוטי בשממה של מוטנטים, בתקווה לשרוד לאחר אסון שקרה לפני כמה שנים.

הצבים ואוסאגי מלווים את קינטארו אל ארמון מקדש בודהה השמים, שם הם פוגשים את ג'יי ונאלצים להתמודד איתו.

הצבים מוצאים את עצמם בממד אחר בתקופה הפיאודלית, בעולם שיש בו חיות אנתרופומורפיות במקום בני אדם.

הצבים והמקבילים שלהם עובדים יחד כדי לעצור את שרדר ואת קראנג מהממד האחר. הם מקבלים עזרה לא צפויה מביבופ ומרוקסטדי.

הצבים והמקבילים שלהם מממד אחר מתמודדים עם ביבופ ועם רוקסטדי שעובדים בשביל קראנג ושרדר מהממד האחר.

הצבים פוגשים שוב את המקבילים שלהם מממד אחד. יחד איתם מגיעים גם המקבילים של שרדר וקראנג, ששוכרים את שירותיהם של ביבופ ורוקסטדי.

רנט והצבים ממשיכים לנסוע בזמן כדי למנוע מסאבאנטי מלגייס את צבא המפלצות שלו. הפעם הם מגיעים לטירה של פרנקנשטיין.

רנט מחזירה את הצבים בזמן כדי לעצור את סאבאנטי רומרו. הם יוצאים לחפש את דרקולה בטרנסילבניה.

אפריל, קייסי וכל אנשי העיר הופכים לערפדים. רנט מופיעה ומסבירה לצבים את המצב. היא לוקחת אותם לעוד הרפתקה של מסע בזמן.

ספלינטר מספר לצבים הצעירים איך הוא פגש אותם בראשונה ואיך הם החלו לחיות יחד כמשפחה.

קאבאקסאס מחזיר את שרדר לחיים. פני דג מספר לצבים איך נוצרו "יצורי שרדר" שבהם נתקלו. הצבים מנסים לעצור את קאבאקסאס.

הצבים מגלים שציפורני נמר רוצה להחזיר את שרדר מהמתים. הם מנסים למנוע ממנו להשיג את הלב שלו שדרוש להשלמת התהליך.

הצבים נתקלים באנשי כת מוזרים. כשהם הולכים בעקבותיהם, הם מגלים שציפורני נמר הוא המנהיג שלהם.

פרק אחרון לעונה. מיכאלאנג'לו נחטף על ידי הטרייסראטונים, ושאר הצבים יוצאים להציל אותו. ספלינטר ואפריל פונים לשרדר כדי לקבל עזרה בהצלת כדור הארץ.

לאחר שספלינטר נהרג על ידי שרדר, הצבים יוצאים להתעמת עם שרדר פעם נוספת ולהביס אותו אחת ולתמיד.

ספלינטר והצבים הולכים לבקר את קאראי ואת ה-"המוטנטים המדהימים". באותו זמן, שרדר תוקף אותם וגורם לחבורה להתפצל.

ספלינטר הוזה שהוא פוגש את מלך העכברושים. בינתיים, הצבים יוצאים לחפש אותו ומתמודדים מול שרדר והעוזרים שלו.

שרדר דורש מבקסטר סטוקמן עוד מוטגן והוא הופך ל-"סופר שרדר". הוא חוטף את קאראי ומאלץ את ספלינטר והצבים לבוא הישר למלכודת שלו.

רפאל כועס על האחרים ומחליט לפרוש מהצוות. בינתיים, צוות ה-"מוטנטים המופלאים" מתמודד עם חבורת פושעים עם כלי נשק לחיסול מוטנטים.

בקסטר סטוקמן יוצר עוד שני מוטנטים חרקים. הוא משתמש בהם כדי לגנוב כסף בשביל שרדר. רפאל נאלץ להתמודד שוב עם הפוביה שלו מחרקים.

מתברר שקאראי כבר לא נשלטת על ידי תולעת המוח. היא פועלת על דעת עצמה ומתכוונת לשקם את שבט הרגל ו?להחזיר לו את הכבוד שלו.

הטרייסראטונים עומדים לחסל את כדור הארץ שוב. הצב?ים מתחילים לחשוד בפוג'יטויד, שמוריד אותם בכדור הארץ.