קולונל אוניל מואשם ברצח הסנטור קינסי, ושאר חברי הצוות חייבים לחשוף קונספירציה כדי לנקות את שמו.

הצוות נקרא לקרב באופן בלתי צפוי כאשר עולם הבית של האסגרד מוצף על ידי משכפלים – אשר התפתחו לצורה חדשה ומדהימה.

הצוות חוזר לכדור-הארץ עם מכשיר טכנולוגי המאפשר להם לראות יצורים זרים בכל מקום, כעת עליהם לנסות ולהכיל את הבעיה כאשר היא מתפשטת מעבר לבסיס.

כולם מתאחדים כדי לסכל את תוכניתו של אפוקליפסה ולמנוע מהאנושות מלהפוך למוטאנטים. רוג ו-וולברין שולח את אפוקליפסה חזרה בזמן. ובסופו של יום, הפרופסור חוזה בעתיד העולם תחת שלטונו.

קיטי ניצלת ממפולת סלעים שנגרמה על-ידי נערה בשם דניאל ומתיידדת איתה. היא מצטרפת למכון, גורמת להתגשמות הסיוטים של האקס-מן ובורחת משם. קיטי נחושה בדעתה למצוא את חברתה החדשה.

אפוקליפסה מתכנן להפוך את כל בני האדם עם גן האיקס הרדום למוטאנטים, תוך הרג אלה שאינם חזקים מספיק. הוא הפך את מגנטו, הפרופ', סופה ומיסטיק לפרשיו ומכסה את העולם ברשת…

גמביט חוטף את רוג ומספר לה כי הוא רוצה לעזור לה לשכוח את מיסטיק, אך היא מגלה כי הוא ניצל אותה מכיוון שאביו נחטף ורצה לדעת היכן הוא מוחזק. שניהם…

ספייק יוצא להגן על מוטנטים בעזרת כוחותיו החדשים. וולברין נשלח כדי להרגיע את ספייק על מנת להימנע מתשומת לבם של שונאי מוטאנטים, אך ללא הצלחה.

בנו של אקסבייר פונה אליו לעזרה לאחר שהוא נחטף. האקס-מן יוצאים לסקוטלנד כדי למצוא את בנו של צ'ארלס, בעוד קיטי וקורט אינם חשים בטוב ונשארים בבית.

וולברין נחטף, אך מצליח להימלט ליערות. אקס-23 נמצאת שם כדי לחבור לוולברין ולהביס יחד איתו את "היידרה".

האחווה מתחילה לגרום לתאונות כדי להציג את עצמם כגיבורים ולהתפרסם. האקס-מן מגלים זאת וונדה גורמת לזה להיראות כאילו התאונות היו מעשה ידי האקס-מן.

אפוקליפסה ורוג מתנקשים במגנטו ומיסטיק. אקס-23 חוזרת, ספייק והמורלוקים עולים אל מעל לפני השטח, חתולת צללים מגלה רוח רפאים. רוג נחטפת בידי גמביט ואקסבייר נוסע להתמודד מול בנו.

בפרק סיום העונה, מזמרו מתמרן את מגנטו כדי לפתוח את הדלת השנייה, ומשתמש במיסטיק וברוג כדי לפתוח את השלישית. אפוקליפסה מביס בקלות את כוחותיהם המשולבים של המוטאנטים ונמלט.

האקס-מן יוצאים לחופשה בים יחד תחת השגחתה של סופה. אמארה חולה במחלה בעודה על הספינה.

רוג מאבדת שליטה על כוחותיה ומתאשפזת בביה"ח. היא מגלה שהיא בתה המאומצת של מיסטיק, וזו מגלה דרך חזיונות של דסטיני בדבר גורלן של רוג ושלה, שקשור בחזרתו לחיים של מוטאנט…

מתנקשת יוצרת מהומה באחוזה בעודה מביסה את חברי האקס-מן בזה אחר זה. וולברין מגלה שהיא שיבוט, שנוצר מרקמותיו והיא רואה בו אחראי לחייה האומללים. וולברין נקלע לקרב שהוא לא רוצה…

אלן וצ'רלי נתקלים בג'ודית והחבר החדש שלה בקולנוע. כשאלן רואה שג'ודית שינתה את המראה שלה, ובידיעה שג'ייק חושב שהוא לא קול כמו ג'ודית, הוא מבין שאם הוא רוצה לחזור לסצנת…

בניסיון להוכיח שהוא כן איש משפחה, צ'רלי מחליט להזמין את ליסה לארוחת חג ההודיה.

צ'רלי רוצה להיפרד מבחורה שגייק כבר התחיל להיקשר אליה. אלן ורוז מתחברים במהלך משחק של שבץ- נא.

ג'ודית מתחילה לדאוג כאשר ג'ייק מצייר את אחוריה המקועקעים של חברתו הגולשת של צ'רלי, שמסתובבת חצי עירומה בביתו. לעומת זאת, אלן מתחיל לדאוג לגודית, כאשר היא מתיידדת עם הגולשת.

אלן עובד על צ'רלי כדי שיצטרף אליו ואל גודית בהדרכת ג'ייק ובני כיתתו, לקראת המופע המוזיקלי השנתי של בית הספר.

דברים מוזרים יכולים להתרחש כאשר צ'רלי ואוולין יוצאים עם בני אותה משפחה…

ליגת הכדורגל של ג'ייק מביאה לפגישות של אלן וצ'רלי עם כמה אימהות אטרקטיביות ביותר…

ברטה מתפטרת לאור הדרישות המוגזמות של אלן. אלן מחליט שהוא יכול לתפקד כעוזרת הבית, אבל כשנכשל במשימה יוצא לחפש אחריה. בינתיים, צ'רלי מתכנן ארוחת ערב לאימו, ומנסה לשכנע את רוז…

אלן מתחיל לחשוש שהוא מאבד את ג'ייק, ומחליט לצאת ולשתות עם צ'רלי.

צ'רלי מתחיל ללמוד איך לתפקד כהורה לג'ייק, בזמן שאלן מנסה להחזיר לזרועותיו את גודית.

העונה הראשונה של הקומדיה המצליחה ביותר בטלוויזיה. חייו של צ'רלי (בכיכובו של צ'רלי שין) הנהנתן מתהפכים כאשר אחיו אלן והאחיין שלו ג'ייק עוברים לגור איתו.

אש וחבריו ממשיכים בדרכם לעיר פטלבורג לקראת קרב המכון הבא. בדרך הם פוגשים את קליר והמשרת שלה, רויס, שמחפשים את ספינדה שאבד להם. ברוק מיד מתאהב ונשבע לעשות הכול כדי…

אש מתכונן סוף סוף לקרב המכון נגד פלנרי. הוא יודע שהפוקמונים שלה מסוג אש ושהיא חסרת ניסיון. הוא בטוח שצפוי לו קרב פשוט וקל. אבל פלנרי מפתיעה אותו בקשיחותה ואש…

אש וחבריו מגיעים לבסוף לעיר לברידג'. כשהם מגיעים למכון הם פוגשים את פלנרי, שסבה, מנהיג המכון, יצא למסע ארוך כדי לכתוב שירת פוקימונים והשאיר את פלנרי אחראית למכון מאוד לא…

אש וחבריו פוגשים את ג'ולי, שמנהלת חווה לגידול נאמלים. בקרב אימונים נגד ג'ולי, מיי מגלה שלסקיטי יש מתקפה מיוחדת שנקראת סיוע והמתקפה הזאת עוזרת להם מאוד כשצוות רוקט מנסה לגנוב…

אש וחבריו מנסים לחצות את הר צ'ימני ברכבל. לקרון שלהם מצטרפים גם צוות רוקט במסווה של מדריכי תיירים, אבל הנסיעה משתבשת כשחברינו מוצאים עצמם מעורבים במאבק בין צוותי מגמה ואקווה…

אש וחבריו פוגשים שוב את תאצ'ר, הילד הצעיר שפגשו בעבר. כעת תאצ'ר לומד בבי"ס מיוחד למעודדים. צוות רוקט מגיע לשם ומשכנע את המאסטר לעזור להם לנצח בקרב נגד אש וחבריו,…

תחרות הפוקימונים של העיר פולרבור מתחילה סוף סוף. מיי מוצאת את עצמה נלחמת נגד ג'סי ואף מנצחת. היא עולה לקרב הגמר ושם היא פוגשת את גרייס. האם תצליח לנצח ולזכות…

אש וחבריו מגיעים למרכז פוקמונים על גדותיו של אגם יפהפיה. הם פוגשים שם ילד נוסף בשם מקס. בהתחלה אש ומקס לא מסתדרים כלל אבל כשצוות רוקט מגיע ומנסה לחטוף את…

אש וחבריו מגיעים סוף סוף לעיר פולרבור לקראת תחרות הפוקימונים השנייה של מיי. הם פוגשים שם את גרייס, המאמנת של מדיצ'אם שנותנת למיי כמה עצות חשובות ואת דרו, היריב המתנשא…

אש וחבריו פוגשים את ניקולאי, נער שפגשו כבר בעבר. הם לומדים שלפוקימון שלו, זנגוס, יש סכסוך עתיק יומין עם סוויפר. כשצוות רוקט מגיעים למקום, זנגוס וסוויפר מתחילים להילחם ואש מלמד…

אש וחבריו ממשיכים בדרך לעיר פולרבור ופוגשים בדרך את סקיטי, פוקמון חתולתול שנראה מותש. הם לוקחים אותו למעבדת ארומתרפיה לפוקמונים ואלייזה המטפלת מצליחה להשיב לו את כוחותיו. אבל בדיוק כשמיי…

אש וחבריו ממשיכים ללכת אבל נתקעים בלי מים באזור חם במיוחד. משפחה נחמדה למראה מצילה אותם ומספרת להם על הבן הבכור ויטו שיצא למסע כדי להפוך לאלוף ליגת הפוקמונים.

אש וחבריו נפגשים עם מיסטי, חברתם משכבר הימים שהוזמנה לפסטיבל הטוגפי שנערך במקום שבו הם נמצאים. צוות רוקט מגיעים מחופשים, חוטפים את מיסטי ומביאים אותה אל ממלכת מיראז'. היא פוגשת…